公募による外国人特別研究員の選考は，我が国における学界の第一線の研究者（委員約60人，専門委員約1,800人）で構成される特別研究員等審査会において，書面審査及び合議による審査により行われています。
   最新の審査会委員及び任期が終了した専門委員（以下「書面審査員」という。）の名簿は特別研究員のウェブページで公開しています。
   なお、審査の公正性を確保するため、審査員が利害関係者等に該当する場合は審査を行わないようにするとともに、秘密保持や守秘義務に関しても順守いただいています。

   外国人特別研究員の審査方針は，以下のとおりになっています。

1. ⅰ）我が国及び諸外国における学術の進展に資するものであること。
2. ⅱ）招へいによって外国人特別研究員候補者（以下、候補者という）と申請者双方の研究の推進が期待できること。
3. ⅲ）申請者と候補者の事前交渉等が密接に行われ、研究計画が具体的であること。
4. ⅳ）候補者の受入機関における受入体制が十分に整っていること。
5. ⅴ）採用者の国籍、受入機関、専門分野等は、なるべくかたよらないこと。とりわけ多様な国からの来日に配慮すること。
6. ⅵ）書面審査の評点ばかりでなく、理由、意見等にも十分配慮すること。
7. ⅶ）審査の判定は、採用・不採用の２種とすること。

   申請者（受入研究者）は、自らの申請書の審査を希望する区分を「審査区分表」から選択してください。その際、審査区分と審査を行う審査員の組み合わせを表す「審査セット」を参考にしてください。
書面審査及び合議審査は、それぞれ「審査セット」の単位で行われます。「審査セット」は「審査区分表」に基づいて設定されていますが、適切な相対評価ができるように、関連する審査区分を組み合わせてグループ化しています。なお審査委員は、「審査セット」に基づき、幅広い観点から審査できるようバランスよく選考されています。
「審査区分表」「審査セット」は募集要項のウェブページで公開しています。

   書面審査については，１件の申請当たり，申請者が選択した書面審査区分に応じて上記審査会の専門委員である６人の審査員が書面審査を行います。
書面審査による評価は，研究業績，研究計画，推測される研究能力，将来性等を含めて総合的に判断したうえ，５段階の評点（５：採用を強く推奨する，４：採用を推奨する，３：採用しても良い，２：採用に躊躇する，１：採用を推奨しない）を付けます。
評点は，統計処理（平均点及びＴスコア化）を経て，合議審査における基礎資料となります。

   合議審査については，申請者が選択した合議審査区分に応じて上記審査会を開催し，上記の書面審査の評点に基づき，各合議審査区分への採用配分数により採用内定者の選定を行います。当該年度第１回募集分については，前年１２月上旬の審査会にて審議が行なわれ，審査結果が前年１２月下旬に申請機関の長宛て通知されます。また，第２回募集分については，当年７月下旬の審査会にて審議が行なわれ，同じく審査結果が８月中旬に通知されます。