基盤研究（Ｓ）評価部会に、総合・新領域、人文・社会、理工、生物の各系小委員会を設置し、平成１６年度に採択された研究課題のうち、中間評価の対象となる研究課題６１件について中間評価を行った。また、平成１３年度に採択された研究課題のうち、事後評価の対象となる研究課題５４件及び平成１４年度に採択された研究課題のうち、事後評価の対象となる研究課題５件及び平成１５年度に採択された研究課題のうち、事後評価の対象となる研究課題１件について事後評価を行った。
　各系小委員会では、中間評価の対象となる研究課題６１件について書面による評価を行い、うち１件についてヒアリングによる評価、１件について現地調査による評価を行った。また、事後評価の対象となる研究課題６０件について、書面による評価を行い、うち２件について、ヒアリングによる評価を行った。これらの結果に基づき基盤研究（Ｓ）評価部会において、評価結果を取りまとめた。