平成16年度日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業
研究成果報告書概要


研究推進分野名   ゲノム研究
研究プロジェクト名 微生物のゲノム配列解析による病原性と有用遺伝子システムの解明
(英文名) Virulent/Valuable Genomes Systems in Microorganisims
研究期間 平成12年度 〜 平成16年度

プロジェクトリーダー 研究経費 総額 1,747,038千円
氏名・所属研究機関
所属部局・職名
林 英生・筑波大学
基礎医学系・教授
  (平成15年3月31日まで)
林 哲也・宮崎大学
フロンティア科学実験総合センター・教授
  (平成15年4月1日から)
内訳 平成12年度 284,761千円
平成13年度 343,277千円
平成14年度 362,000千円
平成15年度 395,000千円
平成16年度 362,000千円
  1. 研究組織(コアメンバー及び研究協力者)
  2. 氏名 所属機関・部局・職 研究プロジェクトでの役割分担
    清水 徹 金沢大学・大学院医学系研究科・教授 ウェルシュ菌・セレウス菌・F. magnaの解析
    (平成12年4月1日〜17年3月31日)
    柴 忠義 北里大学・理学部・教授 DNA塩基配列解析(副拠点)
    (平成12年4月1日〜17年3月31日)
    笠原 康裕 奈良先端科学技術大学院大学・バイオサイエンス研究科・助手 環境微生物の解析
    (平成12年4月1日〜14年3月31日)
    飯田 哲也 大阪大学・微生物病研究所・助教授 腸炎ビブリオ・エロモナスの解析
    (平成12年4月1日〜14年3月31日)
    清水 健 筑波大学・大学院人間総合科学研究科・講師 ウェルシュ菌の解析
    (平成12年4月1日〜16年3月31日)
    藤永 由佳子 岡山大学・医学部・助手 ボツリヌス菌ファージの解析
    (平成12年4月1日〜14年3月31日)
    太田 敏子 筑波大学・大学院人間総合科学研究科・教授 ブドウ球菌の解析
    (平成12年4月1日〜17年3月31日)
    平松 啓一 順天堂大学・医学部・教授 ブドウ球菌の解析
    (平成12年4月1日〜16年3月31日)
    黒田 誠 筑波大学・大学院人間総合科学研究科・講師 ブドウ球菌の解析
    (平成12年4月1日〜15年3月31日)
    大西 真 旧宮崎大学・医学部・助手 病原性大腸菌・ツツガムシリケッチア・その他の解析
    (平成12年4月1日〜15年3月31日)
    村田 敬寛 信州大学・医学部・助手 病原性大腸菌の解析
    (平成12年4月1日〜13年3月31日)
    品川 日出夫 大阪大学・微生物病研究所・教授 病原性大腸菌・腸炎ビブリオの解析
    (平成12年4月1日〜15年3月31日)
    安永 照雄 大阪大学・遺伝情報実験施設・教授 病原性大腸菌・腸炎ビブリオの解析
    (平成12年4月1日〜16年3月31日)
    中澤 晶子 山口大学・医学部・名誉教授 肺炎クラミジアの解析
    (平成12年4月1日〜13年3月31日)
    岸 文雄 山口大学・遺伝子実験施設・助教授 肺炎クラミジアの解析
    (平成12年4月1日〜13年3月31日)
    田淵 光昭 山口大学・遺伝子実験施設・助手 肺炎クラミジア・ツツガムシリケッチアの解析
    (平成12年4月1日〜13年3月31日)
    服部 正平 北里大学・北里生命科学研究所・教授 DNA塩基配列解析(副拠点)
    (平成12年4月1日〜17年3月31日)
    高松 信彦 北里大学・理学部・助教授 DNA塩基配列解析(副拠点)
    (平成12年4月1日〜15年3月31日)
    伊藤 道彦 北里大学・理学部・講師 DNA塩基配列解析(副拠点)
    (平成12年4月1日〜15年3月31日)
    鈴木 春巳 山口大学・医学部・助教授 ネコクラミジア・肺炎クラミジアの解析
    (平成15年4月1日〜16年3月31日)
    尾崎栄二郎 金沢大学・大学院医学系研究科・助手 クロストリジウムの解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    大谷 郁 金沢大学・大学院医学系研究科・助手 クロストリジウムの解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    小崎 俊司 大阪府立大学・大学院農学生命科学研究科・教授 クロストリジウムの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    向本 雅郁 大阪府立大学・大学院農学生命科学研究科・助教授 クロストリジウムの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    秋本 茂 和歌山県立医科大学・医学部・教授 クロストリジウム・F. magnaの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    後藤 隆次 和歌山県立医科大学・医学部・助手 クロストリジウム・F. magnaの解析 (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    大西 克成 徳島大学・大学院ヘルスバイオサイセンス研究部・教授 バクテロイデスの解析
    (平成13年4月1日〜17年3月31日)
    桑原 知巳 徳島大学・大学院ヘルスバイオサイセンス研究部・助教授 バクテロイデスの解析
    (平成13年4月1日〜17年3月31日)
    中山 治之 徳島大学・大学院ヘルスバイオサイセンス研究部・助手 バクテロイデスの解析
    (平成13年4月1日〜17年3月31日)
    菅井 基行 広島大学・大学院医歯薬学総合研究科・教授 ブドウ球菌・病原性大腸菌の解析
    (平成14年4月1日〜17年3月31日)
    小松澤 均 広島大学・大学院医歯薬学総合研究科・助教授 ブドウ球菌の解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    林 英生 中国学園大学・教授 ブドウ球菌・ウェルシュ菌の解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    中山 恵介 宮崎大学・医学部・助手 病原性大腸菌・セラチア・ツツガムシ病病原体の解析
    (平成12年4月1日〜17年3月31日)
    小椋 義俊 宮崎大学・フロンティア科学実験総合センター・助手 病原性大腸菌・セラチア・ツツガムシ病病原体の解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    大岡 唯祐 宮崎大学・医学部・助手 病原性大腸菌・セラチア・ツツガムシ病病原体の解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    戸邉 亨 大阪大学・大学院医学系研究科・助教授 病原性大腸菌の解析
    (平成14年4月1日〜17年3月31日)
    安倍 裕順 大阪大学・大学院医学系研究科・助手 病原性大腸菌の解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    後藤 直正 京都薬科大学・薬学部・教授 セラチアの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    山崎 伸二 大阪府立大学・大学院農学生命科学研究科・教授 病原性大腸菌の解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    青木 宙 東京海洋大学・大学院海洋科学技術研究科・教授 エロモナスの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    廣野 育生 東京海洋大学・大学院海洋科学技術研究科・助教授 エロモナスの解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    牧野 耕三 防衛大学校・応用科学群・教授 腸炎ビブリオ・病原性大腸菌の解析
    (平成12年4月1日〜17年3月31日)
    白井 睦訓 山口大学・医学部・教授 クラミジアの解析
    (平成12年4月1日〜17年3月31日)
    三浦 公志郎 山口大学・医学部・助手 クラミジアの解析
    (平成13年4月1日〜17年3月31日)
    東 慶直 山口大学・医学部・助手 クラミジアの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    浜田 茂幸 大阪大学・大学院歯学研究科・教授 連鎖球菌(劇症型)の解析
    (平成13年4月1日〜平成16年3月31日))
    中川 一路 大阪大学・大学院歯学研究科・講師 連鎖球菌(劇症型)の解析
    (平成13年4月1日〜17年3月31日)
    太田 美智男 名古屋大学・大学院医学系研究科・教授 セレウス菌(嘔吐型)の解析
    (平成14年4月1日〜17年3月31日)
    鳥居 啓三 名古屋大学・大学院医学系研究科・助手 セレウス菌(嘔吐型)の解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    石川 淳 国立感染症研究所・生物活性物質部・室長 ノカルジアの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    津田 雅孝 東北大学・大学院生命科学研究科・教授 セパシア菌の解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    永田 裕二 東北大学・大学院生命科学研究科・助教授 セパシア菌の解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    大坪 嘉行 東北大学・大学院生命科学研究科・助手 セパシア菌の解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    黒川 顕 奈良先端科学技術大学院大学・情報科学研究科・助教授 インフォマティクス
    (平成13年4月1日〜17年3月31日)
    山下 敦士 北里大学・北里生命科学研究所・助手 DNA塩基配列解析(副拠点)
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    大島 健志朗 北里大学・理学部・研究員 DNA塩基配列解析(副拠点)
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    籐 英博 北里大学・北里生命科学研究所・研究員 DNA塩基配列解析(副拠点)
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    金森 睦 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) 黄色ブドウ球菌(VRSA)
    (平成12年4月1日〜13年3月31日)
    韓 龍雲 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) 腸炎ビブリオの解析
    (平成13年4月1日〜14年3月31日)
    中田 匡宣 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) 連鎖球菌(劇症型溶連菌感染症)の解析
    (平成13年4月1日〜15年5月31日)
    山口 隆之 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) ブドウ球菌の解析
    (平成14年4月1日〜17年3月12日)
    朴 権三 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) 腸炎ビブリオの解析
    (平成14年4月1日〜17年3月31日)
    劉 秀萍 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) ネコクラミジアの解析
    (平成14年4月1日〜15年3月31日まで)
    熊野 みゆき 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) ブドウ球菌の解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    小川 倫洋 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) インフォマティクス
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    高岡 直央 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) クラミジアの解析
    (平成15年4月1日〜17年3月31日)
    森本 拓也 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) 病原性大腸菌・ツツガムシ病病原体の解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
    GIYANTO 日本学術振興会・研究員(リサーチアソシエイト) クロストリジウムの解析
    (平成16年4月1日〜17年3月31日)
  3. 研究計画の概要(簡潔に記入)
  4.  自然環境には無数の微生物が棲息し、ヒトはその生態系の中で生活している。ヒトと特に深い関り合いのある微生物には、ヒトに寄生して疾病の原因となるもの(病原微生物)、ヒトの皮膚・粘膜上で正常細菌叢を形成して共生関係を維持しているもの(有用微生物)がある。一方、ヒトを取り巻く環境中にも多種多様な微生物が棲息し、地球環境の形成や保全に大きな役割を果たしている(環境微生物)。これらの微生物の特性をゲノム配列から解明することは、ヒトと微生物の調和のとれた生態系を維持する上で必要不可欠である。特に、感染症の新興や再興が国内外で問題となっている現状では、様々な新興・再興感染症に対する有効な対策を考案するために、まず病原微生物のゲノム配列を決定して病原微生物ゲノムの実体を解明すること、そして有用微生物のゲノムの特性を解明して、その有効活用を計ることが重要である。本研究プロジェクトでは、枯草菌などをモデル生物として展開されている細胞システム解明に向けたゲノム生物学研究と連携しながら、病原細菌を中心とした種々の細菌の大規模ゲノム解析を行い、各菌の病原性や有益性の基盤となるゲノム情報を抽出するとともに、感染症の克服と有用微生物の利用のためのデータベースを構築した。さらに、抽出された病原性や有用遺伝子情報の感染症対策や微生物の有効利用への応用を目指して、新規発見病原遺伝子の機能や発現制御の解析や多様性解析など、多面的なポストシークエンシング研究を展開した。
  5. 研究目的(研究プロジェクトが当初目指した開発、立証、解析、確立等の目的を箇条書きで簡潔に記入)
  6.  本研究プロジェクトの目的は、
    1. ヒトの生活に利害関係のある微生物のなかで、特にヒトと深い関係がある病原細菌とヒトの常在細菌の全ゲノム配列を決定する。
    2. ゲノム配列の詳細な解析を行い、病原性や有益性の基盤となるゲノム情報を抽出し、感染症の克服と有用微生物の利用のためのデータベースを構築する。

      の2点である。さらに、抽出された病原性や有用遺伝子情報の感染症対策や微生物の有効活用への応用を目指して、

    3. ゲノム解析によって新たに発見された病原遺伝子・有用遺伝子の機能や発現制御の解析や多様性解析など、様々な方向でのポストシークエンシング研究を展開し、感染症の診断・治療・予防、ヒトの健康維持・増進、ヒトの生活環境の保全などに必要な微生物のゲノム情報基盤を確立する。
    ことを目標とした。
  7. 研究成果の概要
  8. 4−1 研究計画、目的に対する成果(なお、研究目的が達成できなかったテーマについては、その理由及び今後の展開を記入)
     肺炎クラミジア、腸管出血性大腸菌O157堺株、バンコマイシン中等度耐性のメチシリン耐性黄色ブドウ球菌MRSA、ウェルシュ菌、腸炎ビブリオ、劇症型感染症由来A群溶血連鎖球菌、Bacteroides fragilisNocardia farcinicaの8菌種に関しては、全ゲノム配列を決定して論文として発表するとともに、それぞれ独自のゲノムデータベースを作成してインターネット上で公開した。ネコクラミジア、嘔吐型食中毒由来セレウス菌グラムFinegoldia magna、ツツガムシ病病原体Orientia tsutsugamushi、セラチア多剤耐性株、Staphylococcus hyicus、腐性ブドウ球菌、劇症型感染症由来アエロモナス, セパシア菌、の9菌種の全配列決定と配列解析もほぼ終了し、現在論文投稿中または論文投稿直前の段階になった。さらに、腸管出血性大腸菌O26、腸管出血性大腸菌O111、Porphyromonas gingivalis ATCCC33277株、Clostridium chauvoeiの4菌種については、ドラフトフェイズが終了し、現在フィニッシング作業中であり、腸管出血性大腸菌O103、セパシア菌、Clostridium septicumの2菌種についても、5xのドラフト配列を得た。また、種々の病原細菌由来の新規病原プラスミドやファージに関しても個別の配列解析を行い、C型ボツリヌス菌の神経毒素伝達ファージ、種々のO157菌株から発見された8種類の新規Stxファージ、Providencia alcalifaciens Fukui-1株由来の病原プラスミドpPAI、とびひ型黄色ブドウ球菌の病原プラスミドpETBと3種類の皮膚剥奪毒素伝達ファージ、病原性大腸菌の病原プラスミドpCNF3のゲノム配列を決定した。
     一方、ゲノム解読が終了した菌種においては、様々なポストシークエンシング研究を展開したが、特にマイクロアレイの作成とその利用に重点をおいた。その結果、肺炎クラミジア、ウェルシュ菌、腸管出血性大腸菌O157、腸炎ビブリオ、A群溶血連鎖球菌、黄色ブドウ球菌、ノカルジア、嘔吐型セレウス、セラチアの9菌種のマイクロアレイが完成し、ウェルシュ菌に関してはtiling arrayも作成した。早い段階でアレイが完成したウェルシュ菌、腸管出血性大腸菌O157などでは、アレイを利用した解析が進み、病原遺伝子の発現制御機構やゲノム多様性に関して、様々な新しい知見が得られた。また、O157のゲノム比較解析のために新しいゲノム比較解析法として開発した全ゲノムPCRスキャンニング法は、他の菌種のゲノム多様性解析においても活用された。さらに、アレイ解析以外にも、ゲノム配列の中から発見された新規病原遺伝子の機能解析など、ゲノム情報をベースとした様々な解析を各菌種で進め、論文リストに挙げたような成果が上がった。
     以上のように、当初の目標はほぼ達成できたといえるが、プロジェクト後半、特に最終年度になってゲノム解析を開始した菌に関しては、論文発表に至っていないものが多い。それぞれがより水準の高い雑誌での発表を目指した結果でもあるが、今後できる限り早い時期に論文発表を行うとともに、ゲノム情報データベースのインターネット上での公開も行う予定である。また、配列決定作業が終了していないものについては、本研究プロジェクト終了後も作業を進め、全配列を決定する予定である。
    4−2 研究計画、目的外の成果(経緯、状況、展望等を記入)
     本研究プロジェクトは基本的には計画通り進展したといえるが、解析対象菌種に関しては、プロジェクト開始当初の「国際的に未解析である病原細菌種」という選定基準に加え、「既に配列決定されている菌株と異なった病原性や特性を持つ近縁菌株」をもう一つの柱として設けた。これは、同属同種の細菌でも「菌株」間で、従来考えられていた以上に高いゲノムの多様性があることが、次第に明らかになってきたためである。この戦略修正により、各病原菌株に特有な病原遺伝情報をより高い精度で抽出することが可能となっただけでなく、生物としての細菌の進化や分類という学術的に重要な研究課題に関しても、数々の重要な知見が得られたことは、本研究プロジェクトの目的外の成果としてあげられる。また、ゲノム配列解析やポストシークエンシング研究の過程で、全ゲノムPCRスキャンニング法のような新しい解析手法や配列解析プログラムを開発できたことも、本研究プロジェクトの目的外の成果である。
    4−3 研究成果の展望(学問的・学術的なインパクト、新分野の可能性等の今後の展望を具体的に記入)
     本研究プロジェクトでゲノム解読に成功した菌種・菌株では、全ゲノム配列に基づいて様々なポストシークエンシング研究を展開するための情報基盤が確立できた。ポストシークエンシング研究においては、新規発見病原遺伝子の個別機能解析などに加え、ゲノムワイドな遺伝子発現制御解析、遺伝子レパートリー解析、プロテオーム解析などが展開できる。本研究プロジェクトで作成したマイクロアレイは、こういったポストシークエンシング研究のための強力なツールとなる。既にウェルシュ菌や大腸菌O157では、その有効性が実証されているが、今後は他菌種においても本格的にマイクロアレイを用いた研究が展開できる。また、今後のポストシークエンシング研究では、その成果を新しい診断法・治療法・予防法の開発といった形で社会に還元していくことがより強く求められる。既に代謝系の特徴を利用した新しい治療薬の開発やゲノム情報を利用した迅速菌株識別システムの開発などが進んでおり、本研究プロジェクトの成果やそれに基づいた今後の研究成果は感染症の克服に大きく貢献できるものと期待される。
    4−4 本事業の趣旨に鑑み、果たした役割(未来開拓につながるどのような成果が得られたのか、具体的に記入)
     世界的にみると、真性細菌では206菌株の全ゲノム配列が既に決定されており、今後1年間にさらに70~80種類のゲノム配列が発表されると予想される。その半分弱が病原細菌のものであるが、本研究プロジェクトの成果はその15%に相当し、国際的にも大きな貢献ができた。また、本研究プロジェクトでゲノム解読が終了した病原細菌では、従来のような個別の病原因子解析だけでなく、病原性の発現制御ネットワークや遺伝子レパートリーなどのゲノムワイドな解析やプロテオーム解析などが可能となった。このことは、各菌の研究が新しいフェーズ、すなわち「ゲノム情報を基盤とした病原細菌研究の時代」に突入したことを意味する。さらに、本研究プロジェクトの実務を担当した研究者の多くは30代であり、多数のポストドクと大学院生も本研究プロジェクトに参加した。これらの若い研究者の多くは我が国のこれからの病原細菌研究を担いうる人材である。このように、少なくとも国際貢献・新しい研究分野の開拓・人材育成という3つの面で、本研究プロジェクトは我が国の病原細菌研究の未来を開拓する役割を果たしたといえる。
  9. キーワード
  10. 1. 微生物   2. 病原細菌   3. ゲノム解析
    4. 病原遺伝子 5. 有用遺伝子 6. 感染症
    7. マイクロアレイ 8. バイオインフォマティクス 9. 進化
  11. 研究成果発表状況
  12. A.学術雑誌論文(Journal Papers)[査読つきの論文に限ること。]

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Ohnishi, T. Murata, K. Nakayama,S. Kuhara, M. Hattori, K. Kurokawa, T. Yasunaga, K. Yokoyama, K. Makino, H. Shinagawa and T. Hayashi Comparative analysis of the whole set of rRNA operons between an enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 Sakai strain and an Escherichia coli K-12 strain MG1655.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Syst. Appl. Microbiol. 23   315-324 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Yokoyama, K. Makino, Y. Kubota, M. Watanabe, S. Kimura, C. H. Yutsudo, K. Kurokawa, K. Ishii, M. Hattori, I. Tatsuno, H. Abe, M. Yoh, T. Iida, M. Ohnishi, T. Hayashi, T. Yasunaga, T. Honda, C. Sasakawa and H. Shinagawa Complete nucleotide sequence of the prophage VT1-Sakai carrying the Shiga toxin 1 genes of the enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 strain derived from the Sakai outbreak.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Gene 258   127-139 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Hayashi, K. Makino, M. Ohnishi, K. Kurokawa, K. Ishii, K. Yokoyama, C.-G. Han, E. Ohtsubo, K. Nakayama, T. Murata, M. Tanaka, T. Tobe, T. Iida, H. Takami, T. Honda, C. Sasakawa, N. Ogasawara, T. Yasunaga, S. Kuhara, T. Shiba, M. Hattori and H. Shinagawa Complete genome sequence of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 and genomic comparison with a laboratory strain K-12.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    DNA Res. 8 8   11-22 supplement47-52 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Ohnishi, K. Kurokawa and T. Hayashi Diversification of Escherichia coli genomes: are bacteriophages the major contributors?.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Trends Microbiol. 9   481-485 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    I.Tatsuno, M. Horie, H. Abe, T. Miki, K. Makino, H. Shinagawa, H. Taguchi, S. Kamiya, T. Hayashi and C. Sasakawa toxB gene on pO157 of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 is required for full epithelial cell adherence phenotype.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Immun. 69   6660-6669 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Nakano, T. Iida, M. Ohnishi, K. Kurokawa, A. Takahashi, T. Tsukamoto, T. Yasunaga, T. Hayashi and T. Honda Association of the urease gene with enterohemorrhagic Escherichcia coli strains irrespective of their serogroups.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Clin. Microbiol. 39   4541-4543 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Ohnishi, J. Terajima, K. Kurokawa, K. Nakayama, Y. Ogura, H. Tamura, H. Watanabe and T. Hayashi Genomic diversity of enterohemorrhagic Escherichia coli O157 revealed by whole genome PCR Scanning.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99   17043-17048 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Abe, T. Tatsuno, T. Tobe, A. Okutani and C. Sasakawa Bicarbonate ion stimulates the expression of locus of enterocyte effacement-encoded genes in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Immun. 70   3500-3509 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    S. Makino, T. Tobe, H. Asakura, M. Watarai, T. Ikeda, K. Takeshi and C.Sasakawa Distribution of the secondary type Ⅲ secretion system locus found in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 isolates among shiga toxin-producing E. coli strains.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J Clin Microbiol. 41   2341-2347 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    S. Fukiya, H. Mizoguchi, T. Tobe and H. Mori Extensive genomic diversity in pathogenic Escherichia coli and Shigella strains revealed by comparative genomic hybridization microarray.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Bacteriol. 186   3911-3921 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Shima, J. Terajima, T. Sato, K. Nishimura, K. Tamura, H. Watanabe, Y. Takeda, and S. Yamasaki Development of a PCR-RFLP assay for the epidemiological analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Clin. Microbiol. 42   5205-5213 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Nakano, T. Iida and T. Honda Urease activity of enterohemorrhagic Escherichia coli depends on a specific one-base substitution in ureD.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbiology 150   3483-3489 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Nasu, T. Iida, T. Sugahara, Y. Yamaichi, K.-S. Park, K. Yokoyama, K. Makino, H. Shinagawa and T. Honda A filamentous phage associated with recent pandemic Vibrio parahaemolyticus O3:K6 strains.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Clin. Microbiol. 38   2156-2161 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K.-S. Park, T. Iida, Y. Yamaichi, T. Oyagi, K. Yamamoto and T. Honda Genetic characterization of DNA region containing the trh and ure genes of Vibrio parahaemolyticus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Immun. 68   5742-5748 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Iida, A. Hattori, K. Tagomori, H. Nasu, R. Naim and T. Honda Filamentous phage associated with recent pandemic strains of Vibrio parahaemolyticus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Emerg. Infect. Dis. 7   477-478 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Tagomori, T. Iida and T. Honda Comparison of genome structures of vibrios, bacteria possessing two chromosomes.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Bacteriol. 184   4351-4358 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Iida, K. Makino, H. Nasu, K. Yokoyama, K. Tagomori, A. Hattori, T. Okuno, H. Shinagawa and T. Honda Filamentous bacteriophages of vibrios are integrated into the dif-like site of the host chromosome.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Bacteriol. 184   4933-4935 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Makino, K. Oshima, K. Kurokawa, K. Yokoyama, T. Uda, K. Tagomori, Y. Iijima, M. Najima, M. Nakano, A. Yamashita, Y. Kubota, S. Kimura, T. Yasunaga, T. Honda, H. Shinagawa, M. Hattori and T. Iida Genome sequence of Vibrio parahaemolyticus: a pathogenic mechanism distinct from that of V. cholerae.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Lancet 361   743-749 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K.-S. Park, T. Ono, M. Rokuda, M.-H. Jang, T. Iida and T. Honda Cytotoxicity and enterotoxicity of the thermostable direct hemolysin-deletion mutants of Vibrio parahaemolyticu.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbiol. Immunol. 48   313-318 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K.-S. Park, T. Ono, M. Rokuda, M.-H. Jang, K. Okada, T. Iida and T. Honda Functional characterization of two type Ⅲ secretion systems of Vibrio parahaemolyticus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Immun. 72   6659-6665 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    F. L. Thompson, T. Iida and J. Swings Biodiversity of vibrios.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbiol. Mol. Biol. Rev. 68   403-431 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Okada, T. Iida, K. Kita-Tsukamoto and T. Honda Vibrios commonly possess two chromosomes.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Bacteriol. 187   752-757 2005

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    S. Banu, K. Ohtani, H. Yaguchi, T. Swe, S.T. Cole, H. Hayashi and T. Shimizu Identification of novel VirR/VirS-regulated genes in Clostridium perfringens.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Mol. Microbiol. 35   854-864 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Shimizu, S. Ohshima, K. Ohtani, T. Shimizu and H. Hayashi Genomic map of Clostridium perfringens strain 13.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbiol. Immunol. 45   179-189 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Shimizu, K. Ohshima, K. Ohtani, K. Hoshino, K. Honjo, H. Hayashi and T. Shimizu Sequence heterogeneity of the ten rRNA operons in Clostridium perfringens.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    System. Appl. Microbio. 24   149-156 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Shimizu, H. Yaguchi, K. Ohtani, S. Banu and H. Hayashi Clostridial VirR/VirS regulon involves a regulatory RNA molecule for expression of toxins.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Mol. Microbiol. 43   257-265 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Ohtani, H. Hayashi and T. Shimizu The luxS gene is involved in cell-cell signaling for toxin production in Clostridium perfringens.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Mol. Microbiol. 44   171-179 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Shimizu, K. Ohtani, H. Hirakawa, K. Ohshima, A. Yamashita, T. Shiba, N. Ogasawara, M. Hattori, S. Kuhara and H. Hayashi Complete genome sequence of Clostridium perfringens, an anaerobic flesh-eater.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99   996-1001 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Ohtani, S.K. Bhowmik, H. Hayashi and T. Shimizu Identification of a novel locus that regulates expression of toxin gene in Clostridium perfringens.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    FEMS Mircobiol. Lett. 209   113-118 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Shimizu, K. Shima, K. Yoshino, K. Yonezawa, T. Shimizu and H. Hayashi Proteome and transcriptome analysis of the virulence genes regulated by the VirR/VirS system in Clostridium perfringens.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Bacteriol. 184   2587-2594 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Ohtani, H.I. Kawsar, K. Okumura, H. Hayashi and T. Shimizu The VirR/VirS regulatory cascade affects transcription of plasmid-encoded putative virulence genes in Clostridium perfringens strain 13.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    FEMS Microbiol. Lett. 222   137-141 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Ihara, T. Kohda, F. Morimoto, K. Tsukamoto, T. Karasawa, S. Nakamura, M. Mukamoto and S. Kozaki Sequence of the gene for Clstridium botulinum type B neurotoxin associated with infant botulism, expression of the C-terminal half of heavy chain and its binding activity.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Biochim. Biophys. Acta. 1625   19-26 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H.I. Kawsar, K. Ohtani, K. Okumura, H. Hayashi and T. Shimizu Organization and transcriptional regulation of myo-Inositol operon in Clostridium perfringens.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    FEMS Microbiol. Lett. 235   289-295 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Arimitsu, J. Lee, Y. Sakaguchi, Y. Hayakawa, M. Hayashi, M. Nakamura, H. Takai, S. Lin, M. Mukamoto, T. Murphy and K. Oguma Vaccination with recombinant whole heavy chain fragments of Clostridium botulinum type C and D neurotoxins.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Clin. Diagnos. Lab. Immunol. 11   496-502 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M.B. Hang'ombe, M. Mukamoto, T. Kohda, N. Sugimoto and S. Kozaki Cytotoxicity of Clostridium septicum alpha-toxin: its oligomerization in detergent resistant membranes of mammalian cells.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbial. Pathog. 37   279-286 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Okumura, H.I. Kawsar, T. Shimizu, T. Ohta, H. Hayashi and T. Shimizu Identification and characterization of a cell-wall anchored DNase gene in Clostridium perfringens.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    FEMS Microbiol. Lett. 242   281-285 2005

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    R. Kobayashi,T. Kohda, K. Kataoka, H. Ihara, S. Kozaki, D.W. Pascual, H.F. Staats, H. Kiyono, J.R. McGhee and K.Fujihashi A novel neurotoxoid prevent mucosal botulism.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Immunol. 174   2190-2195 2005

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M.B. Hang'ombe, T. Kohda, M. Mukamoto and S. Kozaki Relationship between Clostridium septicum alpha-toxin activity and binding to erythrocyte membrane.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Vet. Med. Sci. 67   69-74 2005

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    Y. Terao, S. Kawabata, M. Nakata, I. Nakagawa and S. Hamada Molecular characterization of a novel fibronectin-binding protein of Streptococcsu pyogenes strains isolated from a toxic shock-like syndrome patients.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Biol Chem. 277   47428-47435 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    I. Nakagawa, K. Kurokawa, M. Nakata, A. Yamashita, Y. Tomiyasu, N. Okahashi, S. Kawabata , K. Yamazaki, T. Shiba, M. Hattori., H. Hayashi and S. Hamada Genome Sequence of an M3 Strain of Streptococcus pyogenes reveals a large-scale genomic rearrangement in invasive strains and new insights into phage evolution.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Res. 13   1042-1055 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    I. Nakagawa, A. Amano, N. Mizushima, A. Yamamoto, H. Yamaguchi, T. Kamimoto, A. Nara, J. Funao, M. Nakata, K. Tsuda, S. Hamada and T. Yoshimori Autophagy defends cells against invading Group A Streptococcus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Science 306   1037-1040 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Yamaguchi, T. Hayashi, H. Takami, K. Nakasone, M. Ohnishi, K. Nakayama, S. Yamada, H. Komatsuzawa and M. Sugai Phage conversion of exfoliative toxin A production in Staphylococcus aureus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Mol. Microbiol. 38   694-705 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Yamaguchi, T. Hayashi, H. Takami, M. Ohnishi, T. Murata, K. Nakayama, K. Asakawa, M. Ohara, H.Komatsuzawa and M. Sugai Complete nucleotide sequence of a Staphylococcus aureus exfoliative toxin B plasmid and identification of a novel ADP-ribosyltransferase, EDIN-C.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Immun. 69   7760-7771 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Morikawa, A. Maruyama, Y. Inose, M. Higashide, H. Hayashi and T. Ohta Overexpression of sigma factor, sB, urges Staphylococcus aureus to thicken the cell walls and to resist ß-lactams.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Biochem. Biophys. Res. Commun. 288   385-389 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Kuroda, T. Ohta, I. Uchiyama, T. Baba, H. Yuzawa, I. Kobayashi, L. Cui, A. Oguchi, K. Aoki, Y. Nagai, J. Lian, T. Ito, M. Kanamori, H. Matsumaru, A. Maruyama, H. Murakami, A. Hosoyama, Y. Mizutani-Ui, N. Kobayashi, T. Tanaka, T. Sawano, R. Inoue, C. Kaito, K. Sekimizu, H. Hirakawa, S. Kuhara, S. Goto, J. Yabuzaki, M. Kanehisa, A. Yamashita, K. Oshima, K. Furuya, C. Yoshino, T. Shiba, M. Hattori, N. Ogasawara, H. Hayashi and K. Hiramatsu Whole genome sequencing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Lancet 357   1225-1240 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    A. Maruyama, Y. Kumagai, K. Morikawa, K. Taguchi, H. Hayashi and T Ohta Oxidative stress-inducible qorA encodes an NADPH-dependent quinone oxidoreductase catalyzing a one-electron reduction in Staphylococcus aureus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbiology 149   389-398 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Yamaguchi, Y. Yokota, J. Terajima, T. Hayashi, M. Aepfelbacher, M. Ohara, H. Komatsuzawa, H. Watanabe and M. Sugai Clonal association of Staphylococcus aureus causing bullous impetigo and emergence of new methicillin-resistant clonal groups in Kansai district in Japan.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Infect. Dis. 185   1511-1516 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Yamaguchi, K. Nishufuji, M. Sasaki, Y. Fudaba, M. Awpfelbacher, T. Takata, M. Ohara, H. Komatsuzawa, M. Amagai and M. Sugai Identification of Staphylococcus aureus etd pathogenicity island which encodes a novel exfoliative toxin, ETD, and EDIN-B.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Immun. 70   5835-5845 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Morikawa, Y. Inose, H. Okamura, A. Maruyama, H. Hayashi, K. Takeyasu and T. Ohta A new staphylococcal sigma factor in the conserved gene cassette: Functional significance and implication for the evolutionary processes.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genes Cells 8   699-712 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Midorikawa, K. Ouhara, H. Komatsuzawa, T. Kawai, S. Yamada, T. Fujiwara, K. Yamazaki, K. Sayama, M. A. Taubman, H. Kurihara, K. Hashimoto and M. Sugai Staphylococcus aureus susceptibility to innate antimicrobial peptides, ß-defensins and CAP18, expressed by human keratinocytes.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Immun. 71   3730-3739 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Nishi, H. Komatsuzawa, S. Yamada, T. Fujiwara, M. Ohara, K. Ohta, M. Sugiyama, T. Ishikawa and M. Sugai Moenomycin-resistance is associated with vancomycin-intermediate susceptibility in Staphylococcus aureus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbiol. Immunol. 47   927-935 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Marches, N. Ledger, M. Boury, M. Ohara, X. Tu, F. Goffaux, J. Mainil, I. Rosenshine, M. Sugai, J. D. Rycke and E. Oswald Enteropathogenic and enterohaemorrahgic Escherichia coli deliver a novel effector called Cif, which blocks cell cycle G2/M transition.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Mol. Microbiol. 50   1553-1567 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Takeyasu, J. Kim, R. L. Ohniwa, Y. Inose, K. Morikawa, T. Ohta, A. Ishihama and S. H. Yoshimura Genome architecture studied by nano-scale imaging: Analyses among bacterial phyla and their implication to the eukaryotic genome folding.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Cytogenet. Genome Res. 107   38-48 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Ohta, H. Hirakawa, K. Morikawa, A. Maruyama, Y. Inose, A. Yamashita, K. Oshima, M. Kuroda, M. Hattori, K. Hiramatsu, S. Kuhara and H. Hayashi Nucleotide substitutions in Staphylococcus aureus strains, Mu50, Mu3, and N315.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    DNA Res. 11   51-56 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Komatsuzawa, T. Fujiwara, H. Nishi, S. Yamada, M. Ohara, N. McCallum, B. Berger-Bachi and M. Sugai The gate controlling cell wall synthesis in Staphylococcus aureus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Mol. Microbiol. 53   1221-1231 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Ogino, M. Wachi, A. Ishii, N. Iwai, T. Nishida, S. Yamada, K. Nagai and M. Sugai FtsZ-dependent localization of GroEL protein at possible division sites.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genes Cells 9   765-771 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Nishi, H. Komatsuzawa, T. Fujiwara, N. McCallum and M. Sugai Reduced content of lysyl-phosphatidylglycerol in the cytoplasmic membrane affects susceptibility to moenomycin, together with vancomycin, gentamicin and other antimicrobial peptides in Staphylococcus aureus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Antimicrobial. Agents. Chemother. 48   4800-4807 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Fujiwara, S. Aoki, H. Komatsuzawa, T. Nishida, M. Ohara, H. Suginaka and M. Sugai Mutation analysis of the histidine residues in the glycylglycine endopeptidase ALE-1.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Bacteriol. 187   480-487 2005

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    O Yamasaki, T. Yamaguchi, M. Sugai, C. Chapuis-Cellier, F. Arnaud, F. Vandenesch, J. Etienne and G. Lina Clinical manifestations of staphylococcal scalded-skin syndrome depend on serotypes of exfoliative toxins.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Clin. Microbiol. 43   1890-1893 2005

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Zhang, K. Morikawa, T. Ohta and Y. Kato In vitro resistance to the CSαβ-type antimicrobial peptide ASABF-α is conferred by overexpression of sigma factor sigB in Staphylococcus aureus.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Antimicrob. Chemother. (In press)        

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Shirai, H. Hirakawa, M. Kimoto, M. Tabuchi, F. Kishi, K. Ouchi, T. Shiba, K. Ishii, M. Hattori, S. Kuhara and T. Nakazawa Comparison of whole genome sequences of Chlamydia pneumoniae J138 from Japan and CWL029 from USA.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Nucleic. Acids. Res. 28   2311-2314 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Shirai, H. Hirakawa, K. Ouchi, M. Tabuchi, F. Kishi, M. Kimoto, H. Takeuchi, J. Nishida, K. Shibata, R. Fujinaga, H. Yoneda, H. Matsushima, C. Tanaka, S. Furukawa, K. Miura, A. Nakazawa, K. Ishii, T. Shiba, M. Hattori, S. Kuhara and T. Nakazawa Comparison of outer membrane protein genes omp and pmp in the whole genome sequences of Chlamydia pneumoniae isolates from Japan and US.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Infect. Diseases. 181   S524-S527 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Ouchi, F. Banyo, S. Kudo, M. Shirai, K. Yamashita, T. Gondo, T. Ishihara, H. Ito and T. Nakazawa Chlamyida pneumoniae in atherosclerotic and non-atherosclerotic tissue.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infect. Diseases. 181   S441-S443 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Miura, S. Inouye, K. Sakai, H. Takaoka, F. Kishi, M. Tabuchi, T. Tanaka, H. Matsumoto, M. Shirai, T. Nakazawa and A. Nakazawa Cloning and characterization of adenylate kinase from Chlamydia pneumoniae.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    A. J. Biol. Chem. 276   13490-13498 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    S. Kido, M. Shirai, K. Ouchi and T. Nakazawa Analysis of serological response to Chlamydia pneumoniae in patients with ischemic heart disease by recombinant MOMP-ELISA.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Infect. Chemotherapy. 7   180-185 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Yoneda, K. Miura, H. Matstushima, K. Sugi, T. Murakami, K. Ouchi, K. Yamashita, H. Itoh, T. Nakazawa, M. Suzuki and M. Shirai Aspirin inhibits Chlamydia pneumoniae-induced NF-kB activation, Cyclo-oxgenase-2 expression and Prostaglandin E2 synthesis, and attenuates chlamydial growth.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Med. Microbiol. 52   409-415 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Toh, M. Hattori, K. Miura and M. Shirai In silico inference of inclusion membrane protein family in obligate intracellular parasites chlamydiae.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    DNA Research 10   9-17 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Komura, H. Matsushima, K. Ouchi, M. Shirai, T. Nakazawa and S. Fukukawa Effects of antiasthma drugs on the grouth of Chlamydophila pneumoniae in HE-p2 cells.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Infect. Chemother. 9   160-164 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Fukuoka, A. Sawabe, T. Sugimoto, M. Koga, H. Okuda, T. Kitayama, M. Shirai, K. Komai, S. Komemushi and K. Matsuda Inhibitory actions of several natural products on proliferation of rat vascular smooth muscle cells induced by Hsp60 from Chlamydia pneumoniae J138.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Agric. Food Chem. 52   6326-6329 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    J. Ishikawa, A .Yamashita, Y. Mikami, Y. Hoshino, H. Kurita, K. Hotta, T. Shiba. and M. Hattori The complete genomic sequence of Nocardia farcinica IFM 10152.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 101   14925-14930 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Kuwahara, M. R. Sarker, H. Ugai, S. Akimoto, S. M. Shaheduzzaman, H. Nakayama, T. Miki and Y. Ohnishi Physical and genetic map of the Bacteroides fragilis YCH46 chromosome.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    FEMS Microbiol. Lett. 207   193-197 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Kuwahara, A. Yamashita, H. Hirakawa, H. Nakayama, H. Toh, N. Okada, S. Kuhara, M. Hattori, T. Hayashi and Y. Ohnishi Genomic analysis of Bacteroides fragilis reveals extensive DNA inversions regulating cell surface adaptation.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101   14919-14924 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Todo, T. Goto, K. Miyamoto and S. Akimoto Physical and genetic map of the Finegoldia magna (formerly Peptostreptococcus magnus) ATCC29328 genome.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    FEMS Microbiol. Lett. 210   33-37 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Goto, K. Todo, K. Miyamoto and S. Akimoto Bacterial artificial chromosome library of Finegoldia magna ATCC29328 for genetic mapping and comparative genomics.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Microbiol. Immunol. 47   1005-1016 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Todo, T. Goto, A. Honda, M. Tamura, K. Miyamoto, S. Fujita and S. Akimoto Comparative analysis of the four rRNA operons in Finegoldia magna ATCC29328.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    System. Appl. Microbiol. 27   18-26 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Komatsu, Y. Imura, A. Ohori, Y. Nagata and M. Tsuda Distribution and organization of auxotrophic genes on the multichromosomal genome of Burkholderia multivorans ATCC17616.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Bacteriol. 185   3333-3343 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    Y. Ohtsubo, H. Genka, H. Komatsu, Y. Nagata and M. Tsuda High-temperature-induced transposition of insertion Selements in Burkholderia multivorans ATCC 17616.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Appl. Environ. Microbiol. 71   1822-1828 2005

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    Y. Nagata, M. Matsuda, H. Komatsu, Y. Imura, H. Sawada, Y. Ohtsubo and M. Tsuda Organization and localization of the dnaA and dnaK gene regions on the multichromosomal genome of Burkholderia multivorans ATCC 17616.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    J. Biosci. Bioeng..     In press  

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Kurokawa, T. Takagi and T.Yasunaga The approach for bacterial phenotype representation by using bacterial whole genomes.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Proc. Int. Conf. Syst. Biol. 1   173-178 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    N. Goto, K. Kurokawa and T. Yasunaga CONSERV: A tool for finding exact matching conserved sequences in biological sequences.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Informatics 11   307-308 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Kurokawa, N. Goto and T. Yasunaga Searching the most conserved sequence in bacterial whole genomes
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Informatics 11   309-310 2000

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Yamazaki, M. Ohnishi, K. Kurokawa and T. Yasunaga ParalogCluster: Classifying paralogs in a genome into paralogous groups
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Informatics 12   409-410 2001

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    N. Goto, K. Kurokawa and T. Yasunaga Finding conserved amino acid sequences among prokaryotic proteomes.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Informatics 13   443-444 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Najima, K. Kurokawa, M. Ohnishi, T. Hayashi and T.Yasunaga Whole genome PCR scanning analyzer ant its application to bacterial genome.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Informatics 13   591-592 2002

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Kurokawa Microbial genome evolution -comparative genome analysis of pathogenic and non-pathogenic bacteria-.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Symp. Recent Adv. Microbial. Genomes     39-46 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Murakami, M. Najima, M. Ogawa, K. Kurokawa and T. Yasunaga HAPPY: Hypothetical and putative protein database system.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Informatics 14   651-652 2003

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Kurokawa Bioinformatics analysis of bacterial genomes: One-example-repeat patterns in bacterial genomes.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Infection     112-123 2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    Y. Shinbo, T. Koma, Md. Altaf-Ul-Amin, K. Kurokawa, H. Mori, N. Ogasawara, Y. Nakamura and S. Kanaya Conserved protein-protein interactions in different species.
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    Genome Informatics 119     2004

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Tobe, T. Ohshima, H. Mori and N. Sugimoto Switching of virulence gene transcription in enteropathogenic Escherichia coli by bacteria-host interaction. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Tobe, T. Oshima, H. Abe, H. Mori and N. Sugimoto Enteropathogenic Escherichia coli virulence regulator BfpT enhances growth in intestine by accelerating adaptation to low O2 conditions. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Abe, N. Nakanishi, H. Ando, K. Tashiro, S. Kuhara, T. Hayashi, N. Sugimoto and T. Tobe Pch proteins are key regulators for bicarbonate ion dependent stimulation of the LEE-encoded gene expression in enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Tobe, H. Ando, H. Ishikawa, H. Abe, K. Tashiro, T. Hayashi, S. Kuhara and N. Sugimoto Dual regulatory pathways integrating the RcsC-RcsD-RcsB signalling system control enterohaemorrhagic Escherichia coli pathogenicity. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. A. Rahman, Y. Azuma, H. Fukunaga, T. Murakami, K. Sugi, K. Miura, H. Suzuki and M. Shirai Serotonin and melatonin, neurohormones for homeostasis, as novel inhibitors for infection of intracellular parasites, Chlamydiae. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    Y. Azuma, H. Hirakawa, A. Yamashita, Y. Cai, M. A. Rahman, H. Suzuki, S. Mitaku, H. Toh, T. Murakami, K. Sugi, H. Hayashi, H. Fukushi, M. Hattori, S. Kuhara and M. Shirai Genome sequence and comparative analysis of the cat pathogen, Chlamydophila felis. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    H. Nakayama, T. Kuwahara, T. Iwasa, N. Okada, K. Kataoka, H. Arimochi and Y. Ohnishi Characterization of a gene cluster for sialoglycoconjugate utilization in Bacteroides fragilis. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Torii, N. Agata, K. Oshima, H. Hirakawa, A. Takeno, H. Toh, A. Yamashita, K. Kawamura, T. Hasegawa, T. Shiba, T. Hayashi, N. Ogasawara, S. Kuhara, M. Hattori, T. Shimizu and M. Ohta Genome sequence of emetic type Bacillus cereus. (Submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Kuroda, A. Yamashita, H. Hirakawa, M. Kumano, K. Morikawa, M. Higashide, A. Maruyama, Y. Inose, K. Matoba, H. Toh, S. Kuhara, M. Hattori, and T. Ohta Whole genome sequence of Staphylococcus saprophyticus reveals the pathogenesis of uncomplicated urinary tract infection. (Submitted).
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    Y. Ogura, K. Kurokawa, T. Ooka, K. Tashiro, T. Tobe, M. Ohnishi, K. Nakayama, T. Morimoto, J. Terajima, H. Watanabe, S. Kuhara and T. Hayashi Complexity of the genomic diversity of entrohaemorrhagic Escherichia coli O157 revealed by the combinational use of the O157 Sakai oligo DNA microarray and the Whole Genome PCR Scanning. (To be submitted).
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    K. Miura, H. Toh, Y. Azuma, H. Hirakawa, M. Sugii, M. Murata, K. Tashiro, K. Sugi, T. Murakami, S. Kuhara and M. Shirai Gene expression analysis of Chlamydophila pneumoniae with DNA microarray. (To be submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    N. Takaoka, Y. Azuma, M. Sugii, Y. Tashima, H. Suzuki, K. Miura, T. Murakami, K. Sugi, H. Ogawa and M. Shirai IncA2, an inclusion membrane protein of Chlamydophila pneumoniae, enhances staurosporine induced apoptosis in HeLa cells. (To be submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    T. Goto, A. Yamashita, H. Hirakawa, M. Matsutani, K. Todo, K. Ohshima, H. Toh, K. Miyamoto, S. Kuhara, M. Hattori, T. Shimizu and S. Akimoto Complete genome sequence of Finegoldia magna, an anaerobic opportunistic pathogen. (To be submitted )
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    M. Ogawa, A. Yamashita, K. Nakayama, Y. Ogura, M. Ohnishi, T. Hayashi, K. Kurokawa, M. Hattori, and N. Gotoh Complete genome sequence of a nosocomial pathogen Serracia marcescens SM28 and comparative analysis with enterobacterial strains. (To be submitted)
    学術雑誌名 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
             

    B.国際会議発表論文(International Conferences)[査読つきの論文に限ること。]

    全著者名 論文名(招待論文にはInvitedを明記)
    Md. Altaf-Ul-Amin, T. Koma, K. Kurokawa and S. Kanaya Prediction of protein functions based on protein-protein interaction networks A min-cut approach.
    会議名 開催場所 論文番号 初めの頁-終わりの頁 発表年(西暦)
    the IEEE International Workshop on Biomedical Data Engineering 東京   in press  

    C.著書(Books)

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    林哲也 病原細菌のゲノム解析。岩波講座 現代医学の基礎 第11巻感染と生体防御、竹田美文、渡邊武 編
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    岩波書店 東京 4-00010-921-9 pp.63-79 2000

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    林哲也 病原性大腸菌ゲノムの多様性 -病原性大腸菌O157のゲノム解析から- 。遺伝情報のダイナミズムとその分子機構(IGEシリ-ズ29)
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    東北大学遺伝生態研究センタ 仙台   pp. 61-70 2001

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    林哲也 ゲノム解読・ゲノム比較から見えてくる細菌の病原性と多様性—病原性大腸菌O157を例として。わかる実験医学シリ-ズ ウイルス・細菌と感染症がわかる、吉開泰信 編集
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    羊土社 東京 4-89706-960-2 pp. 107-113 2004

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    林哲也 腸管出血性大腸菌O157(enterohemorrhagic Escherichia coli O157)のゲノム解析。ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用〜 今中忠行 監修、 松風まさみ 編集
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    エヌ・ティー・エス 東京 4-86043-049-2 pp. 235-247 2004

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    飯田哲也 腸炎ビブリオ 大阪大学新世紀セミナー 感染症研究のいま 本田武司、生田和良、堀井俊宏(編)
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    大阪大学出版会 大阪 4-87259-120-8 pp. 12-17 2001

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    飯田哲也 腸炎ビブリオ. ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用〜 今中忠行 監修、 松風まさみ 編集
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    エヌ・ティー・エス 東京 4-86043-049-2 pp. 248-255 2004

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    林英生、清水徹 Clostridium, ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用〜 今中忠行 監修、 松風まさみ 編集
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    エヌ・ティー・エス 東京 4-86043-049-2 pp. 256-267 2004

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    黒川顕 核酸配列解析 GeneMark, バイオデ-タベ-スとウェブツールの手とり足とり活用法 中村保一、石川淳、礒合敦 編集
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    羊土社 東京 4-89706-357-4 pp. 21-26 2002

    全著者名 書名(分担による執筆の場合は編者を記入すること)
    竹田美文、中澤晶子、服部正平、黒川顕、林哲也、林英生、飯田哲也、清水徹、太田美智男、白井睦夫、山本直樹、山口英世、吉川寛、戸邉亨、菅井基行、江崎孝行、大西克成 第18回「大学と科学」公開シンポジウム講演収録集  微生物はなぜ病気を起こすか ゲノムの特徴 林英生 編集
    出版者名 出版場所 ISBN番号 初めの頁-終わりの頁 発行年(西暦)
    株式会社 クバプロ 東京 4-87805-045-4 全 206頁 2004

    D.特許等取得状況 [当該研究プロジェクトの研究成果から生じた特許等(発明者から当該所属研究機関に承継した特許等に限ること。出願中のものは除くこと。)]

    -


戻る