感染症の蔓延は人類共通の脅威であり、アフリカはこの問題に最も深刻に直面する地域であるとの認識の下、日本国政府は、平成18（2006）年7月、野口英世アフリカ賞を創設しました。野口英世博士（1876年～1928年）の医学の進歩への揺るぎない信念及びアフリカにおける自己犠牲を伴う研究への献身は、現在もなお我々に大きな励みと指針を与え続けるものであります。

この理念と、特に問題の解決が求められている地域であるアフリカでの感染症等の疾病対策の観点に立脚し、本賞は、医学研究分野と医療活動分野の二つの分野において顕著な功績を挙げた者を顕彰し、もってアフリカに住む人々、ひいては人類全体の保健と福祉の向上を図ることを目的としています。

授賞は、TICAD（アフリカ開発会議）の開催に合わせ行われます。第4回野口英世アフリカ賞の受賞者は、令和4（2022）年に決定されます（第1回授賞式は平成20（2008）年5月、第2回授賞式は平成25（2013）年6月、第3回授賞式は令和元（2019）年8月に行われました。）。

受賞者へは、表彰状、賞牌、賞金（1億円）が贈られます。

上記の目的に合致する研究功績を挙げた個人を顕彰します。日本学術振興会では「医学研究分野推薦委員会」を設け、国内外の推薦を受けた者の中から、本賞医学研究分野の受賞候補者を選考します。

上記の目的に合致する活動功績を挙げた個人又は団体を顕彰します。医療活動分野については世界保健機関アフリカ地域事務局（WHO/AFRO）に設けられる「医療活動分野推薦委員会」において選考を行います。