本事業は、新たな知の創造と活用を主導し、次代を牽引する価値を創造するとともに、社会的課題の解決に挑戦して、社会にイノベーションをもたらすことができる博士人材（高度な「知のプロフェッショナル」）を育成することを目的とする事業である。本事業では、構築された学位プログラムが、補助期間終了後も大学の学内外資源等により持続的に運営され、本事業の目的に沿った人材が継続的に輩出されるよう、各大学における大学院の教育改革及びシステム改革に取り組む期間として７年間にわたって支援することとしている。
事後評価は、各採択プログラムにおいて、中間評価結果を踏まえた対応が適切に行われ、本事業の目的が達成されたかについて評価するとともに、その結果を各大学に示し適切な助言を行うことにより、補助期間終了後の学位プログラムの定着等の大学院教育の水準の向上に資することを目的とする。また、各採択プログラムの成果等を明らかにし、社会に公表することにより、大学や研究機関、民間企業、公的機関等のそれぞれのセクターにおける博士号取得者の活躍を促進することを併せて目的とする。

採択後７年度目の採択プログラム

評価は、「卓越大学院プログラム委員会」（以下「プログラム委員会」という。）及び「審査・評価部会」（以下「部会」という。）において実施する。
プログラム委員会は、評価要項を定めるとともに、部会における審議を踏まえ、各採択プログラムの評価結果を決定する。
部会は、下記「評価方法」に沿って各採択プログラムの評価結果（案）を取りまとめ、プログラム委員会に報告する。

事後評価は部会において以下の①～④の方法により行う。その際は、中間評価結果及び計画調書（採択後提出版）等を活用する。

① 書面評価
部会は、各採択プログラムについて次の評価資料により個別評価を行うとともに、現地調査及びヒアリングの観点を議論する。
（a）各採択プログラムが作成する事後評価調書（大学による自己点検評価や外部評価の結果を含む）及び文部科学省による実施状況調査
（b）学生及びプログラム担当者に対して文部科学省及び日本学術振興会が行うアンケート調査の結果
（c）プログラムオフィサー（PO）による、評価項目を踏まえたプログラムの取組状況の確認表（評価項目確認表）
（d）中間評価以降の各年度のプログラム実施状況報告書、現地調査報告書及びＰＯフォローアップ報告書

② 現地調査（必要に応じて実施）
部会は、必要に応じ、採択プログラムごとに３～４名程度の部会委員により、プログラム担当者、学生、修了者、連携先機関、修了者の就職先機関等の担当者等へのインタビュー等を行う。

③ ヒアリング
部会は、全体責任者（学長）及びプログラム責任者等からヒアリングを行い、書面評価や必要に応じて実施する現地視察において十分に確認できなかった事項等について質疑応答を行う。

④ 合議評価、評価結果（案）の作成
部会は、書面評価、現地調査及びヒアリング結果に基づき合議評価を行い、採択プログラムの評価結果（案）や助言等をまとめる。
部会は、各採択プログラムの評価結果（案）をまとめる際に、各大学に対し事前に評価結果（案）を開示する。各大学から意見申し立てがあった場合にはその申し立て内容について再度審議を行い、評価結果（案）をまとめる。

事後評価は、「Ｓ」、「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」の４段階の絶対評価で行う。それぞれの区分と評価基準は以下のとおりとする。

Ｓ：計画を超えた取組が行われ、優れた成果が得られていることから、本事業の目的を十分に達成できたと評価できる。
Ａ：計画どおりの取組が行われ、成果が得られていることから、本事業の目的を達成できたと評価できる。
Ｂ：概ね計画に沿った取組が行われ、一部で十分な成果がまだ得られていない点もあるが、本事業の目的をある程度は達成できたと評価できる。
Ｃ：計画に沿った取組が行われておらず、十分な成果が得られていると言えないことから、本事業の目的を達成できなかったと評価する。

プログラム委員会は、決定した各採択プログラムの事後評価結果を文部科学省に報告し、文部科学省が行う他の大学教育改革支援プログラムの審査等に資する。また、評価対象の採択プログラム全体を総括した見解、事後評価の最終年度の事業全体を総括した見解をそれぞれ文部科学省へ報告する。
また、プログラム委員会は、学位プログラムの定着に向けて適切な助言を行うために、各大学に対し事後評価結果を開示し公表する。さらに、各採択プログラムの成果等と事後評価結果を報告書として取りまとめ、広く社会に公開する。

年度当初に当該年度において中間評価又は事後評価の対象となる採択プログラムを訪問するPO は、本評価要項に掲げる評価項目を踏まえて採択プログラムの取組状況を確認し、成果が上がっている点と改善を要する点に関する確認表（評価項目確認表）を作成し、部会において報告するとともに、必要に応じて意見を述べることができる。
部会はこの報告及び意見を評価の参考とする。