競争的研究資金の効果を最大限に発揮させるため、厳正で透明性の高い評価システムを確立するとともに、研究経歴のある者が課題選定から評価、フォローアップまでを一貫して責任をもつプログラムオフィサー制度が必要であるとの、総合科学技術会議の提言｢競争的研究資金制度改革について中間まとめ（意見）｣等を踏まえ、学術システム研究センターは平成１５年７月に設置されました。

平成１５年７月に設置されてから学術システム研究センターは、日本学術振興会における、第一線の研究者による学術の振興に関するシンクタンクとして、日本学術振興会の諸事業への様々な提案・助言を行うとともに、科学研究費助成事業や特別研究員事業等の審査システム・評価関係業務に参画しています。

現在は、競争的研究資金の制度とその運用について統括する研究経歴のある高い地位の責任者である「プログラムディレクター※１」として、センター所長１名及びセンター副所長２名を配置し、センター全般の運営について適切な助言を得る体制を整えています。

また、各事業の審査・評価制度に関する実務を担当する「プログラムオフィサー※２」として、各研究領域に設置されている専門調査班※３を取り纏める主任研究員３１名及び各研究分野に対応した専門研究員108名を配置しています。研究員は、第一線で活躍中の研究者で構成されています。更に当該年度に特に重要な横断的審議事項がある際は、特命担当の主任研究員を配属しています。