平成１３年６月１１～１２日に東京お台場で、日本とEUとの間の科学技術協力・研究者交流の21世紀に向けた展望をテーマに、日本学術振興会と在日EU関係機関との共催で、「日本と欧州の学術交流の活性化についての会議（日-EUワークショップ）」を開催し、その報告書の中で、日本とEUにおいて、若手研究者の支援、特定優先分野の多国間共同研究と研究者交流を発展させることが将来への提言として盛り込まれました。上記の提言を受けて、日本学術振興会は欧州科学財団と相互協力の可能性について協議し、日欧先端科学セミナーを平成１５年度から開催することに合意したものです。