東北大学・海洋研究開発機構　変動海洋エコシステム高等研究所（WPI-AIMEC）

大阪大学　ヒューマン・メタバース疾患研究拠点（PRIMe）

広島大学　持続可能性に寄与するキラルノット超物質拠点（SKCM²）

慶應義塾大学　ヒト生物学-微生物叢-量子計算研究センター（Bio2Q）

高エネルギー加速器研究機構（KEK）　量子場計測システム国際拠点（QUP）

北海道大学　化学反応創成研究拠点（ICReDD）

京都大学　ヒト生物学高等研究拠点（ASHBi）

東京大学　ニューロインテリジェンス国際研究機構（IRCN）

金沢大学　ナノ生命科学研究所（NanoLSI）

筑波大学　国際統合睡眠医科学研究機構（IIIS）(WPIアカデミー)

東京工業大学　地球生命研究所（ELSI）(WPIアカデミー)

名古屋大学　トランスフォーマティブ生命分子研究所（ITbM）(WPIアカデミー)

九州大学　カーボンニュートラル・エネルギー国際研究所（I²CNER）(WPIアカデミー)

東北大学　材料科学高等研究所（AIMR）(WPIアカデミー)

東京大学　カブリ数物連携宇宙研究機構（Kavli IPMU）(WPIアカデミー)

京都大学　物質ー細胞統合システム拠点（iCeMS）(WPIアカデミー)

大阪大学　免疫学フロンティア研究センター（IFReC）(WPIアカデミー)

物質・材料研究機構（NIMS）　ナノアーキテクトニクス材料研究センター（MANA）(WPIアカデミー)