（ ）内は就任時の役職
歴代所長
野依 良治（名古屋大学大学院理学研究科教授）
平成15年7月1日〜平成15年9月30日
本庶 佑（京都大学大学院医学研究科長・医学部長）
平成16年4月1日〜平成18年6月25日
戸塚 洋二（東京大学特別栄誉教授、高エネルギー加速器研究機構名誉教授）
平成18年7月1日〜平成20年7月10日
小林 誠（日本学術振興会理事）
平成21年1月1日〜
歴代副所長
石井 紫郎（東京大学名誉教授）
平成15年7月1日〜平成20年3月31日
柳田 博明（東京大学名誉教授、前名古屋工業大学長）
平成16年4月1日〜平成18年11月20日
勝木 元也 (総合研究大学院大学名誉教授、基礎生物学研究所名誉教授）
平成19年4月1日〜
村松 岐夫（学習院大学法学部教授）
平成20年4月1日〜
黒木 登志夫(前岐阜大学長、東京大学名誉教授）
歴代相談役
