平成14年度日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業研究成果報告書概要



研究推進分野名   計算科学
 
研究プロジェクト名   第一原理からのタンパク質の立体構造予測シミュレーション法の開発
 
(英文名)   Development of Simulation Algorithms for the First-Principles Prediction of Three-Dimensional Structures of Proteins
 
研究期間   平成10年度〜平成14年度

プロジェクト・リーダー名 研究経費 総額  505,090千円
氏名・所属研究機関
所属部局・職名
岡本祐幸
岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助教授
内訳 平成10年度 103,291千円
平成11年度 109,447千円
平成12年度 65,400千円
平成13年度 127,952千円
平成14年度 99,000千円

1.研究組織

氏名 所属機関・部局・職 研究プロジェクトでの役割分担
平田 文男 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・教授 溶媒班
青柳 睦 九州大学・情報基盤センター・教授 電子状態班
杉田 有治 東京大学・分子細胞生物学研究所・講師 計算手法班
奥村 久士 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助手 計算手法班
(平成14年10月1日から)
長島 剛宏 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・技官 計算手法班
(平成13年4月1日から平成13年11月30日まで)
佐藤 啓文 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助手 溶媒班
(平成14年3月31日まで)
KOVALENKO, Andriy 岡崎国立共同研究機構・分子科学研究所・助手 溶媒班
(平成10年8月1日から)
高橋 卓也 岡崎国立共同研究機構・計算科学研究センター・助手 溶媒班
南部 伸考 岡崎国立共同研究機構・計算科学研究センター・助手 電子状態班
中沢 隆 奈良女子大学・理学部・助教授 計算手法班
升屋 正人 鹿児島大学・総合情報センター・助教授 計算手法班
木下 正弘 京都大学・エネルギー理工学研究所・助教授 溶媒班
入佐 正幸 九州工業大学・情報工学部・講師 溶媒班
西川 武志 産業技術総合研究所・先端情報計算センター・研究員 計算手法班
(平成10年10月1日から)
伊藤 正勝 日本学術振興会研究員 電子状態班
(平成11年4月1日から平成14年3月31日まで)
光武 亜代理 慶應義塾大学・理工学部・助手 計算手法班
(平成12年4月1日から)
今井 隆志 日本学術振興会研究員 溶媒班
(平成12年4月16日から平成13年6月30日まで)
依田 隆夫 日本学術振興会研究員 計算手法班
(平成13年4月1日より)
山口 毅 日本学術振興会研究員 溶媒班
(平成13年4月1日から平成14年3月31日まで)
山崎 健 日本学術振興会研究員 溶媒班
(平成14年4月1日から)

2.研究計画の概要

 タンパク質分子の立体構造とその生化学的機能の間には密接な関係がある。よって、タンパク質の立体構造の研究は、その機能発現の仕組みを解明することを目指しており、究極的には新薬品や特定の機能を持った人工蛋白質の開発ばかりでなく、BSE(狂牛病)やアルツハイマー病などのタンパク質の誤った折り畳みに起因する病理の発現機構の解明へと直接つながっている。
 タンパク質の立体構造がそのアミノ酸配列の情報のみで決まっている事は広く信じられているが、未だにその情報のみを使った計算機シミュレーションによる立体構造予測(第一原理からの立体構造予測)に完全に成功した例はない。よって、計算機技術の日進月歩の進歩にもかかわらず、第一原理からの構造予測は不可能というのが、国内外の専門家の「常識」とされてきた。本研究の目的はこの「常識」を覆すことであり、小タンパク質の系において第一原理からの立体構造予測に有効な分子シミュレーション法を開発することである。
 本研究課題の困難の要因は二つあると考えられる。一つはタンパク質の内部自由度が膨大であることである。タンパク質の自然の構造は自由エネルギーの最小状態に対応するが、系にエネルギー極小状態が無数に存在するために、従来のシミュレーション法ではそれらの近傍に留まってしまって、構造予測が絶望的に難しくなるのである。もう一つの要因は溶媒や電子状態を含めた系のエネルギー関数の精度の問題である。エネルギー関数が間違っていれば、正しい立体構造予測ができないのは自明であろう。タンパク質は生体内で水やイオンを含む溶液中にあるが、溶媒である水は、最も複雑な液体のひとつであり、長年多くの理論家の挑戦を退けてきた、やっかいな物質である。また、酵素反応などを議論するとき、活性部位の電子状態の情報が重要であるが、タンパク質のような大きい系の電子状態の計算は容易ではない。
 本研究は以上の二つの困難点を克服すること(すなわち、エネルギー極小状態に留まるのを避けられるシミュレーション手法を開発することと、エネルギー関数を正確かつ効率良く評価できる数値計算法を開発すること)により、第一原理からのタンパク質の立体構造予測に有効な手法を確立することを目指している。

3.研究目的

 本プロジェクトでは、5年間にわたり、第一原理からのタンパク質の立体構造予測に有効なシミュレーション手法の開発をめざしてきた。本プロジェクトを始める前に、我々は既に、拡張アンサンブル法と総称される手法をこの分野に初めて導入し、その有効性を示していた。その例としては、マルチカノニカル法、焼き戻し法、Tsallis統計に基づく手法などがあるが、それぞれにおいて、モンテカルロ法版ばかりでなく、分子動力学法版の開発も終えていた。しかし、RISM理論や水分子をあらわに取り入れた多自由度の複雑系でも使い易い拡張アンサンブル法が存在していなかったので、アミノ酸数が 10程度の小ペプチド系でのみ利用できるという、かなり制限のある状態であった。本プロジェクトでは、以下を目的とした。
1. 水分子をあらわに取り入れた複雑系においても有効な拡張アンサンブル法を開発する(計算手法班、班長はプロジェクトリーダーの岡本)。
2. RISM理論や電子状態理論などにより、溶媒効果含めたタンパク質の系の厳密なエネルギー関数の有効な計算手法を開発する(溶媒班と電子状態班、班長はコアメンバーの平田と青柳)。

特に、1.と2.の有機的な共同研究を進め、有効なシミュレーション手法を確立することを目的とする。

4.研究成果の概要

4−1 研究計画、目的に対する成果
 本プロジェクトでは、5年間にわたり、第一原理からのタンパク質の立体構造予測に有効なシミュレーション手法の開発をめざしてきた。そして、アミノ酸数が50程度の小タンパク質に厳密な溶媒効果を取り入れた系でも、容易に利用できる拡張アンサンブル法の開発を目指したわけである。本プロジェクトの5年間で、RISM理論の改良などにより、溶媒効果の精度を上げることに成功した。また、10以上の拡張アンサンブル法を新たに開発したが、その中で、特に、レプリカ交換マルチカノニカル法、マルチカノニカルレプリカ交換法、レプリカ交換焼き戻し法、多次元レプリカ交換法などが現実のタンパク質の系に有効な、「究極の拡張アンサンブル法」と言える。この時点で、本プロジェクトの当初の目標は達成されたと言える。実際、これらの新手法は、発表と同時に、国内ばかりでなく、海外でも注目を集め、多数の国際会議への招待講演や総説・解説の招待執筆や本の執筆依頼などを受けることになる(以下の「6. 研究成果発表状況」を参照)。そして、海外の有力グループの多くが本プロジェクトで開発された手法を彼らの研究に実際に導入して、研究発表を行うようになり、わずかの期間のうちに、これらの国産の手法が世界に広まりつつあると言える。


4−2 研究計画、目的外の成果
 本プロジェクトでは、タンパク質の立体構造予測に有効な計算機シミュレーション手法の開発を目指したが、この目的外の成果としては、我々が開発した拡張アンサンブル法が、広く統計力学、計算物理学、計算化学の分野に影響を与えたことである。実際、いろいろな分野の国際会議への招待講演や総説・解説の執筆依頼などを受けた(以下の「6. 研究成果発表状況」を参照)。また、我々自身、タンパク質とは違う系における拡張アンサンブルシミュレーションを実行して、他の分野においても、我々の新手法が有効であることを示す論文も発表した。


4−3 研究成果の展望
 上で述べたように、本プロジェクトの当初の目標は達成されたと言える。我々は更に一歩先に進み、これらの強力な新手法を用いて、これまで広く使われてきたタンパク質系の標準的なエネルギー関数(力場)が、立体構造予測を可能にする程の精度をもつか否かの判定を行った。このようなテストは、シミュレーションがエネルギー極小状態に留まってしまわない強力な拡張アンサンブル法が存在して初めて可能となることであり、本プロジェクトの自然な延長上に位置する訳である。この判定もほぼ終わりの所までこぎ着けた。
 本プロジェクト終了後の展望であるが、一つ目は上の判定で最善とされたエネルギー関数と本プロジェクトで開発された強力な拡張アンサンブル法を用いて、アミノ酸数50程度の小タンパク質の第一原理からの立体構造予測に挑戦するべき時期がやってきたということである。実際、我々の論文発表後、IBMのBlueGene計画や米国の有力グループが、我々が開発したレプリカ交換分子動力学法を用いて、このサイズのタンパク質の立体構造予測にこぞって挑戦を始めていて、競争が激化している。我々はこれらの有力グループほどの計算機パワーを持ち合わせていないので、このままでは、我々が手法を用意して、欧米のグループがそれを使ってどんどん結果を出していくということになりかねないと危惧される状態に陥っている。地球シミュレータを初め、我が国が誇る計算機をこの問題に投入する必要性を切実に感じる次第である。
 本プロジェクト終了後の二つ目の展望は、より精度の高いエネルギー関数を独自に開発するべきであるということである。既存の力場は全て海外の研究者が開発したものなので、初めて我が国から新しいエネルギー関数を提案することになる。まだ、試行錯誤の段階であるが、我々は既にこの問題に真剣に取り組み始めている。


4−4 本事業の趣旨に鑑み、果たした役割
 本プロジェクトで開発された強力な拡張アンサンブル法を使うことにより、アミノ酸配列の情報のみを使う、第一原理からのタンパク質の立体構造予測シミュレーションが可能となるのではないかという機運が世界的に高まりつつある。折しも先日、ヒトゲノムの解読完了がメディアに発表されたばかりである。すなわち、ヒトの細胞が合成する約3万個のタンパク質のアミノ酸配列が決定されたことになる。この後に続く、いわゆるポストゲノム時代の最重要課題は、これらのアミノ酸配列の情報から、タンパク質の立体構造を決定するとともにその機能を予測することである。現在、タンパク3000プロジェクトが進行中であり、実験的にタンパク質の立体構造を決定する研究が世界中で押し進められている。本プロジェクトの結果は、これを計算機シミュレーションで可能とする方向に導くものであり、ポストゲノム時代の重要な手法となるものと期待される。そして、タンパク質の立体構造が計算機シミュレーションでどんどん予測できるようになることにより、究極的には新薬品の開発ばかりでなく、アルツハイマー病などのタンパク質の誤った折り畳みに起因する病理の発現機構の解明に大きく貢献すると期待される。本プロジェクトの成果は、正に21世紀の生命科学の基礎研究、バイオ産業の育成、国民の高齢化問題などの未来を開拓することにつながるものである。

5.キーワード

(1)タンパク質 (2)分子シミュレーション (3)分子液体論
(4)電子状態理論 (5)拡張アンサンブル法 (6)RISM
(7)マルチカノニカル法 (8)レプリカ交換法 (9)ポストゲノム

6.研究成果発表状況

A.学術雑誌論文(Journal Papers)
全著者名 論文名
A. Mitsutake, Y. Sugita, and Y. Okamoto Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. I. Formulation and benchmark test
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 118 14 6664-6675 2003

全著者名 論文名
A. Mitsutake, Y. Sugita, and Y. Okamoto Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of peptides. II. Application to a more complex system
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 118 14 6676-6688 2003

全著者名 論文名
T. Nakazawa, S. Ban, Y. Okuda, M. Masuya, A. Mitsutake, and Y. Okamoto A pH-dependent variation in α-helix structure of the S-peptide of ribonuclease A studied by Monte Carlo simulated annealing
学術雑誌名 ページ 発行年
Biopolymers 63 ??? 273-279 2002

全著者名 論文名
廣安知之、三木光範、小掠真貴、岡本祐幸 遺伝的交叉を用いた並列シミュレーテッドアニーリングの検討
学術雑誌名 ページ 発行年
情報処理学会論文誌:数理モデル化とその応用 43 SIG7 70-79 2002

全著者名 論文名
T. Hiroyasu, M. Miki, M. Ogura, and Y. Okamoto Examination of parallel simulated annealing using genetic crossover
学術雑誌名 ページ 発行年
IPSJ TOM 43 SIG7 70-79 2002

全著者名 論文名
T. Yamaguchi, and F. Hirata Translational diffusion and reorientational relaxation of water analyzed by site-site generalized Langevin theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 116 6 2502-2507 2002

全著者名 論文名
H. Sato and F. Hirata Equilibrium and nonequilibrium solvation structure of hexaamineruthenium (II,III) in aqueous solution: ab initio RISM-SCF study
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry A 106 10 2300-2304 2002

全著者名 論文名
K. Yoshida, A. Kovalenko, T. Yamaguchi, and F. Hirata Structure of tert-butyl alcohol-water mixtures studied by the RISM theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry B 106 19 5042-5049 2002

全著者名 論文名
T. Imai, H. Nomura, M. Kinoshita, and F. Hirata Partial molar volumes and compressibilities of alkali-halide ions in aqueous solution: hydration shell analysis with an integral equation theory of molecular liquids
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry B 106 29 7308-7314 2002

全著者名 論文名
T. Yamaguchi and F. Hirata Interaction-site model description of the reorientational relaxation of molecular liquids: incorporation of the interaxial coupling into the site-site generalized Langevin/mode-coupling theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 117 5 2216-2224 2002

全著者名 論文名
T. Kimura, N. Matsubayashi, H. Sato, F. Hirata, and M. Nakahara Enthalpy and entropy decomposition of free-energy changes for side-chain conformations of asparatic acid and asparagines in acidic, neutral, and basic aqueous solutions
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry B 106 47 12336-12343 2002

全著者名 論文名
C. Muguruma, Y. Okamoto, and M. Mikami An application of the multicanonical Monte Carlo method to the bulk water system
学術雑誌名 ページ 発行年
Internet Electronic Journal of Molecular Design 1 ??? 583-592 2002

全著者名 論文名
T. Nagasima, Y. Sugita, A. Mitsutake, and Y. Okamoto Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Computer Physics Communications 146 1 69-76 2002

全著者名 論文名
A. Kovalenko and F. Hirata Towards a molecular theory for the van der Waals-Maxwell description of fluid phase transition (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Theoretical and Computational Chemistry 1 ??? 381-406 2002

全著者名 論文名
Y. Ishikawa, Y. Sugita, T. Nishikawa, and Y. Okamoto Ab initio replica-exchange Monte Carlo method for cluster studies
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 333 1-2 199-206 2001

全著者名 論文名
T. Okabe, M. Kawata, Y. Okamoto, and M. Mikami Replica-exchange Monte Carlo method for the isobaric-isothermal ensemble
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 335 5-6 435-439 2001

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations and structure predictions (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Computer Physics Communications 142 1-3 55-63 2001

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Molecular Liquids 90 1-3 195-204 2001

全著者名 論文名
Y. Harano, T. Imai, A. Kovalenko, M. Kinoshita, and F. Hirata Theoretical study for partial molar volume of amino acids and polypeptides by the three-dimensional reference interaction site model
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 114 21 9506-9511 2001

全著者名 論文名
T. Imai, Y. Harano, A. Kovalenko, and F. Hirata Theoretical study for volume changes associated with the helix-coil transition of polypeptides
学術雑誌名 ページ 発行年
Biopolymers 59 7 512-519 2001

全著者名 論文名
M. Kinoshita, T. Imai, A. Kovalenko, and F. Hirata Improvement of the reference interaction site model theory for calculating the partial molar volume of amino acids and polypeptides
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 348 3-4 337-342 2001

全著者名 論文名
T. Yamaguchi and F. Hirata Site-site mode-coupling theory for the shear viscosity of molecular liquids
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 115 20 9340-9345 2001

全著者名 論文名
K. Nishiyama, F. Hirata, and T. Okada Nonlinear response of solvent molecules induced by instantaneous change of solute electronic structure studied by RISM theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Molecular Structure 31 ??? 565-567 2001

全著者名 論文名
A. Kovalenko and F. Hirata Description of a polar molecular liquid in a disordered microporous material with activating chemical groups by a replica RISM theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Condensed Matter Physics 4 ??? 643-678 2001

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Molecular Liquids 90 1-3 195-204 2001

全著者名 論文名
木下正弘、岡本祐幸、平田文男 水中およびアルコール中におけるペプチドの立体構造解析 (招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
蛋白質 核酸酵素 46 6 713-718 2001

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Theoretical analysis of peptide conformations in water and in alcohol (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Protein, Nucleic Acid and Enzyme 46 6 713-718 2001

全著者名 論文名
A. Mitsutake, Y. Sugita, and Y. Okamoto Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations of biopolymers (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Biopolymers (Peptide Science) 60 2 96-123 2001

全著者名 論文名
杉田有治、光武亜代理、岡本祐幸 拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション (招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
日本物理学会誌 56 8 591-599 2001

全著者名 論文名
Y. Sugita, A. Mitsutake, and Y. Okamoto Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
BUTSURI 56 8 591-599 2001

全著者名 論文名
S. Nanbu, S. K. Gray, T. Kinoshita, and M. Aoyagi Theoretical study of the potential energy surfaces and bound states of HCP
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 112 ??? 5866-5876 2000

全著者名 論文名
Y. Okamoto First-principles protein folding simulations (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Molecular Simulation 24 4-6 351-368 2000

全著者名 論文名
T. Nishikawa, H. Ohtsuka, Y. Sugita, M. Mikami, and Y. Okamoto Replica-exchange Monte Carlo method for Ar fluid
学術雑誌名 ページ 発行年
Progress of Theoretical Physics Supplement ??? 138 270-271 2000

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Progress of Theoretical Physics Supplement ??? 138 301-310 2000

全著者名 論文名
Y. Sugita and Y. Okamoto An analysis on protein folding problem by replica-exchange method
学術雑誌名 ページ 発行年
Progress of Theoretical Physics Supplement ??? 138 402-403 2000

全著者名 論文名
Y. Harano, H. Sato, and F. Hirata Solvent effects on a Diels-Alder reaction in supercritical water: RISM-SCF study
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of the American Chemical Society 122 10 2289-2293 2000

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Peptide conformations in alcohol and water: analyses by the reference interaction site model theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of the American Chemical Society 122 12 2773-2779 2000

全著者名 論文名
T. Imai, M. Kinoshita, and F. Hirata Salt effect on stability and solvation structure of peptide: an integral equation study
学術雑誌名 ページ 発行年
Bulletin of the Chemical Society of Japan 73 5 1113-1122 2000

全著者名 論文名
H. Sato, A. Kovalenko, and F. Hirata Self-consistent field, ab initio molecular orbital and three-dimensional reference interaction site model study for solvation effect on carbon monoxide in aqueous solution
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 112 21 9463-9468 2000

全著者名 論文名
T. Imai, M. Kinoshita, and F. Hirata Theoretical study for partial molar volume of amino acids in aqueous solution
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 112 21 9469-9478 2000

全著者名 論文名
A. Kovalenko and F. Hirata Potentials of mean force of simple ions in ambient aqueous solution. I. Three-dimensional reference interaction site model approach
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 112 23 10391-10402 2000

全著者名 論文名
A. Kovalenko and F. Hirata Potentials of mean force of simple ions in ambient aqueous solution. II. Solvation structure from the three-dimensional reference interaction site model approach, and comparison with simulations
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 112 23 10403-10417 2000

全著者名 論文名
A. Mitsutake and Y. Okamoto Helix-coil transitions of amino-acid homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical simulations
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 112 5-6 10638-10647 2000

全著者名 論文名
T. Yamazaki, H. Sato, and F. Hirata NMR chemical shifts in solution: a RISM-SCF approach
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 325 ??? 668-674 2000

全著者名 論文名
A. Kovalenko and F. Hirata Hydration free energy of hydrophobic solutes studied by RISM with a repulsive bridge correction and a thermodynamic perturbation method
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 113 7 2793-2805 2000

全著者名 論文名
Y. Sugita, A. Kitao, and Y. Okamoto Multidimensional replica-exchange method for free-energy calculations
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 113 15 6042-6051 2000

全著者名 論文名
A. Kovalenko, F. Hirata, and M. Kinoshita Hydration structure and stability of Met-enkephalin studied by a three-dimensional RISM with a repulsive bridge and thermodynamic perturbation method
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 113 21 9830-9836 2000

全著者名 論文名
Y. Sugita and Y. Okamoto Replica-exchange multicanonical algorithm and multicanonical replica-exchange method for simulating systems with rough energy landscape
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 329 3-4 261-270 2000

全著者名 論文名
A. Mitsutake, M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Multicanonical algorithm combined with the RISM theory for simulating peptides in aqueous solution
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 329 3-4 295-303 2000

全著者名 論文名
A. Mitsutake and Y. Okamoto Replica-exchange simulated tempering method for simulations of frustrated systems
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 332 1-2 131-138 2000

全著者名 論文名
杉田有治, 北尾彰朗 理論計算からタンパク質の変性構造を探る (招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
生物物理 40 6 368-373 2000

全著者名 論文名
Y. Sugita and A. Kitao Theoretical studies on the role of the denatured state in protein stability (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
BIOPHYSICS 40 6 368-373 2000

全著者名 論文名
木下正弘, 岡本祐幸, 平田文男 タンパク質立体構造形成における溶媒効果 (招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
生物物理 40 6 374-378 2000

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Solvent effects on formation of tertiary structure of protein (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
BIOPHYSICS 40 6 374-378 2000

全著者名 論文名
岡本祐幸 立体構造予測シミュレーション(招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
生物物理 40 5 308-309 2000

全著者名 論文名
Y. Okamoto Simulations for tertiary structure prediction (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
BIOPHYSICS 40 5 308-309 2000

全著者名 論文名
T. Nakazawa and Y. Okamoto Electrostatic effects on the α-helix and β-strand folding of BPTI(16-36) as predicted by Monte Carlo simulated annealing
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Peptide Research 54 ??? 230-236 1999

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann, Y. Okamoto, and J.N. Onuchic The folding funnel landscape for the peptide Met-enkephalin
学術雑誌名 ページ 発行年
PROTEINS: Structure, Function, and Genetics 34 4 472-483 1999

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto Finite-size scaling of helix-coil transitions in poly-alanine studied by multicanonical simulations
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 110 2 1267-1276 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto, M. Masuya, M. Nabeshima, and T. Nakazawa β-Sheet formation in BPTI (16-36) by Monte Carlo simulated annealing
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 299 ??? 17-24 1999

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Analysis on conformational stability of C-peptide of ribonuclease A in water using the reference interaction site model theory and Monte Carlo simulated annealing
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 110 8 4090-4100 1999

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto Effects of side-chain charges on α-helix stability in C-peptide of ribonuclease A studied by multicanonical algorithm
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry B 103 9 1595-1604 1999

全著者名 論文名
A. Mitsutake, M. Irisa, Y. Okamoto, and F. Hirata Classification of low-energy conformations of Met-enkephalin in the gas phase and in a model solvent based on the extended scaled particle theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Bulletin of the Chemical Society of Japan 72 8 1717-1729 1999

全著者名 論文名
A. Mitsutake and Y. Okamoto α-Helix propensities of homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical algorithm
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 309 1-2 95-100 1999

全著者名 論文名
Y. Sugita and Y. Okamotoo Replica-exchange molecular dynamics method for protein folding
学術雑誌名 ページ< /TD> 発行年
Chemical Physics Letters 314 1-2 141-151 1999

全著者名 論文名
T. Ishida, F. Hirata, and S. Kato Thermodynamics analysis of the solvent effect on tautomerization of acetylacetone: an ab initio approach
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry 110 8 3938-3945 199

全著者名 論文名
A. Kovalenko, S. Ten-no, and F. Hirata Acceleration of liquid structure calculations by modified direct inversion in the iterative subspace
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Computational 20 9 928-936 1999

全著者名 論文名
H. Sato and F. Hirata Revisiting the acid-base equilibrium in aqueous solutions of hydrogen halides: study by the ab inition electronic structure theory combined with the statistical mechanics of molecular liquids
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of the American Chemical Society 121 ??? 2460-2467 1999

全著者名 論文名
A. Kovalenko and F. Hirata Self-consistent description of a metal-water interface by the Khon-Sham density functional theory and three-dimensional reference interaction site model
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 110 ??? 10095-10112 1999

全著者名 論文名
S. Chong and F. Hirata Dynamics of ions in liquid water: an interaction-site-model description
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 111 8 3654-3667 1999

全著者名 論文名
S. Chong and F. Hirata Interaction-site-model description of collective excitations in liquid water. I. Theoretical study
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 111 7 3083-3094 1999

全著者名 論文名
H. Sato and F. Hirata Ab initio study on molecular properties and thermodynamics of water: a theoretical prediction of pKw over a wide range of temperature and density
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry B 103 31 6596-6604 1999

全著者名 論文名
T. Ishida, F. Hirata, and S. Kato Solvation dynamics of benzonitrile excited state in polar solvents: a time-dependent reference interaction site model self-consistent field approach
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 110 23 11423-11432 1999

全著者名 論文名
R. Akiyama, M. Kinoshita, and F. Hirata Free energy profiles of electron transfer at water-electrode interface studied by the reference interaction site model(RISM) theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 305 3-4 251-257 1999

全著者名 論文名
T. Nishikawa, T. Kinoshita, S. Nanbu, and M. Aoyagi A theoretical study on structures and vibrational spectra of C84 fullerene isomers
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Molecular Structures (THEOCHEM) 461/462 ??? 453-461 1999

全著者名 論文名
S. Kondo, K. Tokuhashi, H. Nagai, A. Takahashi, M. Sugie, and M. Aoyagi Ab initio molecular orbital studies of isomerization reaction from c-OSiH2O to t-OSiHOH
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Molecular Structures (THEOCHEM) 469 ??? 25-30 1999

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto The generalized-ensemble approach for protein folding simulations (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Annual Reviews of Computational Physics VI, D. Stauffer (ed.), World Scientific, Singapore ??? ??? 129-157 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto Tackling the multiple-minima problem in protein folding by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
International Journal of Modern Physics C 10 8 1571-1582 1999

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto Tackling the protein folding problem by a generalized-ensemble approach with Tsallis statistics (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Brazilian Journal of Physics 29 1 187-198 1999

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto New Monte Carlo algorithms for protein folding (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
urrent Opinion in Structural Biology 9 2 177-183 1999

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto Tertiary structure prediction of C-peptide of ribonuclease A by multicanonical algorithm
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry B 102 4 653-656 1998

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata First-principle determination of peptide conformations in solvents: combination of Monte Carlo simulated annealing and RISM theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of the American Chemical Society 120 8 1855-1863 1998

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Calculation of solvation free energy for a peptide in salt solution using the RISM theory
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Computational Chemistry 19 15 1724-1735 1998

全著者名 論文名
U.H.E. Hansmann, F. Eisenmenger, and Y. Okamoto Stochastic dynamics simulations in a new generalized Ensemble
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 297 5-6 374-382 1998

全著者名 論文名
M. Kinoshita, Y. Okamoto, and F. Hirata Singular behavior of the reference interaction site model theory observed for peptide in salt solution
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 297 5-6 433-438 1998

全著者名 論文名
H. Sato and F. Hirata Theoretical study for autoionization of liquid water: temperature dependence of the ionic product (pKw)
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Physical Chemistry A 102 15 2603-2608 1998

全著者名 論文名
R. Akiyama and F. Hirata Theoretical study for water structure at highly ordered surface: effect of surface structure
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 108 12 4904-4911 1998

全著者名 論文名
A. Kovalenko and F. Hirata Three-dimensional density profiles of water in contact with a solute of arbitrary shape: a RISM approach
学術雑誌名 ページ 発行年
Chemical Physics Letters 290 1-3 237-244

全著者名 論文名
S. H. Chong and F. Hirata Time-correlation functions in molecular liquids studied by the mode-coupling theory based on the interaction-site model
学術雑誌名 ページ 発行年
Physical Review E 58 ??? 7296-7308 1998

全著者名 論文名
T. Suzuki, H. Katayanagi, S. Nanbu, and M. Aoyagi Nonadiabatic bending dissociation in 16 valence electron system OCS
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Chemical Physics 109 14 5778-5794 1998

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding problem as studied by new simulation algorithms (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Recent Research Developments in Pure & Applied Chemistry 2 ??? 1-23 1998

全著者名 論文名
岡本祐幸 拡張アンサンブル法による蛋白質の折れ畳みシミュレーション (招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
物性研究 71 3 335-347 1998

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
BUSSEI KENKYU 71 3 335-347 1998

全著者名 論文名
岡本祐幸 モンテカルロシミュレーションによるタンパク質の立体構造予測 (招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
生物物理 38 5 203-207 1998

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein tertiary structure predictions by Monte Carlo simulations (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
BIOPHYSICS 38 5 203-207 1998

全著者名 論文名
岡本祐幸 モンテカルロシミュレーションで探るタンパク質の折り畳み機構(招待論文)
学術雑誌名 ページ 発行年
物性研究 70 6 719-742 1998

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding mechanism studied by Monte Carlo simulations (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
BUSSEI KENKYU 70 6 719-742 1998

全著者名 論文名
A. Mitsutake, U.H.E. Hansmann, and Y. Okamoto Temperature dependence of distributions of conformations of a small peptide
学術雑誌名 ページ 発行年
Journal of Molecular Graphics and Modelling 16 4-6 226-238 1998

全著者名 論文名
Y. Okamoto Towards the prediction of protein tertiary structures from first principles (Invited)
学術雑誌名 ページ 発行年
Physica A 254 ??? 7-14 1998

B.国際会議発表論文(International Conferences)
全著者名 論文名
Y. Okamoto Atom-level simulations of protein folding (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 7th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics (SCI2003)“Atom-Level Informatics, Simulations and Experiments in Materials Designing” Orlando, Florida, U.S.A. ??? ???-??? 2003

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding dynamics studied by generalized-ensemble simulations (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Telluride Workshop: Protein Dynamics Telluride, Colorado, U.S.A. ??? ???-??? 2003

全著者名 論文名
Y. Okamoto Metropolis algorithms in generalized ensemble (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The Monte Carlo Method in the Physical Sciences: Celebrating the 50th Anniversary of the Metropolis Algorithm Los Alamos, New Mexico, U.S.A. ??? ???-??? 2003

全著者名 論文名
Y. Okamoto Free energy landscape of protein folding studied by generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
CECAM Workshop: Metastability and Landscapes in Complex Systems Lyon, France ??? ???-??? 2003

全著者名 論文名
Y. Okamoto Molecular simulations of protein folding (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 2002 COE Conference of IMS “Dynamical Structures and Molecular Design of Metalloproteins” Okazaki, Japan ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Computer simulations of protein folding by generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Trilateral Symposium on Structural Biology: Japan, U.K. and U.S.A. Yokohama, Japan ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Free energy calculations in protein folding by generalized-ensemble simulations (Plenary Paper, Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 11th Current Trends in Computational Chemistry Jackson, Mississippi, U.S.A. ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations and structure predictions by generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Second KIAS Conference on Protein Structure and Function: Structure and Mechanism in Protein Science Seoul, Korea ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Hydrogen bonds in biopolymers studied by generalized-ensemble simulations (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Japanese-Polish Seminar“Advances in Hydrogen Bond Research” Tsukuba, Japan ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
F. Hirata Combined quantum and statistical mechanics approach for hydrogen-bonding in solution (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Japanese-Polish Seminar: Advances in Hydrogen Bond Research Tsukuba, Japan ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Computer simulations of spin systems and protein systems in generalized ensemble (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
StatPhys-Taiwan-2002 Taipei, Taiwan ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Generalized-ensemble algorithms: enhanced sampling techniques for molecular simulations (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 223rd American Chemical Society National Meeting, Symposium under the Computers in Chemistry (COMP) Division “Enhanced Sampling Techniques in Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulations” Orlando, Florida, U.S.A. ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Okazaki Lectures (Asian Winter School): New Trends of Biochemical Physics Okazaki, Japan ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto All-atom simulations of protein folding by generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
U.S.-Japan Cooperative Science Program Workshop on Folding Function and Funnels Hawaii, Hawaii, U.S.A. ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
F. Hirata, T. Imai, Y. Harano, A. Kovalenko, and M. Kinoshita Theoretical study of partial molar volume and compressibility based on the Kirkwood-Buff theory combined with the RISM/3D-RISM equation (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 85th CSC Symposium: Aqueous Solutions: Experiment and Theory Vancouver, B.C., Canada ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
F. Hirata and A. Kovalenko Phase behavior of solutions confined in nanoporous media (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Yangtze Conference of Fluids and Interfaces Nanjing-Chongqing, China ??? ???-??? 2002

全著者名 論文名
Y. Okamoto Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
STATPHYS21 Satellite Conference: Challenges in Computational Statistical Physics in the 21st Century Athens, Georgia, U.S.A. ??? ???-??? 2001

全著者名 論文名
F. Hirata Molecular theory of partial molar volume: thermodynamic response of protein conformation to pressure (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
International Symposium on Structure, Dynamics, and Folding of Protein as Viewed from Pressure Axis Otsu, Japan ??? ???-??? 2001

全著者名 論文名
F. Hirata Non-linearity in atomic interactions in protein (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Symposium on Protein Folding Studies: Current Status and Future Perspective Tokyo, Japan ??? ???-??? 2001

全著者名 論文名
Y. Sugita Generalized-ensemble algorithms for protein folding in solution (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Asian Joint Workshop for Protein Informatics Osaka, Japan ??? ???-??? 2001

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding mechanism as studied by generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
SIMU Workshop: Multiscale Modeling of Macromolecular Systems Mainz, Germany ??? ???-??? 2000

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations and structure predictions (Plenary Paper, Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The Conference on Computational Physics 2000 (CCP2000): New Challenges for the New Millenium Gold Coast, Queensland, Australia ??? ???-?? 2000

全著者名 論文名
F. Hirata Interaction-site description of collective excitations and ion dynamics in water (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
2000 Gordon Research Conference on Water and Aqueous Solution Plymouth, Massachusetts, U.S.A. ??? ???-??? 2000

全著者名 論文名
T. Yamazaki, H. Sato, and F. Hirata NMR chemical shift due to solvation: RISM-SCF study (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
2000 ACS Symposium on Frontiers in Biophysical Theory Washington, D.C., U.S.A. ??? ???-??? 2000

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations by generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 24th Taniguchi International Symposium: Old and New Views of Protein Folding Kisarazu, Japan ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
Y. Sugita Computational analysis of protein thermal stability and the denatured state (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 24th Taniguchi International Symposium “Old and New Views of Protein Folding” Kisarazu, Japan ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto Ab initio predictions of three-dimensional strucutres of proteins by Monte Carlo simulations (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
SCRI International Workshop on Monte Carlo and Structure Optimization Methods for Biology, Chemistry and Physics Tallahassee, Florida, U.S.A. ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations by Monte Carlo simulated annealing and multicanonical algorithm (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
International Conference, Optimization in Computational Chemistry and Molecular Biology: Local and Global Approaches Princeton, New Jersey, U.S.A. ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto Tackling the multiple-minima problem in protein folding by Monte Carlo simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
U.S.-Japan Bilateral Seminar: Understanding and Conquering Long Time Scales in Computer Simulations Maui, Hawaii, U.S.A. ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein tertiary structure predictions by generalized-ensemble simulations (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
CECAM Workshop: Overcoming Broken Ergodicity in Simulations of Condensed Matter Systems Lyon, France ??? ???-??????-??? 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations by simulated annealing and generalized-ensemble algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 5th International Conference on Computational Physics (ICCP5) Kanazawa, Japan ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
F. Hirata Collective density fluctuations in polar liqiuds and their response to ion dynamics (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The8th Korea-Japan Joint Symposium on Molecular Science: on Molecular Spectroscopy & Theoretical Chemistry Taejon, Korea ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
M. Kinoshita Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Pre-Symposium of the 26th International Conference on Solution Chemistry: Symposium on Liquid State Theories in Chemistry Okazaki, Japan ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
F. Hirata Molecular processes in solvation dynamics (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 26th International Conference on Solution Chemistry Fukuoka, Japan ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
M. Aoyagi Wavepacket dynamics of photodissociation and photoisomerization (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 218th American Chemical Society National Meeting New Orleans, Lousiana, U.S.A. ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
F. Hirata Equilibrium and non-equilibrium processes in solution described by interaction-site model of molecular Liquids (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
European Research Conference “Molecular Liquids: New Trends in the Study of Dynamical Properties” San Feliu de Guixol, Spain ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
F. Hirata, A. Kovalenko, and R. Akiyama Molecular theory of electrode-solution interface (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
The 1999 Joint International Meeting of Electrochemical Societies of USA and Japan Honolulu, Hawaii, U.S.A. ??? ???-??? 1999

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding simulations by new algorithms (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
International Symposium: Protein Structure, Stability and Folding Moscow, Russia ??? ???-??? 1998

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein tertiary structure predictions by Monte Carlo simulations (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Keihanna International Workshop: Pressure Effects on Protein Dynamics and Folding Keihanna, Japan ??? ???-??? 1998

全著者名 論文名
Y. Okamoto Protein folding problem as studied by Monte Carlo simulations (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
First Brazilian School on Emergent Sciences Sao Jose dos Campos, Sao Paulo, Brazil ??? ???-??? 1998

全著者名 論文名
M. Kinoshita Combination of Monte Carlo simulated annealing and RISM theory for analyzing conformational stability of peptide in solvents (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
13th Canadian Symposium on Theoretical Chemistry Vancouver, Canada ??? ???-??? 1998

全著者名 論文名
F. Hirata and T. Imai Structure-volume-pressure relationship of aqueous solutions (Invited)
会議名 開催場所 論文番号 ページ 発表年
Keihanna International Workshop Keihanna, Japan ??? ???-??? 1998

C.著書(Books)
全著者名 書名
F. Hirata (Editor) Molecular Theory of Solvation
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ??? 1-??? 2003 (in press)

全著者名 書名
F. Hirata (Editor) Molecular Theory of Solvation
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ??? 1-60 2003 (in press)

全著者名 書名
H. Sato Molecular Theory of Solvation (Editor: F. Hirata)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ??? 61-100 2003 (in press)

全著者名 書名
M. Kinoshita Molecular Theory of Solvation (Editor: F. Hirata)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ??? 101-170 2003 (in press)

全著者名 書名
A. Kovalenko Molecular Theory of Solvation (Editor: F. Hirata)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ??? 171-278 2003 (in press)

全著者名 書名
岡本祐幸 生物物理学ハンドブック(石渡, 桐野, 桐野, 美宅 編)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
朝倉書店 東京 ??? ???-??? 2003 (印刷中)

全著者名 書名
Y. Okamoto Handbook of Biophysics (Editors: S. Ishiwata, I. Kirino, Y. Kiniro, and S. Mitaku)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Asakura Book Store Tokyo ??? ???-??? 2003 (in press)

全著者名 書名
岡本祐幸 先端化学シリーズ IV:理論・計算化学 クラスター スペースケミストリー (日本化学会 編)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
丸善 東京 ISBN 4-621-07159-9 63-67 2003

全著者名 書名
Y. Okamoto Frontier Chemistry Series IV: Theoretical and Computational Chemistry, Clusters, and Space Chemistry (Editor: Chemical Society of Japan)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Maruzen Tokyo ISBN 4-621-07159-9 63-67 2003

全著者名 書名
平田文男, 佐藤啓文 超臨界流体のすべて (荒井康彦監修)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
テクノシステム 東京 ISBN4-924728-41-1 155-159 2002

全著者名 書名
F. Hirata and H. Sato Fundamentals and Applications of Supercritical Fluids (Editor: Y. Arai)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Technosystem Tokyo ISBN 4-924728-41-1 155-159 2002

全著者名 書名
岡崎進, 岡本祐幸(編集) 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
化学同人 京都 ISBN 4-7598-0738-1 1-262 2002

全著者名 書名
S. Okazaki and Y. Okamoto (Editors) Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems”
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kagaku-Dojin Kyoto ISBN4-7598-0738-1 1-262 2002

全著者名 書名
岡本祐幸 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」(岡崎進, 岡本祐幸 編)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
化学同人 京都 ISBN 4-7598-0738-1 25-42 2002

全著者名 書名
Y. Okamoto Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems” (Editors: S. Okazaki and Y. Okamoto)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kagaku-Dojin Kyoto ISBN4-7598-0738-1 25-42 2002

全著者名 書名
岡本祐幸 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」(岡崎進, 岡本祐幸 編)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
化学同人 京都 ISBN 4-7598-0738-1 84-97 2002

全著者名 書名
Y. Okamoto Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems” (Editors: S. Okazaki and Y. Okamoto)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kagaku-Dojin Kyoto ISBN4-7598-0738-1 84-97 2002

全著者名 書名
木下正弘 化学フロンティア No. 8 「生体系のコンピュータ・シミュレーション」(岡崎進, 岡本祐幸 編)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
化学同人 京都 ISBN 4-7598-0738-1 131-139 2002

全著者名 書名
M. Kinoshita Frontiers of Chemistry No. 8 “Computer Simulations of Biological Systems” (Editors: S. Okazaki and Y. Okamoto)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kagaku-Dojin Kyoto ISBN4-7598-0738-1ISBN4-7598-0738-1 131-139 2002

全著者名 書名
Y. Sugita and Y. OkamotoY. Sugita and Y. Okamoto Lecture Notes in Computational Science and Engineering, Computational Methods for Macromolecules: Challenges and Applications (Editors: T. Schlick and H.H. Gan )
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Springer-Verlag Berlin ISBN 3-540-43756-8 304-332 2002

全著者名 書名
Y. Okamoto Encyclopedia of Optimization Vol. III (Editors: C.A. Floudas and P.M. Pardalos)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ISBN 0-7923-6932-7ISBN 0-7923-6932-7 425-439 2001

全著者名 書名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto Encyclopedia of Optimization Vol. IV (Editors: C.A. Floudas and P.M. Pardalos)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ISBN 0-7923-6932-7 392-401 2001

全著者名 書名
S. Abe and Y. Okamoto (Editors) Lecture Notes in Physics: Nonextensive Statistical Mechanics and Its Applications
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Springer-Verlag Berlin ISBN 3-540-41208 1-277 2001

全著者名 書名
Y. Okamoto and U.H.E. Hansmann Lecture Notes in Physics: Nonextensive Statistical Mechanics and Its Applications (Editors: S. Abe and Y. Okamoto)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Springer-Verlag Berlin ISBN 3-540-41208 259-274 2001

全著者名 書名
Y. Okamoto Optimization in Computational Chemistry and Molecular Biology (Editors: C.A. Floudas and P.M. Pardalos )
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Academic Dordrecht ISBN 0-7923-6155-5 73-90 2000

全著者名 書名
U.H.E. Hansmann and Y. Okamoto Annual Reviews of Computational Physics VI (Editor: D. Stauffer)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
World Scientific Singapore ISBN 981-02-3563-1 129-157 1999

全著者名 書名
Y. Sugita Old and New Views of Protein Folding (Editors: K. Kuwajima and M. Arai)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Elsevier Science Amsterdam ISBN 0-444-502912 185-193 1999

全著者名 書名
Y. Okamoto Old and New Views of Protein Folding (Editors: K. Kuwajima and M. Arai)
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Elsevier Science Amsterdam ISBN 0-444-502912 227-236 1999


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