平成21年度の本会の当初予算額は1,581億円です。このうち、運営費交付金は287億円、国庫補助金は科学研究費補助金1,278億円、研究拠点形成費等補助金等6億円となっています。
　主な事業別内訳は下記のとおりであり、全予算額の99.8％は国からの運営費交付金及び補助金等によって構成されています。