| 研究推進分野名 | 遺伝子発現制御ネットワーク | |
| 研究プロジェクト名 | 遺伝子複合体の高次構造と転写因子 | |
| (英文名) | Nuclear Structure and Gene Expression | |
| 研究期間 | 平成10年度〜平成14年度 |
| プロジェクト・リーダー名 | 研究経費 | 総額 389,758千円 | ||
| 氏名・所属研究機関 所属部局・職名 |
萩原正敏 東京医科歯科大学・難治疾患研究所・教授 |
内訳 | 平成10年度 | 74,108千円 |
| 平成11年度 | 80,115千円 | |||
| 平成12年度 | 73,000千円 | |||
| 平成13年度 | 79,535千円 | |||
| 平成14年度 | 83,000千円 | |||
1.研究組織
| 氏名 | 所属機関・部局・職 | 研究プロジェクトでの役割分担 |
| 太田 力 | 国立がんセンター研究所・腫瘍ゲノム解析情報研究部・室長 | コアメンバー・ヌクレオソーム再構成 |
| 松田志麻子 | 国立遺伝学研究所・細胞遺伝部門・日本学術振興会特別研究員 | ポスドク・ヌクレオソーム再構成 |
| 立田大輔 | 国立がんセンター研究所・腫瘍ゲノム解析情報研究部・日本学術振興会研究員 | ポスドク・ヌクレオソーム再構成 |
| 伊藤 敬 | 長崎大学・大学院医歯薬学総合研究科・教授 | コアメンバー・転写と組換えの相関 |
| 池原 強 | 長崎大学・大学院医歯薬学総合研究科・助手 | 転写と組換えの相関 |
| 中川 武弥 | 長崎大学・大学院医歯薬学総合研究科・助手 | 転写と組換えの相関 |
| 座間 猛 | 日本学術振興会研究員 | mRNA factoryのリン酸化制御 |
2.研究計画の概要
| 研究計画として、萩原はRNA Pol IIを中心とする転写複合体が”核骨格”上に固定されているとの仮説を基に、クロマチンなど核内高次構造、核骨格、transcriptsomeなどの相互作用の分子機構を明らかにし、さらに、転写複合体にRNAプロセシングを触媒する因子群がいかにして連携するのか明らかにすることにより、遺伝子発現機構(mRNA factory)の全容解明に迫る予定である。特に、 mRNA factory構成分子の離合集散にSR蛋白のリン酸化が重要な役割を果たしているとの独自の仮説を検証する。伊藤は、ショウジョウバエ初期胚粗抽出液やマウス細胞核抽出液からヌクレオソーム再構成活性を有する画分を精製し、試験管内で再構築したクロマチンを用いて、RNA Pol Iによる遺伝子転写機構におけるDNA高次構造の役割と制御機構を解明する。太田は、クロマチン構造変化を惹起するSWI蛋白質を酵母から精製し、試験管内で再構築したクロマチンにおいて、転写制御や組換え制御機構の解析を行う。このように、本研究プロジェクトは、1)クロマチンなど核内高次構造を考慮した実験系で、transcriptsomeの機能を探求し、2) RNAプロセシングなどが転写装置とどのようにリンクしているかを解明する初めての試みである。 |
3.研究目的
|
4.研究成果の概要
| 4−1 研究計画、目的に対する成果 |
|
4−2 研究計画、目的外の成果 |
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4−3 研究成果の展望 |
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4−4 本事業の趣旨に鑑み、果たした役割 |
|
5.キーワード
| (1)mRNA factory | (2)SWI | (3)クロマチン |
| (4)蛋白リン酸化 | (5)MRE1 | (6)p300 |
6.研究成果発表状況
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Katsu, R., Onogi, H., Wada, K., Kawaguchi, K. | Hagiwara, M.$Novel SR-related protein Clasp specifically interacts with inactivated Clk4 and induces the exon EB inclusion of Clk. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 277 | ??? | 44220-44228 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Suzuki, T., Yamakuni , T., Hagiwara, M. , & Ichinose, H. | Identification of ATF-2 as a Transcriptional Regulator for the Tyrosine Hydroxylase Gene. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 277 | ??? | 40768-40774 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kimura, Y., Corcoran, E.E., Eto K., Gengyo-Ando, K., Muramatsu, M., Kobayashi, R., Freedman, J.H., Mitani, S., Hagiwara, M., Means, A.R., & Tokumitsu H. | A CaMK cascade activates CRE-mediated transcription in neurons of Caenorhabditis elegans. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| EMBO Rep. | 3 | ??? | 962-966 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kazuhiro, W ,Koichi,I,& Hagiwara, M. | Identification of methylated protein arginine N-methyltransferase 1,PRMT1 with a new expression cloning strategy. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biochem. Biophys. Acta. | 1591 | ??? | 1-10 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Zama, Z., Aoki, R., Kamimoto, T., Inoue,K., Ikeda, Y. & Hagiwara M. | A novel dual-specificity phosphatase SKRP1 interacts with the MAPKK MKK7 and inactivates the JNK MAPK pathway: Implication for the precise regulation of the particular MAPK pathway. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 277 | ??? | 23909-23918. | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Zama, Z., Aoki, R., Kamimoto, T., Inoue,K., Ikeda, Y. & Hagiwara M. | Scaffold role of a MAP linase phosphatase, SKRP1 for the JNK signaling pathway. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 277 | ??? | 23919-23926 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kuroda, Y., Oma, Y., Nishimori, K., Ohta, T., and Harata, M. | Brain-specific expression of the nuclear actin-related protein ArpNalpha and its involvement in mammalian SWI/SNF chromatin remodeling complex. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biochem. Biophys. Res. Commun. | 299 | ??? | 328-34 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Furukawa-Hibi, Y., Yoshida-Araki, K., Ohta, T., Ikeda, K., and Motoyama N. | Forkhead transcription factors induce stress-inducible gene GADD45 in response to oxidative stress | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 27 | ??? | 26729-26732 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Tachibana, M., Sugimoto, K., Nozaki, M., Ueda, J., Ohta, T., Ohki, M., Fukuda, M., Takeda, N., Niida, H., Kato, H., and Shinkai, Y. | G9a Histone Methyltransferase Plays a Dominant Role in Euchromatic Histone H3 Lysine 9 Methylation and is Essential for Early Embryogenesis | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Genes & Dev. | 16 | ??? | 1779-1791 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kuramoto, T., Morimura, K., Yamashita, S., Okochi, E., Watanabe, N., Ohta, T., Ohki, M., Fukushima, S., Sugimura, T., and Ushijima, T. | Etiology-specific Gene Expression Profiles in Rat Mammary Carcinomas. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Cancer Res. | 62 | ??? | 3592-3597 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Asahara1 H, S. Tartare-Deckert1, T. Nakagawa, T. Ikehara, F. Hirose, T. Hunter, T. Ito, and M. Montminy. | Dual roles of p300 in chromatin assembly and transcriptional activation in cooperation with NAP-1 in vitro. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Mol. Cell Biol. | l22 | ??? | 2974-2983 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kamimoto, T., Zama, T., Aoki, R., Muro, Y. & Hagiwara, M. | Identification of a novel kinesin-related protein, KRMP1, as a target for mitotic peptidyl-prolyl isomerase Pin1. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 276 | ??? | 37520-37528 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kojima, T., Zama, T., Wada, K., Onogi, H. & Hagiwara, M. | Cloning of Human PRP4 Reveals Interaction with Clk1. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 276 | ??? | 32247-32256 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Osada, M., Inaba, R., Shinohara, H., Hagiwara, M., Nakamura, M. & Ikawa, Y. | Regulatory Domain of Protein Stability of Human P51/TAP63, a P53 Homologue. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biochem. & Biophys. Res. Comm. | 283 | ??? | 1135-1141 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Aratani, S., Fujii, R., Oishi, T., Fujita, H., Amano, T., Ohshima, T., Hagiwara, M., Fukamizu, A. & Nakajima, T. | Dual roles of RNA helicase A on CREB-dependent transcription. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Mol. Cell. Biol. | 21 | ??? | 4460-4469 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Ueda, H.R., Hagiwara, M. & Kitano, H. | Robust oscillations within the interlocked feedback model of Drosophila circadian rhythm. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Theoret. Biol. | 210 | ??? | 401-406 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Nakagawa, T., M. Bulger, M. Muramatsu, and T. Ito. | Multistep chromatin assembly on supercoiled plasmid DNA by nucleosome assembly protein-1 and ACF. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J Biol Chem | 276 | ??? | 27384-27391 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Ura K., Araki M., Saeki M., Masutani C., Ito T., Iwai S., Mizukoshi T., Kaneda Y., and Hanaoka F. | ATP-dependent chromatin remodeling facilitates nucleotide excision repair of UV-induced DNA lesions in synthetic dinucleosomes | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| EMBO J. | 20 | ??? | 2004-2014 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Manning E. T., T. Ikehara, T. Ito, J. T. Kadonaga, and W. L. Kraus. | p300 forms a stable, template-committed complex with chromatin: a role for the bromodomain. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Mol. Cell Biol. | l21 | ??? | 3876-3887 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kuroyanagi, H., Kimura, T., Wada, K., Hisamoto, N., Matsumoto, K. & Hagiwara, M. | SPK-1, a C. elegans SR proteins kinase homologue, is essential for embryogenesis and required for germ line development. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Mech. Dev | 99 | ??? | 51-64 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Muro,Y., Kamimoto,T., Tomita,Y., and Hagiwara, M. | Spectrum of autoantibodies against a dynamin-related protein,dymple. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Arthritis Rheumatism | 43 | 7 | 1516-1519 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Inoue, K., Mizuno, T., Wada, K. & Hagiwara, M. | Novel RING finger proteins, Air1p and 2p interact with Hmtlp and inhibit the arginine methylation of Np13p. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 275 | ??? | 32793-32799 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Usukura, J., Nishizawa, Y., Shimomura, A., Kobayashi, K., Nagatsu, T. & Hagiwara, M. | Direct imaging of phosphorylation dependent congormational change and DNA binding of CREB by electron microscopy. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Genes to Cells | 5 | ??? | 515-522 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Nagai, Y., Miyazaki, M., Aoki, R., Zama, T., Inoue, S., Hirose, K., Iino, M. & Hagiwara, M, | A fluorescent indicator for visualizing cAMP-induced phosphorylation in vivo. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Nat. Biotechnol. | 18 | ??? | 313-316 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kawahara, K., Watanabe, S., Ohshima, T., Soejima, Y., Oishi, T., Aratani, S., Nakata, M., Shibata, M., Inoue, K., Amano, T., Fujii, R., Yanai, K., Hagiwara, M., Fukamizu, A., Maruyama, I. & Nakajima, T. | Hypernuclear acetylation in atherosclerotic lesions and activated vascular smooth muscle cells. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biochem. Biophys. Res. Comm. | 266 | ??? | 417-424 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Sakaguchi, H., Wada, K., Maekawa, M., Watsuji, T. & Hagiwara, M, | Song-induced phosphorylation of cAMP response element binding protein in the songbird brain. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Neuroscience | 19 | ??? | 3973-3981 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Koizumi, J., Okamoto, Y., Onogi, H., Mayeda, A., and Krainer, A. & Hagiwara, M, | The subcellular localization of SF2/ASF is regulated by the direct interaction with SR protein kinases (SRPKs). | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 274 | ??? | 11125-11131 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Ito,T., Levenstain M., Fyodorov D., Kutach, A.K., Kobayashi,R., and Kadonaga,J.T. | The Acf1 and ISWI subunits of ACF function cooperatively in the ATP-dependent catalysis of chromatin assembly. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Genes &Dev. | 13 | ??? | 1529-1539 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Usui, T., Ohta, T**., Osiumi, H., Tomizawa, J., Ogawa, H., and Ogawa, T.(Ohta, T** is a corresponding author.) | Complex formation and functional versaltility of Mre11 of budding yeast in recombination. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Cell | 95 | ??? | 705-716 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Okamoto, Y., Onogi, H., Honda, R., Yasuda, H., Wakabayashi, T., Nimura, Y. & Hagiwara, M. | cdc2 kinase-mediated phosphorylation of splicing factor SF2/ASF. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biochem. Biophys. Res. Comm. | 249 | ??? | 872-878 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Yoshida, K., Imaki, J., Okamoto, Y., Iwakabe, H., Fujisawa, H., Matsuda, A., Nakanishi, S., Matsuda, H. & Hagiwara, M. | CREB-induced transcriptional activation depends on mGluR6 in rod bipolar cells. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Mol. Brain Res. | 57 | ??? | 241-247 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Shimomura, A., Okamoto, Y., Hirata, Y., Kobayashi, M., Kawakami, K., Kiuchi, K., Wakabayashi, T. & Hagiwara, M. | Dominant negative ATF1 blocks cyclic AMP-induced neurite outgrowth in PC12D Cells. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Neurochem. | 70 | ??? | 1029-1034 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Muro, Y., Ogawa, Y., Kato, Y. & Hagiwara, M. | Autoantibody to thioredoxin reductase in an ovarian cancer patient. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biochem. Biophys. Res. Commun. | 242 | ??? | 267-271 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kuroyanagi, N., Onogi, H., Wakabayashi, T. & Hagiwara, M. | Novel SR-protein-specific kinase, SRPK2, disassembles nuclear speckles. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biochem. Biophys. Res. Commun. | 242 | ??? | 357-364 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kamimoto, T., Nagai, Y., Onogi, H., Muro, Y., Wakabayashi, T. & Hagiwara, M. | Dymple, a novel dynamin-like high molecular weight GTPase lacking a proline-rich carboxyl-terminal domain in mammalian cells. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 273 | ??? | 1044-1051 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Kobayashi, M., Aita, N., Hayashi, S., Okada, K., Ohta, T. and Hirose, S. | DNA supercoiling factor localyzes to puffs on polytene vhromosomes in Drosophila. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Mol. Cell. Biol. | 18 | ??? | 6737-6744 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Lin, Y., Tong, T., Nomura, T., Dorjbal, D., Hayashi, N., Wei, W., Ohta, T., Roeder, G. R. and Murakami, S. | The HBV X protein is a cofactor of activated transcription that modulates the transcription machinery and disal binding activators. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 273 | ??? | 27097-27103 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Okamoto, T., Yamamoto, S., Watanabe, T., Ohta, T. , Hanaoka, F., Roeder, G. R. and Ohkuma, Y. | Analysis of the role of TFIIE in transcriptional regulation through structure-function studies of TFIIEb. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| J. Biol. Chem. | 273 | ??? | 19866-19876 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Shinohara, A., Shinohara, M., Ohta, T , Matsuda, S. and Ogawa, T. | Yeast Rad52-dependent homologous recombination involved an interaction with a single-stranded DNA binding protein, RPA. | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Genes Cells | 3 | ??? | 145-156 | 1998 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 萩原正敏 | 脳の科学 | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 星和書店 | 東京 | ??? | 941-944 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Masatoshi Hagiwara | Brain Science | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Seiwa-shoten | Tokyo | ??? | 941-944 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 太田力 | 蛋白質核酸酵素臨時増刊 | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 共立出版 | 東京 | ??? | 1427-1435 | |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Tsutomu Ohta | ??? | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kyoritsu-shuppan | Tokyo | ??? | 1427-1435 | 2000 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 太田力 | 実験医学別冊 | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 羊土社 | 東京 | ??? | 92-93 | 1999 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Tsutomu Ohta | ??? | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Youdo-sha | Tokyo | ??? | 92-93 | 1999 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 太田力、小川智子 | 蛋白質核酸酵素臨時増刊 | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 共立出版 | 東京 | ??? | 1830-1837 | 1999 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Tsutomu Ohta,Tomoko Ogawa | ??? | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kyoritsu-shuppan | Tokyo | ??? | 1830-1837 | 1999 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 太田力 | クロマチンと染色体 分子生物学イラストレイデット | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 羊土社 | 東京 | ??? | 118-125 | 1998 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Tsutomu Ohta | ??? | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Youdo-sha | Tokyo | ??? | 118-125 | 1998 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 萩原正敏、小泉順 | 細胞工学 | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 秀潤社 | 東京 | ??? | 1534-1540 | 1998 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Masatoshi Hagiwara,Jun Koizumi | Cell Technology | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Shujun-sha | Tokyo | ??? | 1534-1540 | 1998 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 萩原正敏 | 細胞工学 | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 秀潤社 | 東京 | ??? | 1498-1502 | 1998 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Masatoshi Hagiwara | Cell Technology | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Shujun-sha | Tokyo | ??? | 1498-1502 | 1998 |