公募による外国人特別研究員の選考は，我が国における学界の第一線の研究者（委員４６人，専門委員約1,600人）で構成される特別研究員等審査会において，書面審査及び合議による審査により行われています。

   外国人特別研究員の審査方針は，以下のとおりになっています。

   書面審査については，１件の申請当たり，申請者の分科細目に応じて上記審査会の専門委員である６人の審査員が書面審査を行います。
書面審査による評価は，研究業績，研究計画，推測される研究能力，将来性等を含めて総合的に判断したうえ，５段階の評点（５：採用を強く推奨する，４：採用を推奨する，３：採用しても良い，２：採用に躊躇する，１：採用を推奨しない）を付けます。
評点は，統計処理（平均点及びＴスコア化）を経て，合議審査における基礎資料となります。

   合議審査による８つの領域別審査会（人文学，社会科学，数物系科学，化学，工学，生物学，農学，医歯薬学）では，上記の書面審査の評点に基づき，各領域への採用配分数により採用内定者の選定を行います。 当該年度第１回募集分については，前年１２月上旬の審査会にて審議が行なわれ，審査結果が１２月末頃に申請機関の長宛て通知されます。また，第２回募集分については，当年７月下旬の審査会にて審議が行なわれ，同じく審査結果が８月中旬に通知されます。