本事業の実施にあたっては、我が国の指導的研究者を中心に構成する「未来開拓学術研究推進事業委員会」が重要事項を審議するとともに、各研究分野ごとに「研究推進委員会」を設置します。

　 研究推進委員会は、当該研究分野の計画的推進について方針を定めるとともに、研究プロジェクトの企画・立案を行います。
　研究プロジェクトに対し必要な助言や支援を行うなど、当該研究分野の推進に責任をもって当たります。

　本会に設置されている産学協力研究委員会等の組織も、研究プロジェクトに対し必要な助言や支援を行うことができます。

　研究プロジェクト等の評価については、事業委員会に「研究評価委員会」を設置し、外部の研究者等による研究評価を行います。研究評価委員会は、研究開始から２年経過後に「中間評価」を、５年終了時に「最終評価」を行いますが、中間評価の結果によっては、研究プロジェクトの中止あるいは内容・方法等の変更等が行われることがあります。