「卓越大学院プログラム」は、新たな知の創造と活用を主導し、次代を牽引する価値を創造するとともに、社会的課題の解決に挑戦して、社会にイノベーションをもたらすことができる博士人材（高度な「知のプロフェッショナル」）を育成することを目的とする事業である。

博士課程を設置する我が国の国公私立大学（学校教育法第2条第2項に規定する国立学校、公立学校及び私立学校（学校法人が設置する大学に限る）である大学）が、新たな知の創造と活用を主導し、次代を牽引する価値を創造するとともに、社会的課題の解決に挑戦して社会にイノベーションをもたらすことができる博士人材、すなわち、高度な「知のプロフェッショナル」を育成するために、養成すべき人材像（どのような分野で活躍し、いかなる価値を創造して人類社会の課題解決を牽引する人材を育成するか）を明確に設定し、博士課程前期・後期一貫した質の保証された学位プログラム（一貫制博士課程及び医学・歯学・薬学（基礎となる学部が6年制のものに限る。）・獣医学分野の4年制博士課程を含む。）を構築・展開するプログラムを対象とする。
なお、本事業は、我が国をリードする大学院改革事業として、各大学において検討される各大学院の特色・強みを生かした独自の構想づくりに期待しており、それぞれの自由な発想を生かした提案が求められるものである。

上限額4億2千3百万円
※採択されたプログラムには間接経費が措置される。間接経費は、事業の実施に伴う大学等の管理等に必要な経費（直接経費の30％に相当する額）であり、大学等が使用するものである。

平成30（2018）年度予算額　56.0億円
令和元（2019）年度予算額　74.1億円
令和2（2020）年度予算額　77.5億円