公募による外国人招へい研究者（短期・長期）の選考は、我が国における学界の第一線の研究者で構成される特別研究員等審査会（委員47人、専門委員約1,800人）において、書面審査及び合議審査により行われます。

   書面審査については、１件の申請について、申請者の分科細目に応じて上記審査会の専門委員である３人の審査員が書面審査を行います。
書面審査による評価は、研究業績・研究推進能力、研究計画、受入体制を含めて総合的に判断したうえ、５段階の評点（５：採用を強く推奨する、４：採用を推奨する、３：採用しても良い、２：採用に躊躇する、１：採用を推奨しない）を付けます。

   合議審査による８つの領域別審査会（人文学、社会科学、数物系科学、化学、工学、生物学、農学、医歯薬学）では、上記の書面審査の評点に基づき、各領域への採用配分数により採用内定者の選定を行います。
当該年度第１次募集分については、前年１２月上旬の審査会にて合議審議が行なわれ、審査結果が１２月末頃に申請機関の長宛て通知されます。また、第２次募集分については、当年７月下旬の審査会にて合議審議が行なわれ、同じく審査結果が８月中旬に通知されます。