平成１３年度日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業研究成果報告書概要


研究推進分野名　生体分子の構造と機能調節
　
研究プロジェクト名　生体分子間相互作用に関するX線結晶学的研究
　
（英文名）　X-ray Crystallographic Study on Biological Molecular Interaction
　
研究期間　平成９年度 〜 平成１３年度

プロジェクト・リーダー名 研究経費 ２６９，３０９千円
氏名・所属研究機関
所属部局・職名		 三木邦夫 ・京都大学 ・大学院理学研究科 ・教授 内訳 平成 　９年度６１，０２９千円
平成 １０年度４７，７８０千円
平成 １１年度４６，０００千円
平成 １２年度５４，３００千円
平成 １３年度５９，６００千円

１．研究組織

氏名 所属機関・部局・職 研究プロジェクトでの役割分担
田中　勲 北海道大学・大学院理学研究科・教授 MAD法の適用による構造解析
安井　明 東北大学・加齢医学研究所・教授 生化学的および分子生物学的研究
多賀　徹 京都大学・大学院薬学研究科・教授 受容体，Gタンパク質の分子間相互作用

２．研究計画の概要

　タンパク質分子は，他のタンパク質，核酸などの生体高分子，種々の基質，金属，補欠分子などの小分子と相互作用することによって，その機能上担っている生体反応をつかさどっている．したがって，タンパク質が関与する生体反応のメカニズムを解明し，その機能調節のしくみを原子レベルで理解するためには，タンパク質分子の立体構造に基づいて，それらの相互作用を直接的に解明することが必要である．本研究は生体分子間相互作用の分子機構の解明を目指して，生体高分子の立体構造をX線結晶学の手法で決定し，タンパク質−タンパク質間の相互作用，タンパク質のDNA認識およびその調節機構，種々の補欠分子によるタンパク質分子の活性化など，生命科学現象における本質的な問題を理解することを目的とした．その結果は生体分子による生体内反応の理解のみならず，医学，薬学，農学，工学など多方面への応用に対して基礎的な情報を提供することが期待される．また，このプロジェクトの開始とほぼ同時期に建設された第三世代放射光光源（SPring-8）をこの分野の研究で汎用的に利用すること，そのための結晶構造解析技術の開発的研究にも積極的に取り込むこととした．
３．研究目的
　生体高分子の構造生物学的見地からの研究は，近年その重要性が強く認識されているが，タンパク質の機能発現にはその超分子形成，複合体形成が必要な場合も多く，Ｘ線結晶学の手法は，そのような超分子状態，複合体状態での構造決定に対しても適している．本研究では，この手法の利点を最大限に用いて，反応に関与するタンパク質分子，およびタンパク質と相互作用する分子との複合体の結晶構造を決定することで，生体分子間相互作用を分子論的に理解し，その構造−機能相関を解明して，構造生物学的議論を展開する．また，この方法における新しい解析技術法の開発も交えながら，構造決定を遂行する．

・タンパク質−タンパク質（ペプチド）相互作用　・・・シャペロニンなどシャペロンタンパク質
・タンパク質−核酸相互作用　・・・光回復酵素DNA複製開始制御タンパク質
・タンパク質（酵素）−小分子（基質，金属，補欠分子など）相互作用　・・・種々の酵素タンパク質

・第三世代放射光光源 (SPring-8)における新しい結晶構造解析法・・・多波長異常分散法など
４．研究成果の概要
４−１　研究計画、目的に対する成果
1) 土壌細菌由来のシャペロニン60（グループI），超好熱古細菌由来のThermosome αサブユニット（グループII），好熱性細菌の光合成反応中心および高電位鉄イオウタンパク質（HiPIP），リポタンパク質膜局在化因子LolA，LolBの結晶構造を決定し，タンパク質-タンパク質（ペプチド）相互作用を議論した．
2) シアノバクテリア由来の光回復酵素の結晶構造を決定し，種によって補欠分子の結合形態が全く異なることを明らかにした．さらに，高度好熱菌由来の光回復酵素の結晶構造も決定し，基質の一部であるチミン分子が結合した複合体の構造も決定することができた．大腸菌の複製開始制御タンパク質RepEとDNAとの複合体の構造解析に成功し，複製開始タンパク質としては初めて完全な構造を明らかにした．以上の立体構造に基づきタンパク質−DNA相互作用の構造生物学的議論を行った．
3) タンパク質（酵素）−小分子（基質，金属，補欠分子など）の相互作用に関しては，エキストラジオール型の二原子酸素添加酵素 カテコール 2,3-ジオキシゲナーゼ（メタピロカテカーゼ），ヒトIIA型ホスホリパーゼA2とインドリジン系化合物との複合体，キトサン分解酵素であるキトサナーゼ，ウンデカプレニル二リン酸合成酵素，超好熱始原菌由来のRubisco（新しいタイプ），赤色酵母由来のNADPH依存性アルデヒド還元酵素，プロテインホスファターゼ１とカリクリンＡの複合体，酸化剤耐性アルカリセリンプロテアーゼおよびα-アミラーゼ，細胞分化や細胞周期調節などに関わるS100ファミリータンパク質MRP8とMRP14の結晶構造を決定することに成功した．
　第三世代放射光(SPring-8)の利用に関して，ビームラインの性能評価を行い，セレノメチオニン法を利用した多波長異常分散法の汎用的利用への基礎的データを示すなどの貢献をした．
４−２　研究計画、目的外の成果
　ショウジョバエ，ヒト，マウスの光回復酵素遺伝子ホモローグ（Cry1, Cry2）が，FADを持つことなどに関して光回復酵素によく似ているものの，DNA修復活性はなく，意外にも日周リズムの維持に必須であることが明らかになった．これは，光回復酵素におけるタンパク質−DNA相互作用の研究を，さらに構造生物学の面から深めるために進めていたものであるが，予想に反してホモローグにおける新たな機能を発見することになった．これについては，これらの対応するホモローグタンパク質を調製して，その構造を決定することを進めてきたが，タンパク質調製に時間を要し，本プロジェクトの期間内では構造決定は完了できず，今後，継続して研究を遂行する計画である．
　また，光回復酵素においては，当初計画したシアノバクテリア由来のタンパク質でのタンパク質−基質複合体の調製は困難を極めたが，高度好熱菌由来のタンパク質を利用して，基質の一部がタンパク質に結合した複合体を調製することに成功し，その結晶構造を決定することができた．
４−３　研究成果の展望
　生体内化学反応における分子間相互作用を複数の視点から取り上げ，その分子認識や化学反応機構をタンパク質の三次元構造に基づいて解明したことは，それぞれの構造生物学的基礎の確立に大きく寄与したと思われる．生体高分子の立体構造に基づく分子機能の解明は，今後もその重要性が高まると思われ，とりわけ今なお多くの生命現象の分子機構が明らかになっていないことから，構造生物学の視点からの研究はますます重要性になるものと思われる．本プロジェクトにおける成果は，そのような取り組みの成果として，この分野へのインパクトを与えるものと思われる．特にタンパク質とDNAの相互作用の解明として，大腸菌の複製開始制御タンパク質RepEや，２種の光回復酵素の構造は，新しいタンパク質−核酸相互作用を構造生物学的に直接解明したものであり，また，ウンデカプレニル二リン酸合成酵素の構造は，従来の予想とは異なった新しい基本構造の発見につながったものである．また，本プロジェクトの期間中に，Ｘ線結晶構造解析は技術的に大きな進展があり，解析の迅速化が大きく促進された．本プロジェクトも，そのような構造解析の技術的進展に十分な寄与を果たした．これは現在注目されている構造ゲノム科学，構造プロテオミックスの推進につながっていくものと思われる．
４−４　本事業の趣旨に鑑み、果たした役割
　生物科学における構造生物学的研究の重要性は，これまでにも認識されていたが，本事業のプロジェクトの成果によって，具体的な多くの実例を示すことができたと思われる．すなわち，生命現象の理解におけるタンパク質のはたらきの重要性，とりわけ，それらを分子レベルで理解することの重要性をあらためて認識させることができたと思われる．加えて，修復から日周リズムへ進化した光回復酵素の解析は，タンパク質機能の多様性の象徴であり，今後のタンパク質研究に多くの示唆を与えるものである．多くの生命現象の中で，このような構造生物学的アプローチがまだ行われていない分野においても，今後，このようなアプローチによる研究が推進される基盤にもなり得たと思われる．
　また本事業を通して，大型放射光施設を利用したタンパク質構造解析の迅速化にも貢献した．これは一つの生物学的な系に属する一連のタンパク質群を網羅的に構造決定し，それらの相互作用（タンパク質間相互作用）についても構造を基盤に理解するという構造ゲノム科学，構造プロテオミックスにつながるものである．本プロジェクトの成果は，ポストゲノムシークエンス科学の一分野と目される構造ゲノム科学プロジェクトの発展にも，大いに貢献するものと期待される．

５．キーワード

(1)Ｘ線結晶構造解析、(2)三次元立体構造、(3)大型放射光
(4)タンパク質間相互作用、(5)タンパク質−核酸相互作用、(6)酵素−基質相互作用
(7)光回復酵素、(8)複製開始制御タンパク質、(9)S100 ファミリー

６．研究成果発表状況

A.学術雑誌論文（Journal Papers）
全著者名 論文名
A. Okuda, O. Matsumoto, M. Akaji, T. Taga, T. Ohkubo, and Y. Kobayashi Solution Structure of Intracellular Signal-Transducing Peptide Derived from Human b2-Adrenergic Receptor
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochem. Biophys. Res. Commun. 291 ??? 1297-1301 2002

全著者名 論文名
H. Itou, M. Yao, I. Fujiita, N. Watanabe, M. Suzuki, J. Nishihira, and I. Tanaka The Crystal Structure of Human MRP14 (S100A9), a Ca2+-dependent Regulator Protein in Inflammatory Process
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Mol. Biol. 316 ??? 265-276 2002

全著者名 論文名
L. Liu, T. Nogi, M. Kobayashi, T. Nozawa, and K. Miki Ultrahigh-Resolution Structure of High-Potential Iron-Sulfur Protein from Thermochromatium tepidum
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. ??? ??? in press 2002

全著者名 論文名
L. Liu, K. Iwata, A. Kita, Y. Kawarabayasi, M. Yohda, and K. Miki Crystal Structure of Aspartate Racemase from Pyrococcus horikoshii OT3 and Its Implication for Molecular Mechanism of PLP-independent Racemization
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Mol. Biol. ??? ??? in press 2002

全著者名 論文名
A. Kita, S. Matsunaga, A. Takai, H. Kataiwa, T. Wakimoto, N. Fusetani, M. Isobe, and K. Miki Crystal Structure of the Complex between Calyculin A and the Catalytic Subunit of Protein Phosphatase 1
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Structure ??? ??? in press 2002

全著者名 論文名
Y. H. You, D. H. Lee, J. H. Yoon, S. Nakajima, A. Yasui, and G. P. Pfeifer Cyclobutane Pyrimidine Dimers Are Responsible for the Vast Majority of Mutations Induced by UVB Irradiation in Mammalian Cells
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol.. Chem. 276 ??? 44688-44694 2001

全著者名 論文名
K. Nara, F. Nagashima, and A. Yasui Highly Eelevated UV-induced Mutation Frequency in Isolated Chinese Hamster Cell Lines Defective in Nucleotide Excision Repair and Mismatch Repair Proteins
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Cancer Res. 61 ??? 50-52 2001

全著者名 論文名
Y. Matumoto, Q. M. Zhang, M. Takao, A. Yasui, and S. Yonei Escherichia coli Nth and Human hNTH1 DNA Glycosylases Are Involved in Removal of 8-Oxoguanine from 8-Oxoguanine/guanine Mispair in DNA
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nucleic Acids Res. 29 ??? 1975-1981 2001

全著者名 論文名
Y. Yasutake, S. Watanabe, M. Yao, Y. Takada, N. Fukunaga, and I. Tanaka Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of Monomeric Isocitrate Dehydrogenase by the MAD Method Using Mn Atoms
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D57 ??? 1682-1685 2001

全著者名 論文名
N. Sakai, M. Yao, H. Itou, N. Watanabe, F. Yumoto, M. Tanokura, and I. Tanaka The Three-dimensional Structure of Septum Site-Determining Protein MinD from Pyrococcus horikoshii OT3 in Complex with Mg-ADP
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Structure 9 ??? 817-826 2001

全著者名 論文名
T. Nakashima, M. Yao, S. Kawamura, M. Kimura, and I. Tanaka Ribosomal Protein L5 Has a Highly Twisted Concave Surface and Flexible Arms Responsible for rRNA Binding
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
RNA 7 ??? 692-701 2001

全著者名 論文名
R. Iizuka, T. Yoshida, T. Maruyama, Y. Shomura, K. Miki, and M. Yohda Glycine at the 65th Position Plays an Essential Role in ATP Dependent Protein Folding by Archaeal Group II Chaperonin
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochem. Biophys. Res. Commun. 289 ??? 1118-1124 2001

全著者名 論文名
H. Komori, R. Masui, S. Kuramitsu, S. Yokoyama, T. Shibata, Y. Inoue, and K. Miki Crystal Structure of Thermostable DNA Photolyase: Pyrimidine-Dimer Recognition Mechanism
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 ??? 13560-13565 2001

全著者名 論文名
H. Komori, H. Tsujiuchi, R. Masui, S. Kuramitsu, S. Yokoyama, T. Shibata, Y. Inoue, and K. Miki Crystallzation and Preliminary X-ray Studies of a Thermostable DNA Photolyase from Thermus thermophilus
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Protein Peptide Lett. 8 ??? 495-498 2001

全著者名 論文名
L. Liu, K. Iwata, Y. Kawarabayasi, H. Kikuchi, A. Kita, M. Yohda, and K. Miki Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Aspartate Racemase from Pyrococcus horikoshii OT3
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D57 ??? 1674-1676 2001

全著者名 論文名
T. A. Fukami, M. Yohda, H. Taguchi, M. Yoshida, and K. Miki Crystal Structure of Chaperonin-60 from Paracoccus denitrificans
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Mol. Biol. 312 ??? 501-509 2001

全著者名 論文名
Y. Kharel, Y.-W. Zhang, M. Fujihashi, K. Miki, and T. Koyama Identification of Significant Residues for Homoallylic Substrate Binding of Micrococcus luteus B-P 26 Undecaprenyl Diphosphate Synthase
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol.. Chem. 276 ??? 28459-28464 2001

全著者名 論文名
A. Osyczka, K. V. P. Nagashima, S. Sogabe, K. Miki, K. Shimada, and K. Matsuura Different Mechanisms of the Binding of Soluble Electron Donors to the Photosynthetic Reaction Center of Rubrivivax gelatinosus and Blastochloris viridis
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol. Chem. 276 ??? 24108-24112 2001

全著者名 論文名
K. Kitano, N. Maeda, T. Fukui, H. Atomi, T. Imanaka and K. Miki Structure of a Novel-type Archaeal Rubisco with Pentagonal Symmetry
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Structure 9 ??? 473-481 2001

全著者名 論文名
K. Inaka, E. Kanaya, M. Kikuchi, and K. Miki Crystal Structure of a Mutant Human Lysozyme with a Substituted Disulfide Bond
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Proteins: Struct., Funct., Genet. 43 ??? 413-419 2001

全著者名 論文名
I. Fathir, T. Mori, T. Nogi, M. Kobayashi, K. Miki and T. Nozawa Structure of the H Subunit of the Photosynthetic Reaction Center from the Thermophilic Purple Sulfur Bacterium, Thermochromatium tepidum: Implications for the Specific Binding of the Lipid Molecule to the Membrane Protein Complex
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Eur. J. Biochem. 268 ??? 2652-2657 2001

全著者名 論文名
T. Nonaka, M. Fujihashi, A. Kita, K. Saeki, S. Ito and K. Miki Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of a Novel Alkaline Serine Protease (KP-43) from Alkaliphilic Bacillus sp. Strain KSM-KP43
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D57 ??? 717-718 2001

全著者名 論文名
M. Fujihashi, Y.-W. Zhang, Y. Higuchi, X.-Y. Li, T. Koyama, and K. Miki Crystal Structure of cis-Prenyl Chain Elongating Enzyme, Undecaprenyl Diphosphate Synthase
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 ??? 4337-4342 2001

全著者名 論文名
S. Sogabe and K. Miki Crystal Structure of the Oxidized Cytochrome c2 from Blastochloris viridis
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
FEBS Lett. 491 ??? 174-179 2001

全著者名 論文名
T. Nogi and K. Miki Structural Basis of Bacterial Photosynthetic Reaction Centers
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biochem. 130 ??? 319-329 2001

全著者名 論文名
S. Okano, S. Kanno, S. Nakajima, and A. Yasui Cellular Responses and Repair of Single-strand Breaks Introduced by UV Damage Endonuclease in Mammalian Cells
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol.. Chem. 275 ??? 32635-32641 2000

全著者名 論文名
V. Chigansas, E. N. Miyaji, A. R. Muotri, J. F. Jacysyn, G. P. Amarante-Mendes, A. Yasui, and C. F. M. Menck Photorepair Prevents UV-induced Apoptosis in Human Cells Expressing the Marsupial Photolyase Gene
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Cancer Res. 60 ??? 2458-2463 2000

全著者名 論文名
J. H. Yoon, C.-S. Lee, T. R. O'Connor, A. Yasui, and G. Pfeifer The DNA Damage Spectrum Produced by Simulated Sunlight
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Mol. Biol.. 299 ??? 681-693 2000

全著者名 論文名
S. Yasuhira and A. Yasui Alternative Excision Repair Pathway of UV-damaged DNA Operates Both in Nucleus and in Mitochondria
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol.. Chem. 275 ??? 11824-11828 2000

全著者名 論文名
S. J. McCready, F. Osman and A. Yasui Repair of UV Damage in the Fission Yeast Schizosaccharomyces pombe
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Mutat. Res. 451 ??? 197-210 2000

全著者名 論文名
K. Yagita, S. Yamaguchi, F. Tamanini, G. T. van der Horst, J. H. Hoeijmakers, A. Yasui, J. J. Loros, J. C. Dunlap, and H. Okamura Dimerization and Nuclear Entry of mPER Proteins in Mammalian Cells
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Genes Dev. 14 ??? 1353-1363 2000

全著者名 論文名
M. Yao, T.Ose, H. Sugimoto, A. Horiuch, A. Nakagawa, S. Wakatsuki, D. Yokoi, T. Murakami, M. Honma and I. Tanaka Crystal Structure of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate Deaminase from Hansenula saturnu
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol. Chem. 275 ??? 34557-34565 2000

全著者名 論文名
A. Suzuki, M. Yao, I. Tanaka, T. Numata, S. Kikukawa, N. Yamasaki and M. Kimura Crystal Structures of the Ribonuclease MC1 from Bitter Grourd Seed Complexed with 2'-UMP or 3'-UMP, Reveal Structure Basis for Uridine Specificity
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochem. Biophys. Res. Commun. 275 ??? 572-576 2000

全著者名 論文名
K. Ishikawa, A. Nakagawa, I. Tanaka, M. Suzuki, and J. Nishihira The Structure of Human MRP8, a Member of the S100 Calcium-binding Protein Family, by MAD Phasing at 1.9Å Resolution
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D56 ??? 559-566 2000

全著者名 論文名
N. Mizuno, D. S. Hittel, K. Miki, G. Voordouw, and Y. Higuchi Preliminary X-ray Crystallographic Studies of DsrD Protein from the Sulfate-reducing Bacterium Desulfovibrio vulgaris
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D56 ??? 754-755 2000

全著者名 論文名
T. Nogi, I. Fathir, M. Kobayashi, T. Nozawa, and K. Miki Crystal Structures of Photosynthetic Reaction Center and High-Potential Iron-Sulfur Protein from Thermochromatium tepidum; Thermostability and Electron Transfer
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97 ??? 13561-13566 2000

全著者名 論文名
T. Nogi, M. Kobayashi, T. Nozawa, and K. Miki Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of the High-Potential Iron-Sulfur Protein from Thermochromatium tepidum
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D56 ??? 656-658 2000

全著者名 論文名
H. Uga, H. Komori, K. Miki, and C. Wada The Iteron Regions Necessary for the RepE-Iteron Interaction In vivo in Mini-F Plasmids of Escherichia coli
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biochem. 127 ??? 537-541 2000

全著者名 論文名
M. Arai, P. Hamel, E. Kanaya, K. Inaka, K. Miki, M. Kikuchi, and K. Kuwajima Effect of an Alternative Disulfide Bond on the Structure, Stability and Folding of Human Lysozyme
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochemistry 39 ??? 3472-3479 2000

全著者名 論文名
K. Kitano, R. Sasaki, T. Nogi, T. A. Fukami, A. Nakagawa, K. Miki, and I. Tanaka Utilization of Microgravity to Improve Crystal Quality of Biol.ogically Important Proteins
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Cryst. Growth 210 ??? 819-823 2000

全著者名 論文名
S. Yokoyama, H. Hirota, T. Kigawa, T. Yabuki, M. Shirouzu, T. Terada, Y. Ito, Y. Nishimura, Y. Kyogoku, K. Miki, R. Masui, and S. Kuramitsu Structural Genomics Projects in Japan
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nature Struct. Biol. 7 ??? 943-945 2000

全著者名 論文名
M. Shimura, Y. Ito, C. Ishii, H. Yajima, H. Linden, T. Harashima, A. Yasui, and H. Inoue Characterization of a Neurospora crassa Photolyase-deficient Mutant Generated by Repeat Induced Point Mutation of the phr Gene
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Fungal Genet. Biol. 28 ??? 12-20 1999

全著者名 論文名
J. H. Yoon, P. M. Swiderski, B. E. Kaplan, M. Takao, A. Yasui, B. Shen, and G. P. Pfeifer Processing of UV Damage in vitro by FEN-1 Proteins As Part of Alternative DNA Excision Repair Pathway
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochemistry 38 ??? 4809-4817 1999

全著者名 論文名
S. Okano, S. Kanno, M. Takao, A. P. M. Eker, K. Isono, Y. Tsukahara, and A. Yasui A Putative Blue-light Receptor from Drosophila melanogaster
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Photochem. Photobiol. 69 ??? 108-113 1999

全著者名 論文名
G. T. J. van der Horst, M. Muijtjens, K. Kobayashi, R. Takano, S. Kanno, M. Takao, M., J. de Wit, A. Verkerk, A. P. M. Eker, D. van Leenen, R. Buijs, D. Bootsma, J. H. J. Hoeijmakers, and A. Yasui Mammalian Cry1 and Cry2 Are Essential for Maintenance of Circadian Rhythms
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nature 398 ??? 627-630 1999

全著者名 論文名
H. Okamura, S. Miyake, Y. Sumi, S. Yamaguchi, A. Yasui, M. Muijtjens, J. H. J. Hoeijmakers, G. T. J. van der Horst Photic Induction of mPer1 and mPer2 in Cry-deficient Mice Lacking a Biol.ogical Clock
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Science 286 ??? 2531-2534 1999

全著者名 論文名
S. Yasuhira, M. Morimyo, and A. Yasui Transcription Dependence and the Roles of Two Excision Repair Pathways for UV Damage
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol.. Chem. 274 ??? 26822-26827 1999

全著者名 論文名
S. Kanno, S. Iwai, M. Takao, and A. Yasui Repair of Apurinic/apyrimidinic Sites by UV Damage Endonuclease; A Repair Protein for UV and Oxidative Damage
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nucleic Acids Res. 27 ??? 3096-3103 1999

全著者名 論文名
M. Takao, Q.-M.Zhang, S. Yonei, and A. Yasui Differential Subcellular Localization of Human MutY Homolog (hMYH) and the Functional Activity of Adenine: 8-Oxoguanine DNA Glycosylase
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nucleic Acids Res. 27 ??? 3638-3644 1999

全著者名 論文名
A. Nakagawa, T. Nakashima, M. Taniguchi, H. Hosaka, M. Kimura, and I. Tanaka The Three-dimensional Structure of the RNA-binding Domain of Ribosomal Protein L2; A Protein at the Peptidyl Transferase Center of the Ribosome
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
EMBO J. 18 ??? 1459-1467 1999

全著者名 論文名
A. Nakagawa, I. Tanaka, R. Sakai, T. Nakashima, G. Funatsu, and M. Kimura Crystal Structure of a Ribonuclease from the Seeds of Bitter Gourd (Momordica charantia) at 1.75A Resolution
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochim. Biophys. Acta 1433 ??? 253-260 1999

全著者名 論文名
S. W. White, K. S. Wilson, K. Appelt, and I. Tanaka The High-resolution Structure of DNA-binding Protein HU from Bacillus stearothermophilus
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D55 ??? 801-809 1999

全著者名 論文名
H. Sugimoto, M. Taniguchi, A. Nakagawa, I. Tanaka, M. Suzuki, and J. Nishihira Crystal Structure of Human D-Dopachrome Tautomerase, a Homologue of Macrophage Migration Inhibitory Factor, at 1.54A Resolution
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochemistry 38 ??? 3268-3279 1999

全著者名 論文名
J. Nishihira, H. Sugimonto, and I. Tanaka Overview of Biol.ogical Functions of Macrophage Migration Inhibitory Factor and D-Dopachrome Tautomerase Based on the Gene and Protein Structures
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochem. Res. 1 ??? 59-73 1999

全著者名 論文名
Y. Higuchi, H. Ogata, K. Miki, N. Yasuoka, and T. Yagi Removal of the Bridging Ligand Atom at the Ni-Fe Active Site of [Ni-Fe] Hydrogenase upon Reduction with H2, as revealed by X-ray Structure Analysis at 1.4 A Resolution
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Structure 7 ??? 549-556 1999

全著者名 論文名
A. Osyczka, K. V. P. Nagashima, S. Sogabe, K. Miki, K. Shimada, and K. Matsuura Comparison of the Binding Sites for High-Potential Iron-Sulfur Protein and Cytochrome c on the Tetraheme Cytochrome Subunit Bound to the Bacterial Photosynthetic Reaction Center
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochemistry 38 ??? 15779-15790 1999

全著者名 論文名
J. Saito, A. Kita, Y. Higuchi, Y. Nagata, A. Ando, and K. Miki Crystal Structure of Chitosanase from Bacillus circulans MH-K1 at 1.6 A Resolution and Its Substrate Recognition Mechanism
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biol.. Chem. 274 ??? 30818-30825 1999

全著者名 論文名
N. Maeda, K. Kitano, T. Fukui, S. Ezaki, H. Atomi, K. Miki, and T. Imanaka Ribulose Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus kodakaraensis KOD1 is Composed Solely of Large Subunits and Forms a Pentagonal Structure
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Mol. Biol. 293 ??? 57-66 1999

全著者名 論文名
M. Fujihashi, N. Shimizu, Y.-W. Zhang, T. Koyama, and K. Miki Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of Undecaprenyl Diphosphate Synthase from Micrococcus luteus B-P 26
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. D55 ??? 1606-1607 1999

全著者名 論文名
H. Komori, F. Matsunaga, Y. Higuchi, M. Ishiai, C. Wada, and K. Miki Crystal Structure of a Prokaryotic Replication Initiator Protein Bound to DNA at 2.6 Å Resolution
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
EMBO J. 18 ??? 4597-4607 1999

全著者名 論文名
K. Kitano, Y. Niimura, Y. Nishiyama, and K. Miki Stimulation of Peroxidase Activity by Decamerization Related with Ionic Strength: AhpC Protein from Amphibacillus xylanus
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biochem. 126 ??? 313-319 1999

全著者名 論文名
T. Nogi, T. A. Fukami, M. Ishida, M. Yoshida, and K. Miki Purification, Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Analysis of Thermus thermophilus V1-ATPase B Subunit
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Struct. Biol. 127 ??? 79-82 1999

全著者名 論文名
A. Kita, S. Kita, I. Fujisawa, K. Inaka, T. Ishida, K. Horiike, M. Nozaki, and K. Miki An Archetypical Extradiol-Cleaving Catecholic Dioxygenase: The Crystal Structure of Catechol 2,3-Dioxygenase (Metapyrocatechase)
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Structure 7 ??? 25-34 1999

全著者名 論文名
H. Komori, N. Sasai, F. Matsunaga, C. Wada, and K. Miki Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of a Replication Initiator Protein (RepE54) of the Mini-F Plasmid Complexes with Iteron DNA
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biochem. 125 ??? 24-26 1999

全著者名 論文名
K. Kobayashi, S. Kanno, B. Smit, G. T. J. van der Horst, M. Takao, and A. Yasui Characterization of Photolyase/blue-light Receptor Homologs in Mouse and Human Cells
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nucleic Acids Res. 26 ??? 5086-5092 1998

全著者名 論文名
A. H. Sarker, S. Ikeda, H. Nakano, H. Terato, H. Ide, H., K. Imai, K. Akiyama, K. Tsutsui, Z. Bo, K. Kubo, K. Yamamoto, A. Yasui, M. C. Yoshida, and S. Seki Cloning and Characterization of a Mouse Homologue (mNth1) of Escherichia coli Endonuclease III
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Mol. Biol. 282 ??? 761-774 1998

全著者名 論文名
M. Takao, H. Aburatani, K. Kobayashi, and A. Yasui Miitochondrial Targeting of Human DNA Glycosylases for Repair of Oxidative Damage
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nucleic Acids Res. 26 ??? 2917-2922 1998

全著者名 論文名
A. Yasui and S. J. McCready Alternative Repair Pathways for UV-induced DNA Damage
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
BioEssay 20 ??? 291-297 1998

全著者名 論文名
T. Hayashi, M. Takao, K. Tanaka, and A. Yasui ERCC1 Mutations in UV Sensitive Chinese Hamster Ovary (CHO) Cell Lines
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Mutat. Res. 407 ??? 269-276 1998

全著者名 論文名
T. Nakashima, M. Kimura, A. Nakagawa, and I. Tanaka Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Study of a 23S rRNA Binding Domain of the Ribosomal Protein L2 from Bacillus stearothermophilus
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Struct. Biol.. 124 ??? 99-101 1998

全著者名 論文名
I. Tanaka, A. Nakagawa, H. Hosaka, S. Wakatsuki, F. Mueller, and T. Brimacombe Matching the Crystallographic Structure of Ribosomal Protein S7 to a Three-dimensional Model of the 16S Ribosomal RNA
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
RNA 4 ??? 542-550 1998

全著者名 論文名
J. Nishihira, M. Fujinaga, T. Kuriyama, M. Suzuki, H. Sugimoto, A. Nakagawa, I. Tanaka, and M. Sakai Molecular Cloning of Human D-Dopachrome Tautomerase cDNA: N-terminal Proline Is Essential for Enzyme Activation
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochem. Biophys. Res. Commum. 243 ??? 538-544 1998

全著者名 論文名
M. Kataoka, K. Yamamoto, S. Shimizu, M. Ohta, A. Kita, Y. Higuchi, and K. Miki Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Study of Lactonohydrolase from Fusarium oxysporum
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Acta Crystallogr. 54 ??? 1432-1434 1998

全著者名 論文名
A. Osyczka, K. V. P. Nagashima, S. Sogabe, K. Miki, M. Yoshida, K. Shimada, and K. Matsuura Interaction Site for Soluble Cytochromes on the Tetraheme Cytochrome Subunit Bound to the Bacterial Photosynthetic Reaction Center Mapped by Site-Directed Mutagenesis
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Biochemistry 37 ??? 11732-11744 1998

全著者名 論文名
K. Kitano, K. Motohashi, M. Yoshida, and K. Miki A Novel Approach to Crystallizing Proteins with Temperature Induction Method: GrpE Protein from Thermus thermophilus
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Cryst. Growth 186 ??? 456-460 1998

全著者名 論文名
K. Kitadokoro, S. Hagishita, T. Sato, M. Ohtani, and K. Miki Crystal Structure of Human Secretory Phospholipase A2-IIA Complex with the Potent Indolizine Inhibitor 120-1032
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
J. Biochem. 123 ??? 619-623 1998

全著者名 論文名
R. Yonemasu, S. McCready, J. M. Murray, F. Osman, M. Takao, K. Yamamoto, $A. R. Lehmann, and A. Yasui Characterization of the Alternative Excision Repair Ppathway of UV-damaged DNA in Schizosaccharomyces pomb
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nucleic Acids Res. 25 ??? 1553-1558 1997

全著者名 論文名
H. Aburatani, Y. Hippo, T. Ishida, R. Takashima, C. Matsuda, T. Kodama, M. Takao, A. Yasui, K. Yamamoto, M. Asano, K. Fukasawa, T. Yoshinari, H. Inoue, E. Ohtsuka, and S. Nishimura Cloning and Characterization of Mammalian 8-Hydroxyguanine-specific DNA Glycosylase/apurinic, Apyrimidinic Lyase, a Functional mutM Homologue
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Cancer Res. 57 ??? 2125-2156 1997

全著者名 論文名
H. Kondo, A. Nakagawa, J. Nishihira, Y. Nishimura, T. Mizuno, and I. Tanaka Escherichia coli Positive Regulator OmpR Has a Large Loop Structure at the Putative RNA Polymerase Interaction Site
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nature Struct. Biol. 4 ??? 28-31 1997

全著者名 論文名
H. Hosaka, A. Nakagawa, I. Tanaka, N. Harada, K. Sano, M. Kimura, M. Yao, and S. Wakatsuki Ribosomal Protein S7: A New RNA-binding Motif with Structural Similarities to a DNA Architechtural Factor
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Structure 5 ??? 1199-1208 1997

全著者名 論文名
T. Mizuno and I. Tanaka Structure of the DNA-binding Domain of the OmpR Family Proteins
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Mol. Microbiol. 24 ??? 665-670 1997

全著者名 論文名
T. Tamada, K. Kitadokoro, Y. Higuchi, K. Inaka, A. Yasui, P. E. de Ruiter, A. P. M. Eker, and K. Miki Crystal Structure of DNA Photolyase from Anacystis nidulans
学術雑誌名 巻 号 ページ 発行年
Nature Struct. Biol. 4 ??? 887-891 1997

C.著書（Books）
全著者名 書名
鈴木範男，田中　勲，矢沢洋一 分子生物への招待
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
三共出版 東京 ISBN4-7827-0442-9 29-43 2002

全著者名 書名
三木邦夫 立体構造が解き明かす生体高分子のはたらき（廣田　襄，梶本興亜編「現代化学への招待」）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
朝倉書店 東京 ISBN4-254-14058-4 130-145 2001

全著者名 書名
K. Miki and S. Sogabe Cytochrome c2 in "Handbook of Metalloproteins", A. Messerschmidt, R. Huber, T. L. Poulos and K. Wieghardt eds.
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
John Wiley Chichester ISBN0-471-62743-7 55-68 2001

全著者名 書名
I. Tanaka, A. Nakagawa, T. Nakashima, M. Taniguchi, H. Hosaka, and M. Kimura "The Ribosome: Structure, Function, Antibiotics, and Cellular Interactions"
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
ASM Press Washington, USA ISBN1-55581-184-1 85-91 2000

全著者名 書名
松本　治，三木邦夫 生体分子の構造と機能（香川靖雄編「生化学-分子から病態まで」）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
東京化学同人 東京 ISBN4-8079-0511-2 7-47 2000

全著者名 書名
安井　明 分子生物学（共著）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
丸善 東京 ??? ??? 1999

全著者名 書名
三木邦夫 光で傷ついた遺伝子を光のエネルギーで直す（第13回「大学と科学」公開シンポジウム組織委員会編「遺伝子産物（タンパク質）の形を観る-構造生物学とは何か？」）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
クバプロ 東京 ISBN4-906347-85-1 79-88 1999

全著者名 書名
三木邦夫 解析結果の検討と分子グラフィックスによる表示，日本結晶学会編「結晶解析ハンドブック」
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
共立出版 東京 ISBN4-320-03322-1 599-604 1999

全著者名 書名
三木邦夫, 田中　勲, 樋口芳樹, 中川敦史 タンパク質のX線構造解析（日本化学会編，化学者のための基礎講座，第12巻「X線構造解析」）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
朝倉書店 東京 ISBN4-254-14594-2 91-139 1999

全著者名 書名
安井　明 分子・細胞の生物学I-遺伝子とタンパク質（岩波講座・現代医学の基礎）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
岩波書店 東京 ??? ??? 1998

全著者名 書名
A. Yasui and A. P. M. Eker DNA Photolyases in "DNA Damage and Repair", Vol. 2: DNA Repair in Higher Eukaryotes, J. A. Nickoloff and M. F. Hoekstra eds.
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Humana Press Inc. Totowa, NJ ??? 9-32 1998

全著者名 書名
A. Osyczka, K. V. P. Nagashima, S. Sogabe, K. Miki, M. Yoshida, K. Shimada, and K. Matsuura Docking Site for Soluble Electron Carriers on the Tetraheme Cytochrome Subunit Bound to the Bacterial Photosynthetic Reaction Center in "Photosynthesis: Mechanism and Effects", Vol. II, G. Garab, ed.
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
Kluwer Dordrecht ??? 901-904 1998

全著者名 書名
三木邦夫 構造生物学とタンパク質X線構造解析（尾嶋正治，太田俊明，神谷幸秀編，「高輝度放射光がめざす戦略的応用研究-Technology Vision SR 2010-」
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
東京大学VSX高輝度光源利用者懇談会，WORDS 東京 ??? 178-187 1998

全著者名 書名
三木邦夫 Ｘ線結晶解析法-膜タンパク質（日本生物物理学会シリーズ・ニューバイオフィジックス刊行委員会編，"シリーズ・ニューバイオフィジックス"，第3巻「構造生物学とその解析法」）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
共立出版 東京 ISBN4-320-05466-0 19-28 1997

全著者名 書名
K. Miki and H. Nishida Crystal Structure of NADH-Cytochrome b5 Reductase in "Fravins and Flavoproteins 1996", K.J. Stevenson, V. Massey and C.H. Williams, Jr. eds.
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
University of Calgary Press Calgary ISBN1-895176-94-8 529-538 1997

全著者名 書名
三木邦夫 光合成細菌とエネルギー変換（金子正夫編，光化学エネルギー変換-基礎と応用-）
出版者名 出版場所 ISBN番号 ページ 発行年
アイピーシー 東京 ??? 142-153 1997

戻る