| 研究推進分野名 | 計算科学 | |
| 研究プロジェクト名 | 第一原理からのタンパク質の立体構造予測シミュレーション法の開発 | |
| （英文名） | Development of Simulation Algorithms for the First-Principles Prediction of Three-Dimensional Structures of Proteins | |
| 研究期間 | 平成１０年度〜平成１４年度 |
| プロジェクト・リーダー名 | 研究経費 | 総額 ５０５,０９０千円 | ||
| 氏名・所属研究機関 所属部局・職名 |
岡本祐幸 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助教授 |
内訳 | 平成１０年度 | １０３,２９１千円 |
| 平成１１年度 | １０９,４４７千円 | |||
| 平成１２年度 | ６５,４００千円 | |||
| 平成１３年度 | １２７,９５２千円 | |||
| 平成１４年度 | ９９,０００千円 | |||
１．研究組織
| 氏名 | 所属機関・部局・職 | 研究プロジェクトでの役割分担 |
| 平田 文男 | 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・教授 | 溶媒班 |
| 青柳 睦 | 九州大学・情報基盤センター・教授 | 電子状態班 |
| 杉田 有治 | 東京大学・分子細胞生物学研究所・講師 | 計算手法班 |
| 奥村 久士 | 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助手 | 計算手法班 (平成14年10月1日から) |
| 長島 剛宏 | 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・技官 | 計算手法班 (平成13年４月1日から平成13年11月30日まで) |
| 佐藤 啓文 | 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助手 | 溶媒班 (平成14年3月31日まで) |
| KOVALENKO, Andriy | 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助手 | 溶媒班 (平成10年8月1日から) |
| 高橋 卓也 | 岡崎国立共同研究機構・計算科学研究ｾﾝﾀｰ・助手 | 溶媒班 |
| 南部 伸考 | 岡崎国立共同研究機構・計算科学研究ｾﾝﾀｰ・助手 | 電子状態班 |
| 中沢 隆 | 奈良女子大学・理学部・助教授 | 計算手法班 |
| 升屋 正人 | 鹿児島大学・総合情報センター・助教授 | 計算手法班 |
| 木下 正弘 | 京都大学・ｴﾈﾙｷﾞｰ理工学研究所・助教授 | 溶媒班 |
| 入佐 正幸 | 九州工業大学・情報工学部・講師 | 溶媒班 |
| 西川 武志 | 産業技術総合研究所・先端情報計算ｾﾝﾀｰ・研究員 | 計算手法班 (平成10年10月1日から) |
| 伊藤 正勝 | 日本学術振興会研究員 | 電子状態班 (平成11年4月1日から平成14年3月31日まで) |
| 光武 亜代理 | 慶應義塾大学・理工学部・助手 | 計算手法班 (平成12年4月1日から) |
| 今井 隆志 | 日本学術振興会研究員 | 溶媒班 (平成12年4月16日から平成13年6月30日まで) |
| 依田 隆夫 | 日本学術振興会研究員 | 計算手法班 (平成13年4月1日より) |
| 山口 毅 | 日本学術振興会研究員 | 溶媒班 (平成13年4月1日から平成14年3月31日まで) |
| 山崎 健 | 日本学術振興会研究員 | 溶媒班 （平成14年4月1日から） |
２．研究計画の概要
|
タンパク質分子の立体構造とその生化学的機能の間には密接な関係がある。よって、タンパク質の立体構造の研究は、その機能発現の仕組みを解明することを目指しており、究極的には新薬品や特定の機能を持った人工蛋白質の開発ばかりでなく、BSE（狂牛病）やアルツハイマー病などのタンパク質の誤った折り畳みに起因する病理の発現機構の解明へと直接つながっている。 タンパク質の立体構造がそのアミノ酸配列の情報のみで決まっている事は広く信じられているが、未だにその情報のみを使った計算機シミュレーションによる立体構造予測（第一原理からの立体構造予測）に完全に成功した例はない。よって、計算機技術の日進月歩の進歩にもかかわらず、第一原理からの構造予測は不可能というのが、国内外の専門家の「常識」とされてきた。本研究の目的はこの「常識」を覆すことであり、小タンパク質の系において第一原理からの立体構造予測に有効な分子シミュレーション法を開発することである。 本研究課題の困難の要因は二つあると考えられる。一つはタンパク質の内部自由度が膨大であることである。タンパク質の自然の構造は自由エネルギーの最小状態に対応するが、系にエネルギー極小状態が無数に存在するために、従来のシミュレーション法ではそれらの近傍に留まってしまって、構造予測が絶望的に難しくなるのである。もう一つの要因は溶媒や電子状態を含めた系のエネルギー関数の精度の問題である。エネルギー関数が間違っていれば、正しい立体構造予測ができないのは自明であろう。タンパク質は生体内で水やイオンを含む溶液中にあるが、溶媒である水は、最も複雑な液体のひとつであり、長年多くの理論家の挑戦を退けてきた、やっかいな物質である。また、酵素反応などを議論するとき、活性部位の電子状態の情報が重要であるが、タンパク質のような大きい系の電子状態の計算は容易ではない。 本研究は以上の二つの困難点を克服すること（すなわち、エネルギー極小状態に留まるのを避けられるシミュレーション手法を開発することと、エネルギー関数を正確かつ効率良く評価できる数値計算法を開発すること）により、第一原理からのタンパク質の立体構造予測に有効な手法を確立することを目指している。 |
３．研究目的
特に、1.と2.の有機的な共同研究を進め、有効なシミュレーション手法を確立することを目的とする。 |
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４．研究成果の概要
| ４−１ 研究計画、目的に対する成果 |
| 本プロジェクトでは、５年間にわたり、第一原理からのタンパク質の立体構造予測に有効なシミュレーション手法の開発をめざしてきた。そして、アミノ酸数が５０程度の小タンパク質に厳密な溶媒効果を取り入れた系でも、容易に利用できる拡張アンサンブル法の開発を目指したわけである。本プロジェクトの５年間で、RISM理論の改良などにより、溶媒効果の精度を上げることに成功した。また、１０以上の拡張アンサンブル法を新たに開発したが、その中で、特に、レプリカ交換マルチカノニカル法、マルチカノニカルレプリカ交換法、レプリカ交換焼き戻し法、多次元レプリカ交換法などが現実のタンパク質の系に有効な、「究極の拡張アンサンブル法」と言える。この時点で、本プロジェクトの当初の目標は達成されたと言える。実際、これらの新手法は、発表と同時に、国内ばかりでなく、海外でも注目を集め、多数の国際会議への招待講演や総説・解説の招待執筆や本の執筆依頼などを受けることになる（以下の「6. 研究成果発表状況」を参照）。そして、海外の有力グループの多くが本プロジェクトで開発された手法を彼らの研究に実際に導入して、研究発表を行うようになり、わずかの期間のうちに、これらの国産の手法が世界に広まりつつあると言える。
|
４−２ 研究計画、目的外の成果 |
| 本プロジェクトでは、タンパク質の立体構造予測に有効な計算機シミュレーション手法の開発を目指したが、この目的外の成果としては、我々が開発した拡張アンサンブル法が、広く統計力学、計算物理学、計算化学の分野に影響を与えたことである。実際、いろいろな分野の国際会議への招待講演や総説・解説の執筆依頼などを受けた（以下の「6. 研究成果発表状況」を参照）。また、我々自身、タンパク質とは違う系における拡張アンサンブルシミュレーションを実行して、他の分野においても、我々の新手法が有効であることを示す論文も発表した。
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４−３ 研究成果の展望 |
| 上で述べたように、本プロジェクトの当初の目標は達成されたと言える。我々は更に一歩先に進み、これらの強力な新手法を用いて、これまで広く使われてきたタンパク質系の標準的なエネルギー関数（力場）が、立体構造予測を可能にする程の精度をもつか否かの判定を行った。このようなテストは、シミュレーションがエネルギー極小状態に留まってしまわない強力な拡張アンサンブル法が存在して初めて可能となることであり、本プロジェクトの自然な延長上に位置する訳である。この判定もほぼ終わりの所までこぎ着けた。 本プロジェクト終了後の展望であるが、一つ目は上の判定で最善とされたエネルギー関数と本プロジェクトで開発された強力な拡張アンサンブル法を用いて、アミノ酸数５０程度の小タンパク質の第一原理からの立体構造予測に挑戦するべき時期がやってきたということである。実際、我々の論文発表後、IBMのBlueGene計画や米国の有力グループが、我々が開発したレプリカ交換分子動力学法を用いて、このサイズのタンパク質の立体構造予測にこぞって挑戦を始めていて、競争が激化している。我々はこれらの有力グループほどの計算機パワーを持ち合わせていないので、このままでは、我々が手法を用意して、欧米のグループがそれを使ってどんどん結果を出していくということになりかねないと危惧される状態に陥っている。地球シミュレータを初め、我が国が誇る計算機をこの問題に投入する必要性を切実に感じる次第である。 本プロジェクト終了後の二つ目の展望は、より精度の高いエネルギー関数を独自に開発するべきであるということである。既存の力場は全て海外の研究者が開発したものなので、初めて我が国から新しいエネルギー関数を提案することになる。まだ、試行錯誤の段階であるが、我々は既にこの問題に真剣に取り組み始めている。 |
４−４ 本事業の趣旨に鑑み、果たした役割 |
| 本プロジェクトで開発された強力な拡張アンサンブル法を使うことにより、アミノ酸配列の情報のみを使う、第一原理からのタンパク質の立体構造予測シミュレーションが可能となるのではないかという機運が世界的に高まりつつある。折しも先日、ヒトゲノムの解読完了がメディアに発表されたばかりである。すなわち、ヒトの細胞が合成する約３万個のタンパク質のアミノ酸配列が決定されたことになる。この後に続く、いわゆるポストゲノム時代の最重要課題は、これらのアミノ酸配列の情報から、タンパク質の立体構造を決定するとともにその機能を予測することである。現在、タンパク３０００プロジェクトが進行中であり、実験的にタンパク質の立体構造を決定する研究が世界中で押し進められている。本プロジェクトの結果は、これを計算機シミュレーションで可能とする方向に導くものであり、ポストゲノム時代の重要な手法となるものと期待される。そして、タンパク質の立体構造が計算機シミュレーションでどんどん予測できるようになることにより、究極的には新薬品の開発ばかりでなく、アルツハイマー病などのタンパク質の誤った折り畳みに起因する病理の発現機構の解明に大きく貢献すると期待される。本プロジェクトの成果は、正に２１世紀の生命科学の基礎研究、バイオ産業の育成、国民の高齢化問題などの未来を開拓することにつながるものである。
|
５．キーワード
| (1)タンパク質 | (2)分子シミュレーション | (3)分子液体論 |
| (4)電子状態理論 | (5)拡張アンサンブル法 | (6)RISM |
| (7)マルチカノニカル法 | (8)レプリカ交換法 | (9)ポストゲノム |
６．研究成果発表状況
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake, Y. Sugita, and Y. Okamoto | Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. I. Formulation and benchmark test | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 118 | 14 | 6664-6675 | 2003 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake, Y. Sugita, and Y. Okamoto | Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. II. Application to a more complex system | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 118 | 14 | 6676-6688 | 2003 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Nakazawa, S. Ban, Y. Okuda, M. Masuya, A. Mitsutake, and Y. Okamoto | A pH-dependent variation in α-helix structure of the S-peptide of ribonuclease A studied by Monte Carlo simulated annealing | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biopolymers | 63 | ??? | 273-279 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 廣安知之、三木光範、小掠真貴、岡本祐幸 | 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討 | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 情報処理学会論文誌：数理モデル化とその応用 | 43 | SIG7 | 70-79 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Hiroyasu, M. Miki, M. Ogura, and Y. Okamoto | Examination of parallel simulated annealing using genetic crossover | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| IPSJ TOM | 43 | SIG7 | 70-79 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Yamaguchi, and F. Hirata | Translational diffusion and reorientational relaxation of water analyzed by site-site generalized Langevin theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 116 | 6 | 2502-2507 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| H. Sato and F. Hirata | Equilibrium and nonequilibrium solvation structure of hexaamineruthenium (II,III) in aqueous solution: ab initio RISM-SCF study | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry A | 106 | 10 | 2300-2304 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| K. Yoshida, A. Kovalenko, T. Yamaguchi, and F. Hirata | Structure of tert-butyl alcohol-water mixtures studied by the RISM theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry B | 106 | 19 | 5042-5049 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Imai, H. Nomura, M. Kinoshita, and F. Hirata | Partial molar volumes and compressibilities of alkali-halide ions in aqueous solution: hydration shell analysis with an integral equation theory of molecular liquids | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry B | 106 | 29 | 7308-7314 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Yamaguchi and F. Hirata | Interaction-site model description of the reorientational relaxation of molecular liquids: incorporation of the interaxial coupling into the site-site generalized Langevin/mode-coupling theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 117 | 5 | 2216-2224 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Kimura, N. Matsubayashi, H. Sato, F. Hirata, and M. Nakahara | Enthalpy and entropy decomposition of free-energy changes for side-chain conformations of asparatic acid and asparagines in acidic, neutral, and basic aqueous solutions | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry B | 106 | 47 | 12336-12343 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| C. Muguruma, Y. Okamoto, and M. Mikami | An application of the multicanonical Monte Carlo method to the bulk water system | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Internet Electronic Journal of Molecular Design | 1 | ??? | 583-592 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Nagasima, Y. Sugita, A. Mitsutake, and Y. Okamoto | Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Computer Physics Communications | 146 | 1 | 69-76 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko and F. Hirata | Towards a molecular theory for the van der Waals-Maxwell description of fluid phase transition (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Theoretical and Computational Chemistry | 1 | ??? | 381-406 | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Ishikawa, Y. Sugita, T. Nishikawa, and Y. Okamoto | Ab initio replica-exchange Monte Carlo method for cluster studies | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 333 | 1-2 | 199-206 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Okabe, M. Kawata, Y. Okamoto, and M. Mikami | Replica-exchange Monte Carlo method for the isobaric-isothermal ensemble | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 335 | 5-6 | 435-439 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations and structure predictions (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Computer Physics Communications | 142 | 1-3 | 55-63 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Molecular Liquids | 90 | 1-3 | 195-204 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Harano, T. Imai, A. Kovalenko, M. Kinoshita, and F. Hirata | Theoretical study for partial molar volume of amino acids and polypeptides by the three-dimensional reference interaction site model | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 114 | 21 | 9506-9511 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Imai, Y. Harano, A. Kovalenko, and F. Hirata | Theoretical study for volume changes associated with the helix-coil transition of polypeptides | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biopolymers | 59 | 7 | 512-519 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, T. Imai, A. Kovalenko, and F. Hirata | Improvement of the reference interaction site model theory for calculating the partial molar volume of amino acids and polypeptides | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 348 | 3-4 | 337-342 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Yamaguchi and F. Hirata | Site-site mode-coupling theory for the shear viscosity of molecular liquids | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 115 | 20 | 9340-9345 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| K. Nishiyama, F. Hirata, and T. Okada | Nonlinear response of solvent molecules induced by instantaneous change of solute electronic structure studied by RISM theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Molecular Structure | 31 | ??? | 565-567 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko and F. Hirata | Description of a polar molecular liquid in a disordered microporous material with activating chemical groups by a replica RISM theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Condensed Matter Physics | 4 | ??? | 643-678 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Molecular Liquids | 90 | 1-3 | 195-204 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 木下正弘、岡本祐幸、平田文男 | 水中およびアルコール中におけるペプチドの立体構造解析 (招待論文) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 蛋白質 核酸酵素 | 46 | 6 | 713-718 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Theoretical analysis of peptide conformations in water and in alcohol (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Protein, Nucleic Acid and Enzyme | 46 | 6 | 713-718 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake, Y. Sugita, and Y. Okamoto | Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations of biopolymers (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Biopolymers (Peptide Science) | 60 | 2 | 96-123 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 杉田有治、光武亜代理、岡本祐幸 | 拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション (招待論文) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 日本物理学会誌 | 56 | 8 | 591-599 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita, A. Mitsutake, and Y. Okamoto | Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| BUTSURI | 56 | 8 | 591-599 | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| S. Nanbu, S. K. Gray, T. Kinoshita, and M. Aoyagi | Theoretical study of the potential energy surfaces and bound states of HCP | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 112 | ??? | 5866-5876 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | First-principles protein folding simulations (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Molecular Simulation | 24 | 4-6 | 351-368 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Nishikawa, H. Ohtsuka, Y. Sugita, M. Mikami, and Y. Okamoto | Replica-exchange Monte Carlo method for Ar fluid | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Progress of Theoretical Physics Supplement | ??? | 138 | 270-271 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Progress of Theoretical Physics Supplement | ??? | 138 | 301-310 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita and Y. Okamoto | An analysis on protein folding problem by replica-exchange method | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Progress of Theoretical Physics Supplement | ??? | 138 | 402-403 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Harano, H. Sato, and F. Hirata | Solvent effects on a Diels-Alder reaction in supercritical water: RISM-SCF study | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of the American Chemical Society | 122 | 10 | 2289-2293 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Peptide conformations in alcohol and water: analyses by the reference interaction site model theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of the American Chemical Society | 122 | 12 | 2773-2779 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Imai, M. Kinoshita, and F. Hirata | Salt effect on stability and solvation structure of peptide: an integral equation study | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Bulletin of the Chemical Society of Japan | 73 | 5 | 1113-1122 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| H. Sato, A. Kovalenko, and F. Hirata | Self-consistent field, ab initio molecular orbital and three-dimensional reference interaction site model study for solvation effect on carbon monoxide in aqueous solution | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 112 | 21 | 9463-9468 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Imai, M. Kinoshita, and F. Hirata | Theoretical study for partial molar volume of amino acids in aqueous solution | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 112 | 21 | 9469-9478 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko and F. Hirata | Potentials of mean force of simple ions in ambient aqueous solution. I. Three-dimensional reference interaction site model approach | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 112 | 23 | 10391-10402 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko and F. Hirata | Potentials of mean force of simple ions in ambient aqueous solution. II. Solvation structure from the three-dimensional reference interaction site model approach, and comparison with simulations | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 112 | 23 | 10403-10417 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake and Y. Okamoto | Helix-coil transitions of amino-acid homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical simulations | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 112 | 5-6 | 10638-10647 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Yamazaki, H. Sato, and F. Hirata | NMR chemical shifts in solution: a RISM-SCF approach | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 325 | ??? | 668-674 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko and F. Hirata | Hydration free energy of hydrophobic solutes studied by RISM with a repulsive bridge correction and a thermodynamic perturbation method | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 113 | 7 | 2793-2805 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita, A. Kitao, and Y. Okamoto | Multidimensional replica-exchange method for free-energy calculations | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 113 | 15 | 6042-6051 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko, F. Hirata, and M. Kinoshita | Hydration structure and stability of Met-enkephalin studied by a three-dimensional RISM with a repulsive bridge and thermodynamic perturbation method | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 113 | 21 | 9830-9836 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita and Y. Okamoto | Replica-exchange multicanonical algorithm and multicanonical replica-exchange method for simulating systems with rough energy landscape | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 329 | 3-4 | 261-270 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake, M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Multicanonical algorithm combined with the RISM theory for simulating peptides in aqueous solution | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 329 | 3-4 | 295-303 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake and Y. Okamoto | Replica-exchange simulated tempering method for simulations of frustrated systems | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 332 | 1-2 | 131-138 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 杉田有治, 北尾彰朗 | 理論計算からタンパク質の変性構造を探る (招待論文) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 生物物理 | 40 | 6 | 368-373 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita and A. Kitao | Theoretical studies on the role of the denatured state in protein stability (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| BIOPHYSICS | 40 | 6 | 368-373 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 木下正弘, 岡本祐幸, 平田文男 | タンパク質立体構造形成における溶媒効果 (招待論文) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 生物物理 | 40 | 6 | 374-378 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Solvent effects on formation of tertiary structure of protein (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| BIOPHYSICS | 40 | 6 | 374-378 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 岡本祐幸 | 立体構造予測シミュレーション(招待論文) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 生物物理 | 40 | 5 | 308-309 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Simulations for tertiary structure prediction (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| BIOPHYSICS | 40 | 5 | 308-309 | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Nakazawa and Y. Okamoto | Electrostatic effects on the α-helix and β-strand folding of BPTI(16-36) as predicted by Monte Carlo simulated annealing | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Peptide Research | 54 | ??? | 230-236 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann, Y. Okamoto, and J.N. Onuchic | The folding funnel landscape for the peptide Met-enkephalin | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| PROTEINS: Structure, Function, and Genetics | 34 | 4 | 472-483 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | Finite-size scaling of helix-coil transitions in poly-alanine studied by multicanonical simulations | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 110 | 2 | 1267-1276 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto, M. Masuya, M. Nabeshima, and T. Nakazawa | β-Sheet formation in BPTI (16-36) by Monte Carlo simulated annealing | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 299 | ??? | 17-24 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Analysis on conformational stability of C-peptide of ribonuclease A in water using the reference interaction site model theory and Monte Carlo simulated annealing | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 110 | 8 | 4090-4100 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | Effects of side-chain charges on α-helix stability in C-peptide of ribonuclease A studied by multicanonical algorithm | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry B | 103 | 9 | 1595-1604 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake, M. Irisa, Y. Okamoto, and F. Hirata | Classification of low-energy conformations of Met-enkephalin in the gas phase and in a model solvent based on the extended scaled particle theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Bulletin of the Chemical Society of Japan | 72 | 8 | 1717-1729 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake and Y. Okamoto | α-Helix propensities of homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical algorithm | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 309 | 1-2 | 95-100 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita and Y. Okamotoo | Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ< /TD> | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 314 | 1-2 | 141-151 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Ishida, F. Hirata, and S. Kato | Thermodynamics analysis of the solvent effect on tautomerization of acetylacetone: an ab initio approach | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry | 110 | 8 | 3938-3945 | 199 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko, S. Ten-no, and F. Hirata | Acceleration of liquid structure calculations by modified direct inversion in the iterative subspace | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Computational | 20 | 9 | 928-936 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| H. Sato and F. Hirata | Revisiting the acid-base equilibrium in aqueous solutions of hydrogen halides: study by the ab inition electronic structure theory combined with the statistical mechanics of molecular liquids | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of the American Chemical Society | 121 | ??? | 2460-2467 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko and F. Hirata | Self-consistent description of a metal-water interface by the Khon-Sham density functional theory and three-dimensional reference interaction site model | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 110 | ??? | 10095-10112 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| S. Chong and F. Hirata | Dynamics of ions in liquid water: an interaction-site-model description | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 111 | 8 | 3654-3667 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| S. Chong and F. Hirata | Interaction-site-model description of collective excitations in liquid water. I. Theoretical study | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 111 | 7 | 3083-3094 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| H. Sato and F. Hirata | Ab initio study on molecular properties and thermodynamics of water: a theoretical prediction of pKw over a wide range of temperature and density | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry B | 103 | 31 | 6596-6604 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Ishida, F. Hirata, and S. Kato | Solvation dynamics of benzonitrile excited state in polar solvents: a time-dependent reference interaction site model self-consistent field approach | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 110 | 23 | 11423-11432 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| R. Akiyama, M. Kinoshita, and F. Hirata | Free energy profiles of electron transfer at water-electrode interface studied by the reference interaction site model(RISM) theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 305 | 3-4 | 251-257 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Nishikawa, T. Kinoshita, S. Nanbu, and M. Aoyagi | A theoretical study on structures and vibrational spectra of C84 fullerene isomers | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Molecular Structures (THEOCHEM) | 461/462 | ??? | 453-461 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| S. Kondo, K. Tokuhashi, H. Nagai, A. Takahashi, M. Sugie, and M. Aoyagi | Ab initio molecular orbital studies of isomerization reaction from c-OSiH2O to t-OSiHOH | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Molecular Structures (THEOCHEM) | 469 | ??? | 25-30 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | The generalized-ensemble approach for protein folding simulations (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Annual Reviews of Computational Physics VI, D. Stauffer (ed.), World Scientific, Singapore | ??? | ??? | 129-157 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Tackling the multiple-minima problem in protein folding by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| International Journal of Modern Physics C | 10 | 8 | 1571-1582 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | Tackling the protein folding problem by a generalized-ensemble approach with Tsallis statistics (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Brazilian Journal of Physics | 29 | 1 | 187-198 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | New Monte Carlo algorithms for protein folding (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| urrent Opinion in Structural Biology | 9 | 2 | 177-183 | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | Tertiary structure prediction of C-peptide of ribonuclease A by multicanonical algorithm | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry B | 102 | 4 | 653-656 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | First-principle determination of peptide conformations in solvents: combination of Monte Carlo simulated annealing and RISM theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of the American Chemical Society | 120 | 8 | 1855-1863 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Calculation of solvation free energy for a peptide in salt solution using the RISM theory | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Computational Chemistry | 19 | 15 | 1724-1735 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| U.H.E. Hansmann, F. Eisenmenger, and Y. Okamoto | Stochastic dynamics simulations in a new generalized Ensemble | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 297 | 5-6 | 374-382 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata | Singular behavior of the reference interaction site model theory observed for peptide in salt solution | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 297 | 5-6 | 433-438 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| H. Sato and F. Hirata | Theoretical study for autoionization of liquid water: temperature dependence of the ionic product (pKw) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Physical Chemistry A | 102 | 15 | 2603-2608 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| R. Akiyama and F. Hirata | Theoretical study for water structure at highly ordered surface: effect of surface structure | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 108 | 12 | 4904-4911 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Kovalenko and F. Hirata | Three-dimensional density profiles of water in contact with a solute of arbitrary shape: a RISM approach | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Chemical Physics Letters | 290 | 1-3 | 237-244 | |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| S. H. Chong and F. Hirata | Time-correlation functions in molecular liquids studied by the mode-coupling theory based on the interaction-site model | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Physical Review E | 58 | ??? | 7296-7308 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Suzuki, H. Katayanagi, S. Nanbu, and M. Aoyagi | Nonadiabatic bending dissociation in 16 valence electron system OCS | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Chemical Physics | 109 | 14 | 5778-5794 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding problem as studied by new simulation algorithms (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Recent Research Developments in Pure & Applied Chemistry | 2 | ??? | 1-23 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 岡本祐幸 | 拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション (招待論文) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 物性研究 | 71 | 3 | 335-347 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| BUSSEI KENKYU | 71 | 3 | 335-347 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 岡本祐幸 | モンテカルロシミュレーションによるタンパク質の立体構造予測 (招待論文) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 生物物理 | 38 | 5 | 203-207 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein tertiary structure predictions by Monte Carlo simulations (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| BIOPHYSICS | 38 | 5 | 203-207 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| 岡本祐幸 | モンテカルロシミュレーションで探るタンパク質の折り畳み機構（招待論文） | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| 物性研究 | 70 | 6 | 719-742 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding mechanism studied by Monte Carlo simulations (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| BUSSEI KENKYU | 70 | 6 | 719-742 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| A. Mitsutake, U.H.E. Hansmann, and Y. Okamoto | Temperature dependence of distributions of conformations of a small peptide | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Journal of Molecular Graphics and Modelling | 16 | 4-6 | 226-238 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Towards the prediction of protein tertiary structures from first principles (Invited) | |||
| 学術雑誌名 | 巻 | 号 | ページ | 発行年 |
| Physica A | 254 | ??? | 7-14 | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Atom-level simulations of protein folding (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 7th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics (SCI2003)“Atom-Level Informatics, Simulations and Experiments in Materials Designing” | Orlando, Florida, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2003 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding dynamics studied by generalized-ensemble simulations (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Telluride Workshop: Protein Dynamics | Telluride, Colorado, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2003 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Metropolis algorithms in generalized ensemble (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The Monte Carlo Method in the Physical Sciences: Celebrating the 50th Anniversary of the Metropolis Algorithm | Los Alamos, New Mexico, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2003 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Free energy landscape of protein folding studied by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| CECAM Workshop: Metastability and Landscapes in Complex Systems | Lyon, France | ??? | ???-??? | 2003 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Molecular simulations of protein folding (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 2002 COE Conference of IMS “Dynamical Structures and Molecular Design of Metalloproteins” | Okazaki, Japan | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Computer simulations of protein folding by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Trilateral Symposium on Structural Biology: Japan, U.K. and U.S.A. | Yokohama, Japan | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Free energy calculations in protein folding by generalized-ensemble simulations (Plenary Paper, Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 11th Current Trends in Computational Chemistry | Jackson, Mississippi, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations and structure predictions by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Second KIAS Conference on Protein Structure and Function: Structure and Mechanism in Protein Science | Seoul, Korea | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Hydrogen bonds in biopolymers studied by generalized-ensemble simulations (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Japanese-Polish Seminar“Advances in Hydrogen Bond Research” | Tsukuba, Japan | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata | Combined quantum and statistical mechanics approach for hydrogen-bonding in solution (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Japanese-Polish Seminar: Advances in Hydrogen Bond Research | Tsukuba, Japan | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Computer simulations of spin systems and protein systems in generalized ensemble (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| StatPhys-Taiwan-2002 | Taipei, Taiwan | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Generalized-ensemble algorithms: enhanced sampling techniques for molecular simulations (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 223rd American Chemical Society National Meeting, Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division “Enhanced Sampling Techniques in Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulations” | Orlando, Florida, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Okazaki Lectures (Asian Winter School): New Trends of Biochemical Physics | Okazaki, Japan | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | All-atom simulations of protein folding by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| U.S.-Japan Cooperative Science Program Workshop on Folding Function and Funnels | Hawaii, Hawaii, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata, T. Imai, Y. Harano, A. Kovalenko, and M. Kinoshita | Theoretical study of partial molar volume and compressibility based on the Kirkwood-Buff theory combined with the RISM/3D-RISM equation (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 85th CSC Symposium: Aqueous Solutions: Experiment and Theory | Vancouver, B.C., Canada | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata and A. Kovalenko | Phase behavior of solutions confined in nanoporous media (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Yangtze Conference of Fluids and Interfaces | Nanjing-Chongqing, China | ??? | ???-??? | 2002 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| STATPHYS21 Satellite Conference: Challenges in Computational Statistical Physics in the 21st Century | Athens, Georgia, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata | Molecular theory of partial molar volume: thermodynamic response of protein conformation to pressure (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| International Symposium on Structure, Dynamics, and Folding of Protein as Viewed from Pressure Axis | Otsu, Japan | ??? | ???-??? | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata | Non-linearity in atomic interactions in protein (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Symposium on Protein Folding Studies: Current Status and Future Perspective | Tokyo, Japan | ??? | ???-??? | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita | Generalized-ensemble algorithms for protein folding in solution (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Asian Joint Workshop for Protein Informatics | Osaka, Japan | ??? | ???-??? | 2001 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding mechanism as studied by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| SIMU Workshop: Multiscale Modeling of Macromolecular Systems | Mainz, Germany | ??? | ???-??? | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations and structure predictions (Plenary Paper, Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The Conference on Computational Physics 2000 (CCP2000): New Challenges for the New Millenium | Gold Coast, Queensland, Australia | ??? | ???-?? | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata | Interaction-site description of collective excitations and ion dynamics in water (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| 2000 Gordon Research Conference on Water and Aqueous Solution | Plymouth, Massachusetts, U.S.A. | ??? | ???-??? | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| T. Yamazaki, H. Sato, and F. Hirata | NMR chemical shift due to solvation: RISM-SCF study (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| 2000 ACS Symposium on Frontiers in Biophysical Theory | Washington, D.C., U.S.A. | ??? | ???-??? | 2000 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 24th Taniguchi International Symposium: Old and New Views of Protein Folding | Kisarazu, Japan | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Sugita | Computational analysis of protein thermal stability and the denatured state (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 24th Taniguchi International Symposium “Old and New Views of Protein Folding” | Kisarazu, Japan | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Ab initio predictions of three-dimensional strucutres of proteins by Monte Carlo simulations (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| SCRI International Workshop on Monte Carlo and Structure Optimization Methods for Biology, Chemistry and Physics | Tallahassee, Florida, U.S.A. | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations by Monte Carlo simulated annealing and multicanonical algorithm (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| International Conference, Optimization in Computational Chemistry and Molecular Biology: Local and Global Approaches | Princeton, New Jersey, U.S.A. | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Tackling the multiple-minima problem in protein folding by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| U.S.-Japan Bilateral Seminar: Understanding and Conquering Long Time Scales in Computer Simulations | Maui, Hawaii, U.S.A. | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein tertiary structure predictions by generalized-ensemble simulations (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| CECAM Workshop: Overcoming Broken Ergodicity in Simulations of Condensed Matter Systems | Lyon, France | ??? | ???-??????-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations by simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 5th International Conference on Computational Physics (ICCP5) | Kanazawa, Japan | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata | Collective density fluctuations in polar liqiuds and their response to ion dynamics (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The8th Korea-Japan Joint Symposium on Molecular Science: on Molecular Spectroscopy & Theoretical Chemistry | Taejon, Korea | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita | Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Pre-Symposium of the 26th International Conference on Solution Chemistry: Symposium on Liquid State Theories in Chemistry | Okazaki, Japan | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata | Molecular processes in solvation dynamics (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 26th International Conference on Solution Chemistry | Fukuoka, Japan | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Aoyagi | Wavepacket dynamics of photodissociation and photoisomerization (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 218th American Chemical Society National Meeting | New Orleans, Lousiana, U.S.A. | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata | Equilibrium and non-equilibrium processes in solution described by interaction-site model of molecular Liquids (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| European Research Conference “Molecular Liquids: New Trends in the Study of Dynamical Properties” | San Feliu de Guixol, Spain | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata, A. Kovalenko, and R. Akiyama | Molecular theory of electrode-solution interface (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| The 1999 Joint International Meeting of Electrochemical Societies of USA and Japan | Honolulu, Hawaii, U.S.A. | ??? | ???-??? | 1999 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding simulations by new algorithms (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| International Symposium: Protein Structure, Stability and Folding | Moscow, Russia | ??? | ???-??? | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein tertiary structure predictions by Monte Carlo simulations (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Keihanna International Workshop: Pressure Effects on Protein Dynamics and Folding | Keihanna, Japan | ??? | ???-??? | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| Y. Okamoto | Protein folding problem as studied by Monte Carlo simulations (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| First Brazilian School on Emergent Sciences | Sao Jose dos Campos, Sao Paulo, Brazil | ??? | ???-??? | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| M. Kinoshita | Combination of Monte Carlo simulated annealing and RISM theory for analyzing conformational stability of peptide in solvents (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| 13th Canadian Symposium on Theoretical Chemistry | Vancouver, Canada | ??? | ???-??? | 1998 |
| 全著者名 | 論文名 | |||
| F. Hirata and T. Imai | Structure-volume-pressure relationship of aqueous solutions (Invited) | |||
| 会議名 | 開催場所 | 論文番号 | ページ | 発表年 |
| Keihanna International Workshop | Keihanna, Japan | ??? | ???-??? | 1998 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| F. Hirata (Editor) | Molecular Theory of Solvation | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ??? | 1-??? | 2003 (in press) |
| 全著者名 | 書名 | |||
| F. Hirata (Editor) | Molecular Theory of Solvation | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ??? | 1-60 | 2003 (in press) |
| 全著者名 | 書名 | |||
| H. Sato | Molecular Theory of Solvation (Editor: F. Hirata) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ??? | 61-100 | 2003 (in press) |
| 全著者名 | 書名 | |||
| M. Kinoshita | Molecular Theory of Solvation (Editor: F. Hirata) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ??? | 101-170 | 2003 (in press) |
| 全著者名 | 書名 | |||
| A. Kovalenko | Molecular Theory of Solvation (Editor: F. Hirata) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ??? | 171-278 | 2003 (in press) |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 岡本祐幸 | 生物物理学ハンドブック(石渡, 桐野, 桐野, 美宅 編) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 朝倉書店 | 東京 | ??? | ???-??? | 2003 (印刷中) |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto | Handbook of Biophysics (Editors: S. Ishiwata, I. Kirino, Y. Kiniro, and S. Mitaku) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Asakura Book Store | Tokyo | ??? | ???-??? | 2003 (in press) |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 岡本祐幸 | 先端化学シリーズ IV：理論・計算化学 クラスター スペースケミストリー (日本化学会 編) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 丸善 | 東京 | ISBN 4-621-07159-9 | 63-67 | 2003 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto | Frontier Chemistry Series IV: Theoretical and Computational Chemistry, Clusters, and Space Chemistry (Editor: Chemical Society of Japan) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Maruzen | Tokyo | ISBN 4-621-07159-9 | 63-67 | 2003 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 平田文男, 佐藤啓文 | 超臨界流体のすべて (荒井康彦監修) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| テクノシステム | 東京 | ISBN4-924728-41-1 | 155-159 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| F. Hirata and H. Sato | Fundamentals and Applications of Supercritical Fluids (Editor: Y. Arai) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Technosystem | Tokyo | ISBN 4-924728-41-1 | 155-159 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 岡崎進, 岡本祐幸（編集） | 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」 | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 化学同人 | 京都 | ISBN 4-7598-0738-1 | 1-262 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| S. Okazaki and Y. Okamoto (Editors) | Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems” | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kagaku-Dojin | Kyoto | ISBN4-7598-0738-1 | 1-262 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 岡本祐幸 | 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」（岡崎進, 岡本祐幸 編） | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 化学同人 | 京都 | ISBN 4-7598-0738-1 | 25-42 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto | Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems” (Editors: S. Okazaki and Y. Okamoto) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kagaku-Dojin | Kyoto | ISBN4-7598-0738-1 | 25-42 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 岡本祐幸 | 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」（岡崎進, 岡本祐幸 編） | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 化学同人 | 京都 | ISBN 4-7598-0738-1 | 84-97 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto | Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems” (Editors: S. Okazaki and Y. Okamoto) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kagaku-Dojin | Kyoto | ISBN4-7598-0738-1 | 84-97 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| 木下正弘 | 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」（岡崎進, 岡本祐幸 編） | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| 化学同人 | 京都 | ISBN 4-7598-0738-1 | 131-139 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| M. Kinoshita | Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems” (Editors: S. Okazaki and Y. Okamoto) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kagaku-Dojin | Kyoto | ISBN4-7598-0738-1ISBN4-7598-0738-1 | 131-139 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Sugita and Y. OkamotoY. Sugita and Y. Okamoto | Lecture Notes in Computational Science and Engineering, Computational Methods for Macromolecules: Challenges and Applications (Editors: T. Schlick and H.H. Gan ) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Springer-Verlag | Berlin | ISBN 3-540-43756-8 | 304-332 | 2002 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto | Encyclopedia of Optimization Vol. III (Editors: C.A. Floudas and P.M. Pardalos) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ISBN 0-7923-6932-7ISBN 0-7923-6932-7 | 425-439 | 2001 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | Encyclopedia of Optimization Vol. IV (Editors: C.A. Floudas and P.M. Pardalos) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ISBN 0-7923-6932-7 | 392-401 | 2001 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| S. Abe and Y. Okamoto (Editors) | Lecture Notes in Physics: Nonextensive Statistical Mechanics and Its Applications | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Springer-Verlag | Berlin | ISBN 3-540-41208 | 1-277 | 2001 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto and U.H.E. Hansmann | Lecture Notes in Physics: Nonextensive Statistical Mechanics and Its Applications (Editors: S. Abe and Y. Okamoto) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Springer-Verlag | Berlin | ISBN 3-540-41208 | 259-274 | 2001 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto | Optimization in Computational Chemistry and Molecular Biology (Editors: C.A. Floudas and P.M. Pardalos ) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Kluwer Academic | Dordrecht | ISBN 0-7923-6155-5 | 73-90 | 2000 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto | Annual Reviews of Computational Physics VI (Editor: D. Stauffer) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| World Scientific | Singapore | ISBN 981-02-3563-1 | 129-157 | 1999 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Sugita | Old and New Views of Protein Folding (Editors: K. Kuwajima and M. Arai) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Elsevier Science | Amsterdam | ISBN 0-444-502912 | 185-193 | 1999 |
| 全著者名 | 書名 | |||
| Y. Okamoto | Old and New Views of Protein Folding (Editors: K. Kuwajima and M. Arai) | |||
| 出版者名 | 出版場所 | ISBN番号 | ページ | 発行年 |
| Elsevier Science | Amsterdam | ISBN 0-444-502912 | 227-236 | 1999 |